한편, 대장균유래의 RNase III를 이용하여 dsRNA(double strand RNA)을 절단해서 siRNA의 혼합물 (siRNA cooktail)을 제작하는 하여 특정한 siRNA배열을 디자인할 필요가 없는 RNAi실험 방법도 개발되고 있다. 그러나, 대장균 유래의 RNase III의 경우는 10 mer정도의 저분자 분해물을 생기기 쉽기 때문에 그 위에 약21 mer의 분해 산물을 분획 할 필요가 있다.
다카라 바이오가 개발한 si-RNAse III는 저온균(세균)(Shewanella strain Ac. 10)유래의 효소로 종래의 대장균유래의 RNase III와는 달리 dsRNA를 절단할 때의 분해가 완만해서 동시에 짧은 10mer정도의 저분자 siRNA를 생기게 하기 어렵다라고 하는 특징을 가진다. 다시 말해 본 효소를 이용하는 것으로 300∼1000 bp의 dsRNA를 절단하고, RNAi실험에 적합한 길이의 siRNA혼합물을 효율적으로 제작하는 것이 가능해진다. 절단 산물의 분획이 불필요한 점의 장점이 있다 (아래 그림 참조).
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M：DNA Marker 1：대장균 RNase III에 의한 절단 2：si-RNAse III에 의한 절단 3：A사 Dicer에 의한 절단 <절단 조건> si-RNAse III：30℃、1시간 대장균 RNase III：37℃、30분 A사 Dicer：37℃、18시간 |
| si-RNAse III에 의한 dsRNA ( 약700 bp)의 절단 결과 | |