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Ion Torrent를 위한 library 제작 시스템

Encore NGS Library System for Ion Torrent

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제조사 제품코드 제품명 용량 가격
(부가세별도)
비고 사용자매뉴얼
데이터가 없습니다

  • DNA 100 ng에서 4시간 이내에 Ion Torrent에 적용할 수 있는 sequencing library 구축
  • 게놈 해석이나 Exome 서열분석, Amplicon 서열분석, RNA-Seq, Digital Gene Expression(DGE) 및 ChIP-Seq등 여러 가지 application에 적용가능
  • Multiplex sequencing을 통하여 high throughput 해석이 가능하므로 비용절감 효과
제품설명
본 제품은 Life Technologies의 Ion Personal Genome Machine(PGM)에 사용 가능한 DNA library 구축 시스템이다. 본 제품을 이용하면 간편하고 신속하게 다양한 유전자를 포함한 library를 구축할 수 있다. 최적화된 실험과정을 통해 특별한 장치를 이용한 별도의 size selection(사이즈 분획)이 필요없다. 불과 100 ng의 DNA에서 library를 구축할 수 있어 게놈 해석이나 Exome 서열분석, Amplicon 서열분석, RNA-Seq, Digital Gene Expression(DGE) 및 ChIP-Seq등 여러 가지 애플리케이션용 library를 구축할 수 있다. Encore NGS Multiplex Library System I/IB를 사용하면 동시에 복수의 샘플을 해석(16-plex multiplex sequencing)할 수 있어 분석비용을 줄일 수 있다.

실험 과정은 크게 4개의 step으로부터 구성되어 있다(그림 1).

1. Double stranded DNA의 단편화 및 사이즈 분획 : 자동화 가능한 magnetic beads를 이용해 DNA 단편의 평균이 150 bp가 되도록 사이즈 분획한다.
2. End-repair : DNA 단편의 말단을 평활화시킨다.
3. Adaptor ligation : 5'과 3'말단에 특이적인 adaptor를 ligation 시킨다.
4. Adaptor가 결합된 DNA 단편은 PCR에 의해 fill-in 반응과 동시에 증폭되어 최종 library가 된다. 이 과정을 통해 multiplex용 bar code를 부가하는 것도 가능하다.

이 실험 과정은 4시간에 완료할 수 있으며, Ion PGM System에 곧바로 사용 가능한 DNA library를 구축할 수 있다. Encore NGS Multiplex Library Systems for Ion Torrent를 사용하면 Single Ion Chip에 최대 16 샘플의 분석이 가능하고, 분석 비용을 크게 줄일 수 있어 데이터를 얻는데 필요한 시간을 단축할 수 있다.
Encore NGS Library Systems for Ion Torrent는 Ovation RNA-Seq System V2, Ovation RNA-Seq FFPE System 및 Ovation Prokaryotic RNA-Seq System에도 적용할 수 있으며, total RNA의 사이즈 분획을 과정없이 전사 산물 library의 구축이 가능하다.

0306-08_01
그림1. Encore NGS Library System for Ion Torrent Work Flow

0306-08_02
2. 대장균 게놈 DNA의 full sequencing coverage

Encore NGS Library System for Ion Torrent를 이용하여 대장균 게놈 DNA 100 ng을 이용해 3개의 독립적인 library를 구축하여 PGM을 이용하여 분석하였다. 각 샘플로부터 얻은 read 분포를 redundancy에 따라 plotting하였다. 각 샘플로부터 얻을 수 있던 total read의 평균은 566,000이었다. 각 데이터 세트에서 430,000 read를 무작위적으로 선택하여 plotting하였다. 실험 데이터는 각각 red, gole, green라인으로 표기하였다. 샘플 A로부터 무작위적으로 선택할 경우 430,000 reads의 이론적인 분포는 blue로 나타냈다.
내용
Encore NGS Library System for Ion Torrent Reagents (Code 0306-08)
· End Repair Buffer Mix
· End Repair Enzyme Mix
· Ligation Buffer Mix
· Ligation Adaptor Mix
· Ligation Enzyme Mix
· Amplification Buffer Mix
· Amplification Primer Mix
· Amplification Enzyme Mix
· DMSO
· Nuclease - free Water
· Agencourt RNAClean XP Beads
보존
Agencourt RNAClean XP Beads 4℃
그 이외의 시약 - 20℃

Encore는 NuGEN Technologies사의 Trade mark입니다

Keyword :
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DNA/RNA 증폭 (NuGEN)
데이터가 없습니다
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