Universal Buffer · Basal Buffer에 의한 제한효소 활성 표시 시스템
( ) 안의 수치는 star activity 활성에 영향을 받을 가능성이 있는 버퍼를 나타내며, 이러한 활성을 방지하려면 파란색이나 분홍색으로 강조 표시된 버퍼를 사용하는 것이 좋다.
몇몇 특정 제한효소 (Acc III, Bal I, Bcn I, Bgl I, Bpu1102 I, Cfr10 I, Eco52 I, Nru I, PshB I, SnaB I, Ssp I, Taq I 및 VpaK11B I)는 각 제한효소에 특화된 basal buffer와 함께 제공되며, 이러한 basal buffer의 성분은 제한효소에 따라 다르다.
아래의 표에서 universal buffer에 따른 제한효소의 상대활성과 buffer 사용 가이드를 확인할 수 있고, 그 외에 Double digestion에 대한 자세한 내용은 ‘Double digestion buffer 선택가이드’ 페이지를 참고한다.
제한효소 |
상대 활성 (%) |
|||||
L |
M |
H |
K |
T + BSA |
Basal*** |
|
Aat II |
<20 |
<20 |
<20 |
<20 |
100 |
120 |
Acc I |
20 |
100 |
<20 |
(<20) |
160 |
80 |
Acc II |
(260) |
100 |
<20 |
20 |
200 |
160 |
Acc III |
(<20) |
(<20) |
20 |
(80) |
(<20) |
100 |
Afa I |
60 |
60 |
40 |
60 |
100 |
100 |
Afl II |
20 |
80* |
<20 |
<20 |
140 |
120 |
Alu I |
100 |
100 |
<20 |
40 |
200 |
120 |
Aor13H I |
<20 |
20 |
<20 |
80* |
80 |
100 |
Aor51H I |
80 |
100 |
<20 |
20 |
120 |
120 |
Apa I |
100 |
<20 |
<20 |
<20 |
<20 |
120 |
ApaL I |
100 |
20 |
<20 |
<20 |
120 |
120 |
Ava I |
(<20) |
100 |
20 |
40 |
100 |
120 |
Ava II |
80 |
100 |
<20 |
20 |
100 |
100 |
Bal I |
20 |
20 |
<20 |
<20 |
40 |
100 |
BamH I |
(<20) |
<20 |
40 |
100 |
(<20) |
80 |
Ban II |
(120) |
(120) |
100 |
80 |
(100) |
100 |
Bcn I |
<20 |
20 |
40 |
60 |
60 |
100 |
Bgl I |
<20 |
<20 |
20 |
40 |
<20 |
100 |
Bgl II |
<20 |
20 |
100 |
(100) |
(60) |
100 |
Bln I |
<20 |
20 |
40 |
100 |
20 |
120 |
BmeT110 I |
<20 |
<20 |
20 |
100 |
<20 |
140 |
BmgT120 I |
<20 |
<20 |
100 |
40 |
<20 |
240 |
Bpu1102 I |
<20 |
<20 |
<20 |
40 |
60 |
100 |
BspT104 I |
100 |
60 |
<20 |
<20 |
100 |
120 |
BspT107 I |
<20 |
20 |
80 |
100 |
20 |
100 |
Bsp1286 I |
100 |
20 |
<20 |
<20 |
60 |
100 |
Bsp1407 I |
20 |
60 |
20 |
20 |
100 |
100 |
BssHI I |
100 |
100 |
60 |
20 |
140 |
100 |
BstP I |
(<20) |
(60) |
100 |
(100) |
(100) |
100 |
BstX I |
<20 |
40 |
100 |
<20 |
<20 |
120 |
Bst1107 I |
(<20) |
60 |
100 |
100 |
40 |
100 |
Cfr10 I |
(<20) |
(<20) |
(<20) |
40 |
(20) |
100 |
Cla I |
40 |
100 |
120 |
100 |
60 |
100 |
Cpo I |
<20 |
<20 |
80 |
100 |
<20 |
100 |
Dra I |
100 |
100 |
60 |
100 |
80 |
80 |
Eae I |
60 |
100 |
<20 |
<20 |
120 |
160 |
EcoO65 I |
(20) |
(60) |
60* |
40 |
40 |
100 |
EcoO109 I |
100 |
60 |
<20 |
<20 |
100 |
160 |
EcoR I |
(20) |
(100) |
100 |
(120) |
(80) |
120 |
EcoR V |
(<20) |
(40) |
100 |
(120) |
(40) |
100 |
EcoT14 I |
(<20) |
(40) |
100 |
120 |
(60) |
100 |
EcoT22 I |
<20 |
20 |
100 |
(140) |
(20) |
120 |
Eco52 I |
<20 |
<20 |
<20 |
<20 |
<20 |
100 |
Eco81 I |
<20 |
100 |
<20 |
<20 |
100 |
160 |
Fba I |
(<20) |
(<20) |
(80) |
100 |
(20) |
100 |
Fok I |
(20) |
(60) |
<20 |
<20 |
(200) |
100 |
Hae II |
80 |
100 |
<20 |
80 |
140 |
100 |
Hae III |
60 |
100 |
100 |
60 |
100 |
100 |
Hap II |
100 |
60 |
<20 |
<20 |
100 |
80 |
Hha I |
80 |
100 |
100 |
120 |
120 |
100 |
Hinc II |
20 |
100 |
20 |
40 |
100 |
80 |
Hind III |
(60) |
100 |
<20 |
200 |
(100) |
80 |
Hinf I |
80 |
100 |
100 |
160 |
60 |
100 |
Hin1 I |
40 |
80* |
<20 |
20 |
60 |
160 |
Hpa I |
<20 |
(40) |
20 |
100 |
(80) |
100 |
Kpn I |
100 |
60 |
<20 |
<20 |
(100) |
80 |
Mbo I |
20 |
40 |
60 |
100 |
40 |
100 |
Mbo II |
100 |
60 |
<20 |
<20 |
60 |
100 |
Mfl I |
100 |
80 |
<20 |
<20 |
80 |
100 |
Mlu I |
60 |
60 |
100 |
(100) |
60 |
100 |
Msp I |
80 |
80 |
<20 |
100 |
100 |
80 |
Mun I |
(200) |
100* |
<20 |
<20 |
160 |
100 |
Mva I |
(<20) |
(40) |
80 |
100 |
(20) |
120 |
Nae I |
100 |
<20 |
<20 |
<20 |
100 |
120 |
Nco I |
(40) |
(60) |
20 |
60* |
(60) |
160 |
Nde I |
<20 |
40 |
100 |
100 |
80 |
100 |
Nhe I |
(120) |
100 |
<20 |
<20 |
(160) |
100 |
Not I |
(<20) |
(<20) |
20** |
<20 |
(<20) |
100 |
Nru I |
0 |
<20 |
20 |
20 |
<20 |
100 |
Nsb I |
40 |
20 |
<20 |
60 |
100 |
100 |
PmaC I |
100 |
80 |
<20 |
<20 |
100 |
100 |
PshA I |
20 |
40 |
<20 |
100 |
60 |
160 |
PshB I |
(20) |
(40) |
20 |
40 |
40 |
100 |
Psp1406 I |
20 |
60 |
<20 |
<20 |
100 |
100 |
Pst I |
(<20) |
(60) |
100 |
80 |
(20) |
80 |
Pvu I |
(<20) |
(20) |
(40) |
80* |
(40) |
120 |
Pvu II |
(80) |
100 |
40 |
<20 |
(40) |
100 |
Sac I |
100 |
60 |
<20 |
<20 |
80 |
80 |
Sac II |
40 |
20 |
<20 |
<20 |
100 |
40 |
Sal I |
<20 |
<20 |
100 |
(20) |
<20 |
120 |
Sau3A I |
(60) |
80 |
100 |
<20 |
(80) |
100 |
Sca I |
(<20) |
(<20) |
100 |
(60) |
(<20) |
100 |
Sfi I |
(40) |
100 |
<20 |
<20 |
100 |
100 |
Sma I |
<20 |
<20 |
<20 |
<20 |
100 |
100 |
Smi I |
<10 |
<20 |
100 |
40 |
<10 |
100 |
SnaB I |
(20) |
(40) |
<20 |
<20 |
(40) |
100 |
Spe I |
(80) |
100 |
80 |
100 |
(80) |
100 |
Sph I |
(20) |
(40) |
100 |
120 |
(20) |
100 |
Sse8387 I |
(120) |
60* |
<20 |
<20 |
(60) |
100 |
Ssp I |
(<20) |
(60) |
40 |
(100) |
(80) |
100 |
Stu I |
60 |
100 |
60 |
80 |
140 |
100 |
Taq I |
40 |
80 |
60 |
60 |
80 |
100 |
Tth111 I |
(20) |
80 |
40 |
100 |
(80) |
120 |
Van91 I |
<20 |
(20) |
60 |
100 |
(60) |
100 |
VpaK11B I |
<20 |
<20 |
60 |
(40) |
<20 |
100 |
Xba I |
<20 |
80* |
20 |
<20 |
120 |
120 |
Xho I |
<20 |
60 |
100 |
160 |
60 |
100 |
Xsp I |
<20 |
60 |
<20 |
100 |
160 |
100 |
하늘색: 제한효소와 함께 제공되는 universal buffer
분홍색: 대안으로 권장하는 buffer
*+0.01% BSA → 100% Afl II, EcoO65 I, Fok I, Hin1 I, Mun I, Nco I, Pvu I, Spl I, Sse8387 I, Xba I
**+0.01% BSA + 01% Triton X-100 → 100% Not I
*** Basal buffer의 조성은 효소별로 다릅니다.
■ Loading buffer 사용
모든 제한효소는 1% SDS, 50% glycerol, 0.05% bromophenol blue가 포함된 10X loading buffer (1㎖)가 함께 제공된다. 10X loading buffer의 1/10을 추가하여 제한효소 반응을 중지하고 agarose gel에 로딩한다.
(Note) SDS는 실온에서 보관하는 동안 침전물이 발생할 수 있다. 이 경우 미지근하게 데워 침전물을 녹인 후 사용한다.
■ Universal buffer 사용
Universal buffer는 10X 농도로 제공되며 반응액의 1/10 부피를 추가하여 사용한다.
10X T buffer에는 BSA가 포함되어 있지 않으므로, 최종농도 0.01%가 되도록 BSA를 첨가하여 반응에 사용한다.
일부 제한효소는 BSA나 Triton X-100을 반응액에 첨가하면 100% 활성을 나타내는 것으로 예측된다.
제한효소와 함께 제공되는 BSA와 Triton X-100는 10X 농도 (0.1%)로 제공되므로, 반응을 시작하기 전에 반드시 반응액의 1/10 부피만큼 추가해서 반응한다.
■ Universal buffer 조성
Universal buffer |
Composition |
10X L |
100 mM Tris-HCl (pH 7.5) |
100 mM MgCl2 |
|
10 mM Dithiothreitol |
|
10X M |
100 mM Tris-HCl (pH 7.5) |
100 mM MgCl2 |
|
10 mM Dithiothreitol |
|
500 mM NaCl |
|
10X H |
500 mM Tris-HCl (pH 7.5) |
100 mM MgCl2 |
|
10 mM Dithiothreitol |
|
1,000 mM NaCl |
|
10X K |
200 mM Tris-HCl (pH 8.5) |
100 mM MgCl2 |
|
10 mM Dithiothreitol |
|
1,000 mM KCl |
|
10X T |
330 mM Tris-acetate (pH 7.9) |
100 mM Mg-acetate |
|
5 mM Dithiothreitol |
|
660 mM K-acetate |
|
0.1% BSA dissolved in sterile water |
|
0.1% Triton X-100 |
|