RNA/cDNA Quality Assay Kit

간단한 PCR로 human RNA와 cDNA의 품질 검사
Total RNA, poly A⁺ RNA 또는 1st strand cDNA의 품질 평가
100 ng의 total RNA를 사용하여 full-length transcript 합성 가능 여부 확인
특별한 장비 없이 안전하고 빠른 간편한 확인

RNA/cDNA Quality Assay Kit는 역전사 (RT)와 PCR 반응을 통하여 human RNA 및 cDNA 시료의 품질을 직접적으로 확인할 수 있는 제품이며, cDNA library, RACE-ready cDNA 또는 cDNA microarray probe 를 사용하는 실험에서 full-length transcript의 대표성을 확인하기 위하여, 실험을 시작하기 전 이 제품을 사용하여 RNA 시료의 상태를 검사할 수 있다. 이 측정에서는 RT-PCR을 이용하기 때문에 본 실험 전 사용할 소량의 시료를 이용하여 full-length cDNA를 합성할 수 있는지 여부를 직접적으로 검증할 수 있다. 또한, 유해한 formaldehyde gel을 사용하지 않고 일반적인 실험 장치를 이용하여 신속하게 결과를 얻을 수 있다.

RNA와 cDNA의 품질 분석

Formaldehyde gel 또는 chip을 기반으로 한 분석을 통하여 정제된 RNA가 손상되지 않았다는 것을 확인하였더라도 (28S : 18S ratio 〉1), cDNA합성 과정에서 RNA가 분해될 수 있다. 그 결과, 1st strand cDNA에는 full-length transcript와 truncated transcript가 혼합되어 존재할 수 있다.

RNA/cDNA Quality Assay는 실험 전에 온전하지 못한 RNA를 실험에 사용하는 것을 방지함으로써 시간과 비용의 낭비를 방지할 수 있다. 이 분석법은 엄선된 housekeeping gene의 mRNA (~3 kb)에 대하여 5、-말단과 3、-말단을 증폭할 수 있는 2 쌍의 primer를 이용하여 multiplex RTPCR을 수행한다. 대부분의 경우 RNA 분해는 RNA의 5、-말단 영역에서 시작되므로 3、-말단 증폭 단편의 비율에 대한 5、-말단 단편의 비율이 RNA 손상도를 나타내는 직접적인 지표가 된다 (Figure 1).

RNA/cDNA Quality Assay는 100 ng 정도의 total RNA로 분석이 가능하기 때문에 희귀하거나 제한된 양의 RNA 시료를 이용할 때 매우 유용하다.

Figure 1. Clontech’s RNA/cDNA Quality Assay uses multiplex-RT-PCR to determine RNA integrity. Two sets of primers amplify the 5’- and 3’- ends of a long housekeeping RNA. The ratio of the 3’ to 5’ amplified fragments provides a direct indication of the integrity of RNA. To assess cDNA samples, proceed directly with PCR amplification. An underrepresentation of the 5’ fragment indicates degraded RNA. Each lane contains 5 μl of a 31-cycle PCR. Each PCR used a 10 ng human total RNA sample. Lane M: 100-bp DNA marker. Lanes 1 & 2: Intact RNA samples with a 3’:5’ ratio of 1 (Excellent quality rating). Lanes 3 & 4: Degraded RNA samples with 3’:5’ ratios >3 (Unacceptable quality rating).

Components & Storage Conditions

각 제품 구성물과 보관조건은 Certificate of Analysis 를 참조하십시오.