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Substraction 전후 cDNA 발현 차이를 간단하게 확인

Clontech PCR-Select Differencial Screening Kit

제조사	제품코드	제품명	용량	가격 (부가세별도)	비고	사용자매뉴얼
Clontech	637403	Clontech PCR-Select Differential Screening Kit	1 Set	1,223,000원		,
Clontech	637402	Clontech PCR-Select Differential Screening Blocking Solution	1 ml	646,000원

Product index

Overview
High fidelity PCR: PrimeST..
Standard PCR: Ex, LA, rTaq..
Direct PCR: MightyAmp
Dye가 포함된 premix
특수 PCR (Epigenetics, UNG..
PCR Enzyme (Clontech)
DNA PCR 관련 제품
RT-PCR 관련 제품
Mutagenesis
- Diversify PCR Random M..
PCR Subtraction 관련 제품
PCR 장치
PCR Accessory Products
- Advantage Ultrapure PC..
- TaqStart Antibody
Whole Genome SNP Detection
- TITANIUM DNA AMPLIFICA..

Clontech PCR-select differential screening Kit을 사용하면 subtraction이 끝난 library 중에서 정말로 특이적 발현하고 있는 cDNA를 검출할 수 있다. Clontech PCR-select cDNA subtraction Kit으로 발현량에 차이가 있는 유전자 pool을 만든 후, 본 Kit을 사용하면 그 발현차를 간편하게 확인할 수 있다.
PCR-select differential screening에서는 subtraction이 끝난 library에 대해 tester 및 driver RNA로 직접 합성한 probe, forward subtraction이 끝난 cDNA로 제작한 probe 및 reverse subtraction이 끝난 cDNA(2 회째의 reverse-subtracted)로 제작한 probe를 사용하여 hybridization시켰다. 특이적 발현 clone은 driver와는 hybridization시키지 않고 tester만으로 hybridization시키는데, subtraction 전의 probe에서는 감도가 낮기 때문에 본래의 정보를 검출할 수 없다. 반면 subtraction이 끝난 probe에는 특이적 발현 cDNA가 상당히 농축되어 있는데, 결과가 false positive를 나타내는 경우가 있다. 본 방법에서는 subtraction 전후의 양 probe(subtracted 와 non-subtracted probes)를 사용함으로써 최고 효율로 특이적 발현 유전자의 동정을 실시할 수 있다.

PCR-select differential screening Kit에는 subtraction 전후의 양 probe 제작에 필요한 시약, control 및 user manual이 첨부되어 있다. NA polymerase mix는 별도로 준비해야 한다. 고감도이고 정확한 PCR을 위해 advantage 2 polymerase mix(Cat. No. 639201) 사용을 권장한다.

그림 1. Clontech PCR-select differential screening에 의한 희소한 특이적 발현 cDNA의 검출 SMART PCR cDNA synthesis Kit(Cat. No. 634902)을 사용하여 γ-globin 생성 세포주 및 β-globin 생성 세포주로 total RNA의 예비증폭을 실시하였다. γ주 유래의 cDNA를 tester, β주 유래의 cDNA를 driver에 사용하여 PCR-select cDNA subtraction을 실시하였다. Reverse subtraction은 tester와 driver를 바꾸어 넣어 실시하였다. 이어서 subtraction이 끝난 cDNA를 clone화하고 무작위로 선택한 clone을 각 nylon membrane의 동일위치에 plot하였다. Membrane은 그림 속에 나타낸 probe를 사용하여 hybrid시켰다.

구성물

Nested primer 1
Nested primer 2R
Reaction buffer(-dCTP)
Reaction buffer(-dATP)
Random primer mix
Klenow enzyme(exo-)
Negative hybridization control(cDNA 1R)
Negative hybridization control(cDNA 2R)
Blocking solution
Stop solution
User manual(PT3138-1)

보존 -20℃

적용분야

특이적 발현 screening
유전자 특정
특이적 유전

Keyword :

PCR Subtraction 관련 제품

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