Agarose gel은 조제가 간단하고 분리할 수 있는 핵산 크기의 범위도 넓고 편리합니다. 그러나 gel 두께와 gel 농도를 조절한다고 해도, 1~2 bp의 차이를 구분 할 수 없습니다.
Acrylamide gel은 DNA 분리 능력이 좋아 1 bp의 차이도 검출할 수 있어, 작은 사이즈(~bp)~ kbp단위까지의 전기영동에 사용할 수 있습니다. 그러나 한번에 분리할 수 있는 DNA size 범위가 좁기 때문에 DNA size에 맞게 gel 농도를 조절해야 합니다.