제한 효소에는 그 DNA 인식 배열중의 염기가 메틸화되면, 메틸화 된 염기의 종류 및 위치에 의해서 DNA를 절단 할 수 없게 되는 것이 있다. 이러한 메틸화에 영향을 받는 제한 효소와 PCR 혹은 Real Time PCR등의 유전자 검출 방법을 조합하여, epigenetics 해석의 하나인 포유류 게놈의 DNA 메틸화 해석을 비교적 용이하게 할 수 있게 되었다. 아래와 같이 표에는 포유류 게놈의 DNA 메틸화 해석에 이용 가능한 CpG 메틸화에 영향을 받는 제한 효소, 즉, CpG methylase (5mCG)에 의한 메틸화의 영향에 의해 DNA 절단을 할 수 없게 되는 제한 효소를 정리하였다.

· CpG methylase (5mCG)에 의한 메틸화 영향을 받는 제한 효소
· 배열 조건에 의해 CpG methylase (5mCG)에 의한 메틸화 영향을 받는 제한 효소

대장균 유래의 methylase의 영향도 표기하였다.
· dam methylase (G6mATC)에 의한 메틸화의 영향을 받는 제한 효소
· dcm methylase (C5mCWGG)에 의한 메틸화의 영향을 받는 제한 효소

^*1 Hap II의 isoschizomer인 Msp I CpG methylase의 영향을 받지 않는다
^*2 (　) 안의 서열은 제한 효소 인식 서열 이외의 서열을 나타낸다