Yeast는 살아있는 진핵세포 시스템으로 원핵세포인 박테리아만큼 사용 이 쉽고 간편합니다. 이 기술이 일반화된 이후로 S. cerevisiae가 two-hybrid 숙주로 선호되는 여러 가지 중요한 이유가 있습니다. Yeast에서 발현된 protein 은 3차 구조를 형성하고, neutral internal pH를 제공하며, disulfide bond와 일반적인 다른 진핵세포에서 일어나는 post-translational modification을 진행하기 때문입니다. 이러한 특징은 원래의 protein구조를 유지하고 protein-protein interaction을 촉진하는 매우 중요한 기능을 합니다. 추가적으로, yeast는 매우 쉽게 다룰 수 있고 genome 서열이 완벽하게 해석 되어 있습니다. 또한, homologous recombination을 통해 yeast 내에서 직접 그리고 매우 쉽게 library 를 구축할 수 있습니다. Mammalian two-hybrid system은 yeast two-hybrid 결과를 확인하는데 매우 이상적이지만, 다루기가 쉽지 않고 background 가 높기 때문에 library 를 선별하는 데는 유용하지 않 습니다.