TaKaRa
로그인  |   회원가입  |   ID/PW 찾기  
제품명/제품코드
사이트내검색
Home > 전제품보기 > PCR > PCR Enzyme (TaKaRa) > MightyAmp™ for FFPE
파라핀 포매 (FFPE) 조직 절편으로 부터 PCR 가능

MightyAmp™ for FFPE

-

제조사 제품코드 제품명 용량 가격
(부가세별도)
비고 사용자매뉴얼
Takara
R073A
MightyAmp™ for FFPE
관련학술 관심상품등록 구매하기 라이선스 
40 회
(50 μl 반응 시)
160,000원  R073A_DS.v1007Da.pdf
Takara
R073B
MightyAmp™ for FFPE
관련학술 관심상품등록 구매하기 라이선스 
160 회
(50 μl 반응 시)
576,000원 

제품설명
이 제품은 파라핀포매(Formalin-Fixed Paraffin-Embedded, FFPE)에서 DNA를 간편하게 추출 하여 PCR 증폭을하기 위한 제품이다. Crude sample에 대하여 강력한 증폭을 나타내는 MightyAmp DNA Polymerase 와 FFPE 샘플용으로 최적화된 전용 버퍼 및 파라핀 포매 조직 절편에서 효율적으로 DNA를 추출하기 위한 시약으로 구성되어 있다. 전용 버퍼는 파라핀 포매 조직 절편에서 DNA 추출 용액에 포함된 PCR 저해 물질을 중화하는 성분이 포함되어 있다.
본 제품을 사용 하면 복잡하고 시간이 소요되는 탈 파라핀 과정과 DNA 정제 작업을 수행하지 않고, 간편하고 신속하게 DNA 추출 만으로 파라핀 절편에 포함된 소량의 DNA에서 양호한 PCR 증폭이 가능하며, 많은 수의 검체 분석에도 유용하다.
MightyAmp DNA Polymerase 는 98℃까지 polymerase 활성을 억제 하는 강력한 단일 클론 항체를 이용한 Hot Start PCR 용 효소이다.

*주의: 파라핀포매 조직 절편 유래의 DNA는 고정 및 포매처리, DNA 추출 조작에 따라 상태가 다르기 때문에 긴 가닥의 DNA 증폭을 위한 주형으로는 적당하지 않다.
증폭길이가 약 500 bp 이하의 PCR 증폭에 추천한다.
내용
40 회용*1
MightyAmp DNA Polymerase (1.25 U/㎕)
40 ㎕
2×MightyAmp Buffer for Card (Mg2 +, dNTP plus )* 2
1 ㎖
Extraction Buffer for MightyAmp FFPE
8 ㎖
20 mg / ml Proteinase K
40 ㎕
* 1 반응용량 50 ㎕의 수 * 2Mg2+ 농도는 4 mM (2× ), dNTP 농도는 800 ㎛each (2 × )
보존 -20℃
Extraction Buffer for MightyAmp FFPE 는 개봉 후 상온 저장
조작
  • 파라핀 포매 조직 절편에서 DNA 추출
    조작은 실내 온도에서 실시한다. 반응은 thermal cycler를 이용한다.
    • 슬라이드위의 파라핀 절편*1 을 멸균 스파튤라 (spatula) 등을 이용하여 100 μl의 Extraction Buffer for MightyAmp FFPE가 들어있는 PCR 튜브로 옮긴다.
      【주의】 Extraction Buffer for MightyAmp FFPE이 침전물을 형성하고 있는 경우에는 온도를 높여 (~60℃) 서서히 교반하여 침전물을 용해한다.
    • 20 mg / ㎖ Proteinase K 1 ㎕를 첨가한다.
    • 60 ℃에서 15 분간 배양 후, 98 ℃에서 5 분간 처리한다.
    • 실온에서 침전이 떨어질 정도로 가볍게 원심분리하여 상층액 (파라핀 추출 상층액 )을 PCR 주형으로 사용한* 2
    * 1 파라핀 포매 조직 절편은 1 ~ 1.5 cm2 상당량을 사용한다. 파라핀 절편 양이 많은 경우에는 Extraction Buffer for MightyAmp FFPE 와 Proteinase K 사용량을 늘린다.
    * 2 파라핀 추출 상층액을 보존하려면 새로운 튜브로 옮겨 -20 ℃ 에 보존한다.
  • 일반적인 PCR 반응액 조성 (Total 50 ㎕ )

사용량 최종 농도
2 × MightyAmp Buffer for FFPE 25 ㎕ 1 ×
Primer 1 15 pmol 0.3 ㎛
Primer 2 15 pmol 0.3 ㎛
파라핀 추출 상층액* 1 ≤ 5 ㎕
MightyAmp DNA Polymerase 1 ㎕ 1.25 U/50 ㎕
멸균수 up to 50 ㎕
* 1 파라핀 추출 상층액을 PCR 반응의 주형으로 사용시 PCR반응 액의 1 / 10 이하로 한다.
Primer 디자인에 관하여
가능한 OLIGO Primer Analysis Software ( Molecular Biology Insights 사) 등 primer 디자인 소프트웨어를 이용 하여 최적의 배열을 선택합니다.
Tm 값 (아래 식*기준)이 60 ℃ 이상이 되도록 설계할 것을 권장한다.
  * Tm 값 ( ℃) = [ (nA + nT ) × 2 + ( nC + nG ) × 4] -5
Primer 디자인에 관하여
신장(extension) 온도를 68℃로 설정한 3 step PCR 표준 조건이다.

[3 step PCR ]
98 ℃ 2 min. * 1
98 ℃ 10 sec.
60 ℃ 15 sec. │ 40 cycles
68 ℃* 2 30 sec.* 3
MightyAmp DNA Polymerase의 경우 inosine을 포함하는 primer 사용은 피한다.
* 1 강력한 hot start 항체를 사용하고 있기 때문에 반드시 98 ℃, 2 분 초기 변성을 실시하여 항체를 열 변성 시킨다.
* 2 3 step PCR 의 경우 신장 온도를 68 ℃로 설정 한다.
* 3 500 bp 이하의 증폭 신장 시간
전기영동
MightyAmp DNA Polymerase를 이용하여 증폭한 PCR 산물을 전기 영동 할 경우 TAE Buffer의 사용을 권장한다. TBE Buffer를 사용하면 이동 패턴이 다소 퍼지는 현상이 발생하여 깨끗한 영동 결과를 얻지 못할 수 있다.
PCR 산물에 대해
MightyAmp for FFPE를 사용하여 증폭한 PCR 산물의 대부분은 3' 말단에 A가 1 염기 추가되어 있다. 따라서 PCR 산물을 그대로 T - Vector ( pMD20 : TaKaRa code 3270, pMD19 (Simple ) TaKaRa Code 3271 )에 클로닝 할 수 있다.
문제해결
현상 문제점 대책
증폭되지 않거나
증폭 효율이 좋지 않다.
primer의 Tm 값 위의 추천 계산식을 이용하여 primer를 디자인한다
Annealing 2 ℃ 씩 내려 본다
시료량 시료의 사용량을 감소 또는 증가시켜 본다.
비 특이적 증폭이
현저하다.
primer의 Tm 값 위의 추천 계산식을 이용하여 primer를 디자인 한다.
3 step PCR 2 step PCR 을 시도해 본다
Cycle 수 35 ~ 40 cycles 설정

Keyword :
-
PCR Enzyme (TaKaRa)
> 각 PCR 효소의 특징과 사용 구분
> PCR、LA PCR™、Hot Start PCR에 대하여
Dye가 첨가된 고성능 PCR Premix 시약
> EmeraldAmp® GT PCR Master Mix
Dye가 첨가된 고성능 Hot start PCR Premix 시약
> EmeraldAmp® PCR Master Mix
실온보존 가능한 PCR master mix
> Lyophilized HS Taq PCR Master Mix
추출 조작이 필요없는 direct PCR이 가능!!
> MightyAmp™ DNA Polymerase Ver.2
강력하게 진화한 direct PCR용 효소
> MightyAmp™ DNA Polymerase Ver.3
FTACard 및 혈액 채혈지로 부터 직접 PCR
> MightyAmp™ for Card
파라핀 포매 (FFPE) 조직 절편으로 부터 PCR 가능
> MightyAmp™ for FFPE
유전자형 판정에 최적
> MightyAmp™ Genotyping Kit
Multiplex PCR을 보다 신속하게 대응
> Multiplex PCR Assay Kit Ver.2
PCR 후 그대로 전기영동
> PCR 용 Premix 시약 시리즈
2× Premix PCR Solution
> PCR 용 Premix 시약 시리즈(Hot Start Version)
> PCR 용 Premix 시약 시리즈2
Long fragment 증폭 및 GC-rich template 증폭에 강..
> PrimeSTAR® GXL DNA Polymerase
Premix Type의 High Fidelity PCR 효소
> PrimeSTAR® HS (Premix)
High Fidelity PCR 효소의 기준
> PrimeSTAR® HS DNA Polymerase
GC-rich Template에 강한 High Fidelity PCR 효소
> PrimeSTAR® HS DNA Polymerase with GC Buffer
최고 레벨의 정확성 & 최고 속도의 신장성
> PrimeSTAR® Max DNA Polymerase
> Pyrobest™ DNA Polymerase
고속 PCR 용으로 Dye 첨가된 PCR Premix 시약
> SapphireAmp® Fast PCR Master Mix
범용성이 탁월한 고속 PCR 용 효소
> SpeedSTAR™ HS DNA Polymerase
Bisulfite 처리 후의 DNA PCR 증폭에 최적
> TaKaRa EpiTaq HS (for bisulfite-treated DNA)
효율적이며 고감도의 증폭이 가능한 PCR 효소의 Sta..
> TaKaRa Ex Taq®
Anti-Taq Antibody와 결합된 TaKaRa Ex Taq
> TaKaRa Ex Taq® Hot Start Version
Long Template DNA의 증폭에/GC-rich target 서열..
> TaKaRa LA Taq®
Anti-Taq Antibody와 결합된 TaKaRa LA Taq
> TaKaRa LA Taq® Hot Start Version
Recombinant Taq DNA Polymerase
> TaKaRa Taq™
Bisulfate 처리 후의 PCR 증폭에
> TaKaRa Taq™ Hot Start Version
Low DNA 증폭을 위한
> TaKaRa Taq™ HS Low DNA
Hot Start PCR 용 Anti-Taq Antibody
> Taq Antibody
-