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Encore Complete Prokaryotic RNA-Seq Library Systems

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제품설명
Encore Complete Prokaryotic RNA-Seq Library Systems은 미생물 순수 배양액이나 혼입된 균체로부터 추출한 100 ng 정도의 total RNA로 strand-specific RNA-Seq library를 구축할 수 있다. 이 제품내 핵심기술은 cDNA를 합성하는 동안 NGS libraries내 non-rRNA를 농축하는 것으로 다양한 prokaryotes에서 추출된 transcriptomes에 적용할 수 있을 것이다.
retains RNA strand 정보를 유지한 double-stranded cDNA를 합성하기 위해서 특허등록된 primer를 이용하여 first strand cDNA 합성을 수행한다. 동일한 kit내 제공되는 시약과 barcoded adaptors를 이용하여 cDNA를 NGS library로 변환한다.

Encore Complete Prokaryotic RNA-Seq DR Multiplex System 1-8 (Part No. 0326-32)와 Encore Complete Prokaryotic RNA-Seq DR Multiplex System 9-16 (Part No. 0327-32) 각각은 8개의 unique barcoded adaptors로 더 효과적으로 multiplex sequencing이 가능하며 transcriptome sequencing시 비용을 절감하게 한다. 이 두 kit를 함께 사용하면 Illumina NGS platforms의 lane 당 16 samples까지 multiplexing가능하다.

Encore Complete Prokaryotic RNA-Seq Library Systems은 second strand cDNA 합성 및 ligation시 하나의 strand에 동일한 analogue를 포함한 double-stranded library adaptors 중 한쪽에 nucleotide analogue를 결합시켜 strand-specific expression analysis을 할 수 있도록 설계되었다.

Ligation 후 cDNA strand과 analogue를 포함한 adaptor는 선택적으로 제거되고 양쪽 adaptor sequences를 갖고 있는 하나의 cDNA strand만 남는다. 이 제품은 PCR 증폭으로 sequence-ready library로 전환된다(Figure 1 참고).

Figure 1:


Figure 2:

Figure 2: Strand-Specific RNA-Seq from three species of bacteria with varying G+C content: The histogram shows the percentage of sequencing reads that map in the sense (blue) or antisense (gold) orientation relative to NCBI transcript annotations. Single-read sequencing results were obtained using the Illumina Genome Analyzer IIx platform. Greater than 98% of rRNA reads aligned to the correct strand in each of the organisms tested. Higher levels of antisense expression were observed in non-rRNA genes (ORF; open reading frames) and varied between strains. Sa = S. aureus, 33% GC; Ec = E. coli, 51% GC; and Bt = B. thailandensis, 68% GC.
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Encore Complete RNA-Seq Library Systems

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7102


Keyword :
-
DNA/RNA 증폭 (NuGEN)
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