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PCR free, NGS Library 제작 시스템

Encore Rapid Library/Multiplex System

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제조사 제품코드 제품명 용량 가격
(부가세별도)
비고 사용자매뉴얼
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제품설명
Encore Rapid Library System는 NGS용 library를 간편하고 단시간에 제작할 수 있는 시스템이다. 이 시스템은 100 ng의 dsDNA를 이용하여 PCR 증폭없이 library 구축할 수 있도록 설계되어있다. Workflow는 4개의 과정으로 분리되어 있다.
1) Genomic DNA 혹은 dscDNA의 단편화, 2) End-repair에 의한 평활 말단 생성, 3) Multiplex 혹은 no multiplex를 위한 adaptor Ligation, 4) Final repair를 통한 library 제작(그림 1).
기존의 NGS 프로토콜과는 달리, 본 시스템에서는 PCR 증폭을 사용하지 않는다. 또한 본 실험과정에서는 bead를 이용한 정제를 하며, gel 정제는 하지 않는다. 이 시스템을 이용하면, 불과 2시간에 완료할 수 있으며, 또한, 생성한 library는 곧바로 클러스터 형성 가능한 상태로, single read나 pair end sequencing을 할 수 있다. PCR 증폭을 사용하지 않기 때문에, 매우 높은 GC함량을 가지는 genome에서도 PCR의 영향없이 library를 구축할 수 있다. 이렇게 구축한 library는 여러 가지 application(RNA-Seq, Digital Gene Expression (DGE), genomic DNA sequencing등)에 사용할 수 있다.

Encore Rapid Library System는 Ovation RNA-Seq System V2(Code 7102 시리즈)나 Ovation RNA-Seq FFPE System(Code 7150-08)을 이용해 증폭한 ds cDNA를 사용할 수 있다. Encore Rapid IL Multiplex System 1-8(Code 0317-32)과 Encore Rapid IL Multiplex System 9-16(Code 0318-32)을 사용하여, multiplex sequencing 분석이 가능한 각 8 종류의 barcode adaptor(In-Line adaptor)를 붙인 library를 제작할 수 있다. IL Multiplex System 1-8과 IL Multiplex System 9-16을 조합하면, 최대 16 샘플 동시 해석이 가능해져, 비용 절감이 가능하다.
Encore Rapid DR Multiplex System 1-8(Code 0319-32)과 Encore Rapid DR Multiplex System 9-16(Code 0320-32)를 사용하면, multiplex sequencing 분석이 가능한 각 8 종류의 barcode adaptor (DR adaptor)를 붙인 library를 제작할 수 있다. Encore Rapid DR Multiplex System 는 Illumina의 표준 프로토콜과 같은 방법을 사용하고 있기 때문에, Illumina의 표준 소프트웨어를 이용한 해석이 가능하다. DR Multiplex System 1-8과 DR Multiplex System 9-16을 조합해 사용하는 것으로써, 최대 16 샘플의 동시 해석이 가능해진다.
실험 과정은 크게 4개의 스텝으로 구성되어 있다(그림 1).
1) Genomic DNA 혹은 dscDNA의 단편화
2) End-repair에 의한 평활 말단 생성
3) Multiplex 혹은 no multiplex를 위한 adaptor Ligation
4) Final repair를 통한 library 제작

그림1. Encore Rapid Library System workflow

0316-08_01
내용
Encore Rapid Library System(Code 0316-08)
  • End Repair Buffer Mix
  • End Repair Enzyme Mix
  • End Repair Enhancer
  • Ligation Buffer Mix
  • Ligation Adaptor Mix
  • Ligation Enzyme Mix
  • Final Repair Buffer Mix
  • Final Repair Enzyme Mix
  • Nuclease-free Water
  • Agencourt RNAClean XP Beads
운송
실온
보존
Agencourt RNAClean XP Beads (clear cap):4℃
그 이외의 시약 모두:20℃

Keyword :
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DNA/RNA 증폭 (NuGEN)
데이터가 없습니다
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