6개의 Long-range DNA polymerase 비교를 한 논문이 Nature에 게재되었습니다.

실제 적용 시 polymerase 특성 및 NGS 적용성에 대해 연구한 실험입니다.

Jia H. et al., Long-range PCR in next-generation sequencing: comparison of six enzymes and evaluation on the MiSeq sequencer. Nature Scientific Reports. 4:5737. doi: 10.1038/srep05737. (2014)

논문 요약

Long-range PCR은 적은 양의 샘플에서 알고자 하는 유전자를 sequencing할 때 사용할 수 있는 적용성이 높고, 빠르며, 효율적인, 게다가 비용절감도 가능한 방법이다. 특히 NGS platform을 활용하고자 할 때는 보다 더 유용한 방법으로 알려져 있다.

Long-range DNA polymerase는 15 kb나 그 이상의 genomic DNA를 증폭할 수 있다고 알려져 있지만, 실제 실험 시의 polymerase 특성과 NGS 적용성은 확실하지 않다. 따라서, 6개의 long-range DNA polymerase (Invitrogen SequalPrep, Invitrogen AccuPrime, TaKaRa PrimeSTAR GXL, TaKaRa LA Taq Hot Start, KAPA Long Range HotStart, QIAGEN LongRange PCR Polymerase)를 이용하여, 길이 12.9 kb, 9.7 kb, 5.8 kb의 세 개의 amplicon을 증폭하여 효율을 비교하였다.

테스트한 결과 TaKaRa PrimeSTAR GXL DNA polymerase와 Invitrogen SequalPrep을 사용한 경우에만 3개의 amplicon 모두 증폭할 수 있었다. 또한, 다른 효소와 달리 TaKaRa PrimeSTAR GXL DNA polymerase는 다른 길이, 다른 Tm값을 가지고 있는 amplicon을 같은 PCR 조건에서 증폭할 수 있었다. 편리성과 정확성 부분에서 우수하며, reaction time 및 reaction cost 에서도 다른 효소에 비해 뛰어나, 추후 실험을 위해 TaKaRa PrimeSTAR GXL DNA polymerase을 선택하였다.