Yeast two-hybrid 기술 (Y2H)는 주로 새로운 protein-protein interaction 을 찾기 위해 사용되고 있습니다. 1989년 Fields and Song에 의해 발명된 이 후, 최근까지 28,000 건 이상의 논문에서 거의 모든 생물학적 pathway 내의 interaction을 발견하는데 인용되고 있습니다.

Matchmaker™ Gold Yeast Two-Hybrid System (TaKaRa Code 630489)에 서 목적 protein ("bait" protein ; 알고 있는 단백질로 직접 cloning)은 Yeast GAL4 protein의 DNA-binding domain (DNA-BD)과 융합되어 발현 후, 스스 로 transcription을 활성화할 수 없으나 4개의 reporter 유전자의 상류에 위치 한 GAL4-responsive promoter에 결합할 수 있습니다. 한편, 목적 protein ("bait" protein)과 상호작용 하는 partner protein ("prey" protein ; 미지의 단 백질로 library 형태로 제공)은 Yeast GAL4의 transcriptional activiation domain (AD)에 융합하여 transcription을 활성화시키는 역할을 합니다. 따라 서 Prey protein이 bait protein과 상호작용할 때 GAL4 promotor의 activity가 회복되어 하나 또는 그 이상의 reporter protein이 활성화됩니다.