다음과 같은 순서로 적합한 효소를 선택한다.
[첫번째]
 E. coli genomic DNA 등 GC 함량이 높을 것으로 예상되는 서열에는 PrimeSTAR™ HS DNA polymerase가 효과적이다. 첨부되어 있는 buffer를 사용했을 경우, 일반적인 반응조건으로 GC 함량이 70%인 GC rich 영역까 지 증폭할 수 있었다. 또한 증폭시 error율이 낮기 때문에 보다 정확한 증폭을 할 수 있다.

[두번째]
PrimeSTAR™ HS DNA polymerase로 증폭이 어려운 GC rich 구조를 갖는 서열은 TaKaRa LA Taq® with GC buffer를 사용하여 GC bufferⅠ, GC bufferⅡ의 순서로 실험한다. GC bufferⅠ을 사용하였을 경우, 긴 영 역의 증폭이 가능하며, GC bufferⅡ는 증폭 size에 한계가 있지만 복잡하고 고차원적인 구조를 지닌 template 의 경우 효과적이다.