• Robust, full-length chemistry - SMART-seq2를 포함한 기존의 모든 single cell full-length 분석법을 뛰어넘는 성능
• Easy, plate-based workflow - FACS 등으로 분리한 single cell에 바로 적용 가능
• Single-tube workflows - cDNA 합성부터 library 제작 과정을 각각 single tube에서 진행할 수 있어, 샘플 손실이나 오염 등 실험 과정에서 발생할 수 있는 오류 최소화
• Unparalleled sensitivity and reproducibility - 높은 유전자 검출 효율을 이용한 최고 성능의 단일 세포 RNA-seq (특히, RNA 함량이 매우 낮은 세포 및 핵에 적용)
• High library yield - 높은 yield의 library를 제작할 수 있어, NovaSeq system과 같은 high-throughput sequencer에 적용하거나, 여러 차례 분석 가능
• Highly scalable workflow - 대량 (High-throughput) 실험 적용가능, 자동화 기기 적용에 최적

제품설명

SMART-Seq^® Single Cell Kit (SSsc)와 SMART-Seq^® Single Cell PLUS Kit (SSsc PLUS)는 높은 민감도와 재현성으로 single cell 혹은 single nuclei를 분석할 수 있다. SSsc PLUS 제품을 이용하면, single cell에서 RNA를 추출하지 않고, 바로 oligo(dT) primer를 이용해 고품질 full-length cDNA를 제조한 후, lllumina^® 플랫폼의 library 제작까지 진행할 수 있다. 제품을 이용하여 2 pg total RNA와 RNA 함량이 낮은 것으로 알려져 있는 말초혈액 단핵세포 (PBMCs)와 같은 single cell에서 우수한 결과를 확인하였다.
본 제품은 single cell 분석을 위해 SMART (Switching Mechanism at 5' End of RNA Template) 기술을 업그레이드하여 개발된 시스템으로, 더 많은 read와 유전자를 검출할 수 있다. SSsc는 높은 재현성과 gene-body coverage 뿐 아니라 GC-rich 전사체도 정확하게 cDNA로 합성할 수 있다.
SMART-Seq^® Single Cell PLUS Kit (SSsc PLUS)에 포함되어 있는 library preparation kit는 enzymatic fragmentation와 stem-loop adaptor를 함께 사용하여, 2시간 내 single tube에서 purification 과정 없이 cDNA로부터 library를 제작할 수 있다. 따라서, 샘플 손실이나 오염 등 실험 과정에서 발생할 수 있는 오류를 최소화 할 수 있다. 이 과정을 통해 제작된 library는 SMART-Seq2 등 기존의 방법 및 당사 기존 제품 (SMART-Seq^® v4)에 비해 재현성이 높고, 훨씬 우수할 뿐 아니라, 높은 yield로 제작되어 high-throughput sequencer에 적용하거나, 여러 차례 분석할 수 있다.


그림 1. SMART-Seq^® Single Cell Kit와 SMART-Seq2 법과의 결과 비교
SMART-Seq2을 이용했을 때 보다 SMART-Seq^® Single Cell Kit을 이용했을 때, mitochondria 유래 유전자로부터 훨씬 더 높은 mapped reads와 보다 많은 유전자가 검출됨을 확인하였다.

Single cells from the lymphoblastoid cell line GM12878 were processed with the SMART-Seq^® Single Cell Kit (SSsc; 18 cells) or the Smart-seq2 method (Smart-seq2; 20 cells) using 19 cycles of PCR. RNA-seq libraries were generated and sequences analyzed (after normalizing all samples to 1.75 million paired-end reads).
(Panel A) The read distribution was different between the two chemistries, with a drastically higher number of reads mapping to the mitochondrial genome (and therefore, fewer reads available for gene identification) with Smart-seq2 chemistry.
(Panel B) More genes were detected in the cells processed with SSsc.


그림 2. SMART-Seq^® Single Cell Kit와 당사 기존 제품인 SMART-Seq v4와의 비교
당사 기존 제품인 SMART-Seq^® v4을 이용했을 때 보다 SMART-Seq^® Single Cell Kit을 이용했을 때,
더 높은 cDNA yield를 얻었고, reads에 관계없이 검출되는 유전자 수가 60% 이상임을 확인하였다.

(Panel A) 12 single cells from lymphoblastoid cell line GM22601 were processed with SSv4 or SSsc using 19 cycles of PCR. All samples were normalized to 1.25 million paired-end reads. The cDNA yield generated with SSsc was drastically higher than that generated with SSv4.
(Panel B) About 50 single PBMCs from one donor were processed with SSv4 or SSsc. About 60% more genes were detected in the cells processed with SSsc, regardless of the number of reads used for the analysis.


그림 3. SSsc PLUS를 이용한 library에서 Nextera^® XT보다 더 높은 yield와 유전자 검출

(Panel A) The SMART-Seq^® Single Cell Kit was used to produce cDNA, in triplicate, from 10 pg of Mouse Brain Total RNA. Illumina^®-compatible libraries were then generated using either the SMART-Seq^® Library Prep Kit portion of the SSsc PLUS kit or Nextera^® XT. Libraries were sequenced on a NextSeq 500. The reads were normalized to 4M paired-end reads and analyzed as described in the technical note.
(Panel B) Library yields obtained with the SSsc PLUS kit are higher than yields produced with Nextera^® XT.
(Panel C) The SSsc PLUS kit also identified more genes compared to Nextera^® XT.

적용

자세한 구성은 CoA를 참고하세요.