플라스미드에 도입할 수 있는 인서트 DNA의 사이즈 는 몇 kb까지라는 제한은 없지만 사이즈가 긴 만큼 ligation 효율이 저하되는 경향이 있다. TaKaRa DNA Ligation Kit LONG (TaKaRa Code 6024)는 긴단편의 DNA ligation에 최적화되어 있기 때문에, 10 kb 이상 의 ligation을 실시하는 경우에 효과적이다. 또한, 인 서트 DNA를 포함한 플라스미드의 사이즈가 커지면 ( 특히 10 kb를 넘으면) 대장균에의 도입 효율이 낮아 지고 대장균내에서 플라스미드의 안정성도 나빠지는 경우가 있어 플라스미드 결실 클론이 되는 확률이 높 아진다.
긴단편의 DNA 형질전환에는 큰 사이즈의 DNA를 효율적으로 형질전환할 수 있는 E. coli HST08 Premium Competent Cells (TaKaRa Code 9128), E. coli HST08 Premium Electro-Cells (TaKaRa Code 9028) 또는 Supercharge EZ10 Electrocompetent Cells (TaKaRa Code 636756)를 추천한다.