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Home > 전제품보기 > NGS 관련 > SMARTer DNA-Seq 개요 > [기술개요] ThruPLEX & PicoPLEX

[기술개요] ThruPLEX & PicoPLEX

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DNA-Seq 기술개요

3 Steps, Single tube 이동이 없는 단 3번의 조작으로 Low-input DNA-seq Library 제작

SMARTer® ThruPLEX® technology




SMARTer® ThruPLEX® 기술

(Step 1) 단편화된 double stranded DNA 말단을 고효율로
repair한다.

(Step 2) DNA 절편의 5’ 말단에 Stem-Loop Adapter가 ligation
되며, 3’ 말단에는 nick을 남긴다. 이후 extension 과정을 통해
Stem-Loop Adapter의 일부가 제거된다. Stem-Loop Adapter는
노출된 단일가닥이 없고 5’ 말단이 block되어 있어 adapter간의
dimer 형성이 억제될 뿐만 아니라 서열 분석에서의 background
를 감소시킬 수 있다.

(Step 3) Illumina® index가 포함된 primer로 증폭하여 Illumina®
NGS 분석용 library 제작을 완료한다.



SMARTer® ThruPLEX® 기술의 장점

  • 하나의 튜브에서 단 3 번의 조작, 15분 hands-on-time
  • Stem-loop adapter 사용으로 background data 감소
  • 다양한 분석 실험에 대응
    - gDNA, cell-free DNA, FFPE DNA, cDNA, ChIP-DNA 서열 분석
    - 다양한 target enrichment 플랫폼 대응 (Roche, Agilent 외)



Whole Genome Amplification (WGA)을 위한 Gold Standard

SMARTer® PicoPLEX® technology


SMARTer® PicoPLEX® 기술

SMARTer® PicoPLEX®는 quasi-random primer를 이용한 linear whole
genome pre-amplification 과정 (step 2)과 exponential amplification
(step 3)을 이용하여 단일세포 (Single Cell) 또는 피코그람 (pg) 수준의 극소량
DNA를 증폭하고 재현성이 높은 NGS library를 구축하는 기술이다.

(Step 1) 세포 용해 (cell lysis)

(Step 2) Pre-amplification
           - 독자적인 quasi-random primer가 gDNA에 선택적으로 결합
           - PCR 에러를 최대한 감소시키는 quasi-linear amplification 적용

(Step 3) PCR Amplification


SMARTer® PicoPLEX® 기술의 장점

  • Single Cell 또는 극소량 (6 pg 수준) 샘플을 매우 높은 감도와 재현성으로 증폭 및 분석
  • 유전자복제변이 (CNV), 염색체 이수성 (Chromosomal aneuploidies), PGS/PGD의 Gold standard
  • 3 steps in a single tube