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Home > 전제품보기 > NGS 관련 > Low Input DNA-Seq > SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq Kit
General Purpose Library Preparation for Illumina® NGS Platforms

SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq Kit

-

제조사 제품코드 제품명 용량 가격
(부가세별도)
비고 사용자매뉴얼
Clontech
R400523
SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq 6S(12)Kit
관련학술 관심상품등록 구매하기
12회
가격문의   RB4523 제조사 페이지로 바로가기 ThruPLEX DNA-seq Single Index Protocol-At-A-Glance_070517.pdf, ThruPLEX DNA-seq Kit User Manual_022818.pdf
Clontech
R400428
SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq 12S (48)Kit
관련학술 관심상품등록 구매하기
48 회
가격문의   RB4428 제조사 페이지로 바로가기 ThruPLEX DNA-seq Kit User Manual_022818.pdf, ThruPLEX DNA-seq Single Index Protocol-At-A-Glance_070517.pdf
Clontech
R400427
SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq 48S Kit
관련학술 관심상품등록 구매하기
48 회
가격문의   RB4427 제조사 페이지로 바로가기 ThruPLEX DNA-seq Single Index Protocol-At-A-Glance_070517.pdf, ThruPLEX DNA-seq Kit User Manual_022818.pdf
Clontech
R400406
SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq 48D Kit
관련학술 관심상품등록 구매하기
48 회
가격문의   RB4406 제조사 페이지로 바로가기 ThruPLEX DNA-seq Single Index Protocol-At-A-Glance_070517.pdf, ThruPLEX DNA-seq Kit Dual Index Protocol-At-A-Glance_070617.pdf
Clontech
R400407
SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq 96D Kit
관련학술 관심상품등록 구매하기
96 회
가격문의   RB4407 제조사 페이지로 바로가기 ThruPLEX DNA-seq Kit User Manual_022818.pdf, ThruPLEX DNA-seq Kit Dual Index Protocol-At-A-Glance_070617.pdf

  
  • High performance from low inputs: 미량의 DNA 샘플 (50 pg - 50ng)에서 Illumina® NGS Library 제작
  • Complete package for creating libraries: Illumina® NGS Library 제작을 위한 indexing & adaptor 시약, 효소 등의 모든 구성품을 포함
  • Fast and simple workflow: 튜브이동 없이 단일튜브 (single tube)에서 세 번의 실험과정 (library 제작 시간: 약 2시간)
  • Compatible with major target enrichment platforms: 주요 Target Enrichment 플랫폼에 적용 가능 - Agilent SureSelect®, Roche Nimblegen® SeqCap® EZ, and IDT xGen® Lockdown® probes 외
    ※ DNA Target Enrichment Protocol 자세히 보기
제품설명
SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq Kit은 SMARTer® ThruPLEX® 기술을 이용하여 극소량의 DNA로부터 Illumina® NGS Library를 제작할 수 있는 제품이다. 본 제품을 이용하면 불과 50 pg 수준의 극소량 DNA로 최대 96 multiplexing에 대응 가능한 Illumina® NGS Library를 제작 가능하다. 본 제품은 샘플 종류에 상관없이 fragmentation된 DNA라면 모두 적용이 가능하다 (Genomic, biofluids such as cell-free DNA, DNA from FFPE materials, cDNA).
SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq Kit은 single tube(well) reaction으로 별도의 정제(purification)과정이나 tube교체가 필요 없으며, 약 2시간이면 완료할 수 있다. 제품에 따라 12, 48, 96 single- 혹은 dual-read Illumina-compatible indexes가 포함되어 있으며, index에 따라 tube (6, 12) 혹은 pre-dispensed barcode microplate에 index가 제공된다.
ThruPLEX® DNA-seq Kit은 다양한 DNA-seq application과 RNA-seq을 위한 cDNA 그리고 ChIP-seq등에 사용될 수 있으며, 주요 target enrichment platform protocol도 함께 제공되고 있다 (※ DNA Target Enrichment Protocol 자세히 보기).

표 1. SMARTer® ThruPLEX® 제품 구분

제품명

Code

포함된 Illumina® index

개수

Index type

SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq 6S(12)Kit

R400523

6종류

Single index

SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq 12S(48)Kit

R400428

12종류

Single index

SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq 48S Kit

R400427

48종류

Single index

SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq 48D Kit

R400406

48종류

Dual index

SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq 96D Kit

R400407

96종류

Dual index



[그림 1] Single- tube Workflow of SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq Kit SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq Kit의 실험단계는 Repair, Adaptor ligation, library amplification 3 단계로 구성되어있으며, 불과 50 pg - 50 ng의 double strand DNA/cDNA 에서 Illumina® indexed library를 제작할 수 있다. 모든 실험 과정은 튜브 이동 없이 Single tube에서 이루어지기 때문에 샘플의 손실과 오염을 막고 2시간 만에 library 제작을 완료할 수 있다.


[그림 2] SMARTer® ThruPLEX®  기술
Step 1. 단편화된 double stranded DNA 말단을 고효율로 Repair한다
Step 2. DNA 절편의 5’ 말단에 Stem-Loop adapter가 ligation되며, 3’ 말단에는 nick을 남긴다. 이후 extension 과정을 통해 Stem-Loop adapter의 일부가 제거된다.
Stem-Loop adapter는 노출된 단일가닥이 없고, 5’ 말단이 block되어 있어 adapter간의 dimer 형성이 억제될 뿐만 아니라 서열 분석에서의 background를 감소시킬 수 있다.
Step 3. Illumina® index가 포함된 primer로 증폭하여 Illumina® NGS 분석용 Llibrary 제작을 완료한다.


[그림 3] SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq Kit과 타사 제품과의 비교; library diversity와 duplicate rate SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq Kit과 타사의 제품을 이용하여 library를 제작하고 MiSeq v3 Reagent Ki를 이용하여 library diversity와 duplicate rate를 비교하였다. SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq Kit은 보다 적은 양의 샘플에서도 더 높은 library diversity를 보였으며 (왼쪽), duplicate rate도 낮음을 확인하였다 (오른쪽).


[그림 4] SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq Kit의 GC Coverage 비교
SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq Kit과 타사의 제품을 이용하여 50ng의 human genome DNA에 대한 NGS Library를 제작하고 GC Coverage를 확인하였다. SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq Kit은 타사 제품에 비하여 보다 전체의 범위를 아우르는 넓은 GC coverage를 보였다. 빨간색 세로선 (red bar)으로 표현된 부분은 human genome의 GC 함량 분포를 나타낸다.
Application & Technical Note
보관 -20 °C.
내용
표 2. SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq Kit 구성 - Single index Kit

Component name

Cap Color

6S Kit
6 Single Indexes
12 Reactions

12S Kit
12 Single Indexes
48 Reactions

48S Kit
48 Single Indexes
48 Reactions

Code

R400523

R400428

R400427

용량

12

48

48

Template Preparation Buffer

Red

1 Tube

1 Tube

1 Tube

Template Preparation Enzyme

Red

1 Tube

1 Tube

1 Tube

Library Synthesis Buffer

Yellow

1 Tube

1 Tube

1 Tube

Library Synthesis Enzyme

Yellow

1 Tube

1 Tube

1 Tube

Library Amplification Buffer

Green

1 Tube

1 Tube

1 Tube

Library Amplification Enzyme

Green

1 Tube

1 Tube

1 Tube

Nuclease-Free Water

Clear

1 Tube

1 Tube

1 Tube

Indexing Reagents

Blue

6 Tubes

12 Tubes

1 Single Index Plate (48S)


※ ThruPLEX® DNA-seq Kit single Index 서열
   * ThruPLEX DNA-seq 6S (12 )Kit (R400523)
   * ThruPLEX DNA-seq 12S (48)Kit (R400428)
   * ThruPLEX DNA-seq 48S Kit (R400427)

※ ThruPLEX® DNA-seq Kit single Index Plate Guide

표 3. SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq Kit 구성 - Dual index Kit

Component name

Cap Color

48D Kit
48 Dual Indexes 48 Reactions

96D Kit
96 Dual Indexes 96 Reactions

Code

R400406

R400407

용량

48

96

Template Preparation Buffer

Red

1 Tube

2 Tubes

Template Preparation Enzyme

Red

1 Tube

2 Tubes

Library Synthesis Buffer

Yellow

1 Tube

2 Tubes

Library Synthesis Enzyme

Yellow

1 Tube

2 Tubes

Library Amplification Buffer

Green

1 Tube

2 Tubes

Library Amplification Enzyme

Green

1 Tube

2 Tubes

Nuclease-Free Water

Clear

1 Tube

1 Tube

Indexing Reagents

 

1 Dual Index Plate
(48B or 48D)

1 Dual Index Plate
(96A or 96D)


※ ThruPLEX® DNA-seq Kit Dual Index Plate Guide (R40046, R400407)

Keyword : RB4523,RB4428,RB4427,RB4406,RB4407,rubicon,DNA-Seq,ChIP-Seq,ChIP,NGS,WGS
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