Lonza(구 FMC)의 보고에 따르면, 1,000 bp 이하이고, DNA 회수율이 크게 문제가 되지 않는 경우는 1 × TBE Buffer를 권장합니다. TAE Buffer보다 TBE Buffer를 이용한 경우, 보다 선명한 DNA 밴드를 관찰할 수 있습니다. Size가 비슷한 DNA를 분리하는 경우에는 TBE Buffer를 사용하면 보다 명확한 분리가 가능합니다.
15,000 bp 이상의 DNA는 1 × TAE Buffer를 이용하면 DNA 분리가 촉진되어 좋은 결과를 얻을 수 있습니다. 단, TAE Buffer는 TBE Buffer보다 완충력이 낮기 때문에 장시간 영동시에는 때때로 버퍼를 순환시키거나 음극 측과 양극 측의 버퍼를 혼합하는 작업이 필요합니다. 버퍼 완충력의 저하 속도는 전압(v/h)과 buffer 탱크의 용량에 따라 다릅니다.
두 버퍼를 사용하는 경우 모두 gel 위로 3~8 mm 높이의 버퍼 공간이 필요합니다. 적은 양의 버퍼를 사용하면 gel이 건조해지고, 과량의 버퍼는 전기영동장치의 음극과 양극사이의 저항을 낮추어, 그 결과 gel에 전압이 낮아져 DNA의 이동 속도가 느려집니다. 또한 과열 및 DNA 밴드의 변형을 일으킬 수 있습니다.