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증폭 사이즈 |
100-150 bp가 최적 |
최대 300 bp |
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Tm |
90℃ 이하 |
너무 높으면 반응효율이 떨어짐 |
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길이 |
17－25 mer |
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GC contents |
40－60％ |
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Tm |
55－65℃ |
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서열 |
3’ 말단에 G 또는 C가 3개 이상 연속하는 서열은 피한다. |
Annealing 특이성이 낮아져 primer dimer 등의 비특이적인 산물이 발생하기 쉬움 |
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3' 말단에 T는 피한다. (mismatch에도 annealing할 수 있음) |
특이성이 낮음 |
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상보성 |
Primer 내부에 3’ 말단과 일치하는 서열 (2 base 이상)을 포함하는 것은 피한다. |
Primer dimer가 발생하기 쉬움 |
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특이성 |
BLAST 검색을 수행하여 primer의 특이성을 확인한다. |
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Genomic DNA와의 구별 |
Exon junction을 포함하여 설계한다. |
Genomic DNA가 검출되지 않도록 exon junction을 가로지르는 위치로 설계한다. |
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mRNA에서의 위치 |
RT 반응에 Oligo dT Primer를 사용하는 경우, 가능한 한 mRNA의 3’ 말단에 가까운 위치로 설계한다. |
