제품설명
Encore NGS Library System I을 이용하면 RNA - Seq, DGE (Digital Gene Expression), 게놈 DNA 서열분석, amplicon sequencing, ChIP-Seq 등에 사용되는 cDNA library를 3시간만에 제작할 수 있다. 본 제품은 Ovation RNA - Seq System 또는 Ovation 3' - DGE System을 이용하여 제작한 증폭된 cDNA샘플을 그대로 사용할 수 있다. 이러한 제품과 함께 사용하면 cDNA증폭에서 library 제작까지 약 9 시간만에 완료할 수 있다.

Encore NGS Multiplex System I과 Encore NGS Multiplex System IB에는 각각 특이적인 index tag 서열을 포함한 8 종류의 Ligation Adaptor Mix (Code 0301-32 : L2 - BC1 ~ BC8 / Code 0302 - 32 : L2 - BC9 ~ BC16)가 포함되어있다. 각 Ligation Adaptor Mix를 사용하여 제작된 library는 각 index tag서열이 부가된 library를 제작할 수 있다. 그 library들을 혼합하여 NGS 분석을 하면 Encore NGS Multiplex System I 이용시 8개의 샘플을 multiplex로 분석할 수 있으며, Encore NGS Multiplex System I 과 Encore NGS Multiplex System IB를 동시에 사용하면 최대 16개의 multiplex seqiencing이 가능하다. 동시에 여러 샘플을 분석할 수 있기 때문에 분석 비용을 크게 줄일 수 있다.

adaptor

Number of Reads

% of Total Reads

% Alignment to Reference

L2 - BC01

1423519

5.6 %

99.02 %

L2 - BC02

1269918

5.0 %

98.94 %

L2 - BC03

1448113

5.7 %

98.53 %

L2 - BC04

1414099

5.6 %

97.37 %

L2 - BC05

1290473

5.1 %

98.81 %

L2 - BC06

1361953

5.3 %

98.69 %

L2 - BC07

1250740

4.9 %

99.15 %

L2 - BC08

1940950

7.6 %

99.30 %

L2 - BC09

1738050

6.8 %

99.25 %

L2 - BC10

1662254

6.5 %

99.01 %

L2 - BC11

1679034

6.6 %

98.82 %

L2 - BC12

1736190

6.8 %

99.17 %

L2 - BC13

1539749

6.0 %

99.27 %

L2 - BC14

1745363

6.9 %

99.08 %

L2 - BC15

1807922

7.1 %

99.20 %

L2 - BC16

1658339

6.5 %

98.64 %

Total

25464087

98 %

98.71 %


표 1. Encore NGS Multiplex System I 과 Encore NGS Multiplex System IB의 Index tag 서열이 부가된 library의 Multiplex sequence 분석
각 index tag 서열이 부가된 sequencing read가 동등하게 분포되어 있으며, 각 tag 서열은 한쪽으로 치우치지 않는 cluster를 형성하고 있다. 16 종류의 multiplex library 분석을 실시했을 경우 각 리드 (library)의 분포 비율은 이론적으로 6.25 %이다.

300-08_01

Encore NGS Library System을 이용한 flow chart

또한 Prelude Direct Lysis Module을 이용하면 cDNA 증폭 반응에 이용할 수 있는 cell lysate를 직접 조제할 수 있다. Prelude Direct Lysis Module(Code 0100-24)을 사용하여 조제한 cell lysate에서 RNA - Seq 분석한 경우에도, total RNA를 추출하여 이용한 분석과 높은 상관성을 갖는다는 분석 결과를 얻을 수 있었다.
내용
· End Repair Buffer Mix
· End Repair Enzyme Mix
· Ligation Buffer Mix
· Ligation Adaptor Mix *
· Ligation Enzyme Mix
· Amplification Buffer Mix
· Amplification Primer Mix
· Amplification Enzyme Mix
· DMSO
· Nuclease - free Water
· Agencourt RNAClean XP Beads

* Code 0301-32 와 Code 0302-32에는 다음의 8 종류의 adaptor가 포함되어 있다.
Encore NGS Multiplex System I (Code 0301-32) :
· L2 - BC1 Ligation Adaptor Mix
· L2 - BC2 Ligation Adaptor Mix
· L2 - BC3 Ligation Adaptor Mix
· L2 - BC4 Ligation Adaptor Mix
· L2 - BC5 Ligation Adaptor Mix
· L2 - BC6 Ligation Adaptor Mix
· L2 - BC7 Ligation Adaptor Mix
· L2 - BC8 Ligation Adaptor Mix
Encore NGS Multiplex System IB (Code 0302-32) :
· L2 - BC9 Ligation Adaptor Mix
· L2 - BC10 Ligation Adaptor Mix
· L2 - BC11 Ligation Adaptor Mix
· L2 - BC12 Ligation Adaptor Mix
· L2 - BC13 Ligation Adaptor Mix
· L2 - BC14 Ligation Adaptor Mix
· L2 - BC15 Ligation Adaptor Mix
· L2 - BC16 Ligation Adaptor Mix
보존
Agencourt RNAClean XP Beads (투명 뚜껑) : 4 ℃
그외 시약 : -20 ℃

※ Encore는 NuGEN Technologies 사의 trademark입니다.