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Indel (mutation) 서열 확인

Indel Identification Kit

제조사	제품코드	제품명	용량	가격 (부가세별도)	비고	사용자매뉴얼
Clontech	631444	Guide-it™ Indel Identification Kit	10 회 (Package)	1,033,000원		,

Product index

Overivew
유전자 편집 전 단계
편집 유전자 도입
유전자 편집 후 확인
CRE recombinase
- CRE Recombinase Gesicl..
- AAV Helper Free System..

* 구성품 변경: In-Fusion^® HD Cloning Kit (Code 639648)가 업그레이드 제품인 In-Fusion^® Snap Assembly Master Mix (Code 638947)로 대체되어 제공됩니다.

Streamlined method: genome editing 이후, 다양한 Indel sequence 확인
CRISPR/Cas9 뿐만 아니라 TALENs, ZFNs 이후 Indel identification에 사용 가능
Ultrafast protocol: Cell direct PCR과 In-Fusion Cloning을 조합한 빠른 프로토콜
Complete kit: target 의 증폭, 복제, sequencing용 샘플 제작에 필요한 모든 시약 포함

제품설명

Guide-it Indel Identification Kit는 genome editing (CRISPR/Cas9, TALENs, ZFNs) 이후 얻어진Indel (Insertions and deletions)의 다양성을 확인하는 데 최적화된 제품이다. 본 제품은 DNA 서열 분석을 위한 target site의 amplify, clone, sequencing용 샘플 조제를 위한 모든 제품과 프로토콜을 구비하고 있어 신속하고 신뢰성 높은 결과를 얻을 수 있다. Terra PCR Direct polymerase를 사용하므로 DNA 추출, 정제 없이 crude cell lysate로부터 genomic DNA fragment를 증폭할 수 있으며, 증폭산물은 In-Fusion Cloning 방법을 이용하여 pre-linearized pUC19에 바로 cloning 할 수 있다. 이후 제품 내에 포함된 Stellar Competent Cell에 transformation 이후 생성된 Colony는 colony PCR 하여 target region을 증폭한 후 시퀀싱하여 Indel 서열을 분석할 수 있다 (그림 1, 그림 2).

그림 1. The Guide-it Indel Identification Kit provides a complete workflow for identifying the variety of insertions and deletions (indels) introduced by nuclease-based genome editing. The protocol uses direct PCR to amplify a genomic DNA fragment (~500 to 700 bp) containing the target site directly from crude cell lysates (step 1). The resulting amplified fragments contain a pool of edited target sites from individual cells. These PCR products are cloned directly into a pre-linearized pUC19 vector using the In-Fusion cloning system (step 2). After transformation of an optimized E. coli strain, colony PCR is used to amplify the target site from the plasmid (step 3). DNA sequencing is then used to identify the different indels generated at the targeted genomic site (step 4).

그림 2. Identification of insertions and deletions (indels) in the CD81 gene after CRISPR/Cas9 targeting. HeLa cells were transfected with plasmids encoding Cas9 and an sgRNA targeting the CD81 gene. The Guide-it Indel Identification Kit was used to prepare CD81 target sites for DNA sequence analysis. The sequencing data from six clones was aligned with the wild-type sequence, revealing a broad range of indels in the CD81 gene.

적용

Detecting insertions and deletions introduced in mammalian genomic DNA
Characterizing the variety of indels that are present in a cell population after nuclease-based gene editing

구성품 (자세한 내용은 CoA를 참조하세요)

Guide-it Indel Identification Components

110 μl Terra PCR Direct Polymerase Mix
3 x 1 ml 2X Terra PCR Direct Buffer (with Mg²⁺, dNTP)
400 μl Extraction Buffer 1
40 μl Extraction Buffer 2
10 μl pUC19 Cloning Vector, linearized (50 ng/μl)
200 μl Colony PCR Forward Primer (15 μM)
200 μl Colony PCR Reverse Primer (15 μM)
6 x 1 ml PCR-Grade Water

In-Fusion Snap Assembly Master Mix
NucleoSpin Gel and PCR Clean-Up Kit
Stellar Competent Cells

보존

Guide-it Indel Identification	-20℃
In-Fusion Snap Assembly Master Mix	-20℃
NucleoSpin Gel and PCR Clean-up	실온
Stellar Competent Cells:-70℃	-70℃
그 외 구성품	-20℃

Keyword : Indel,mutation 확인,Insertion,Deletion,NHEJ,Knockout,Knock-out,Knock out,KO,CRISPR,CRISPR/Cas9,Cas9,sgRNA,크리스퍼,gene editing,유전자편집

유전자 편집 후 확인

Genome editing 이후 mutation 확인용

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