대장균은 본래 외래 DNA를 절단하는 성질을 가지고 있어서, 어떤 종류의 메틸화 DNA나 PCR 산물 등 염기가 수식되어 있지 않은 DNA를 절단해 버린다. 그 때문에 포유류 게놈 DNA나 메틸화 cDNA(library 제작시), PCR 산물을 클로닝하는 경우에는, 제한- 수식(restriction-modification) 유전자(mcr A, mcr B 등)를 결손한 대장균주가 이용되고 있다. 한편, 일부 제한효소(Xba l 등)는 메틸화된 플라스 미드 DNA를 절단할 수 없기 때문에, Dam, Dcm methylase 등의 methylation계 유전자의 일부를 결 손한 대장균주로 플라스미드를 조제할 필요가 있다. 다카라바이오에서는 다양한 competent cell을 제공 하고 있으므로 사용하는 플라스미드나 실험 목적에 적합한 제품을 이용하면 된다. 클로닝 조작에는 통 상 E. coli K12주 유래의 대장균주가 사용된다. 그러 나 BL21계의 대장균은 형질전환 효율이 낮아 클로닝 조작에는 적합하지 않다.