고해상도 Whole-Transcriptome Spatial Technology
Takara Seeker^® Spatial Transcriptomics Kit는 단층으로 배열된 10 μm bead에 RNA를 포획하여 조직의 whole transcriptome 공간 정보를 분석합니다.

• Whole transcriptome mapping - Seeker^® tile 위에 동결 (fresh frozen) 절편을 올려 mRNA 캡쳐
• Spatial 분석을 위한 특수 장비 및 현미경 불필요 - Seeker^® workflow을 PCR 기기로 cDNA 합성 및 library 제작 가능
• 다양한 생물종 적용 가능 - 모든 polyadenylated RNA 분석

Seeker^® Spatial Transcriptomics Kit Workflow

그림 1. Seeker^® one-day protocol로 기존 NGS workflow에 바로 적용할 수 있습니다.
동결절편 (Fresh frozen)을 Seeker^® tile 위에 올리면, 역전사 (reverse transcription) 이전에 mRNA가 공간 정보가 부여된 bead에 포획되어 hybridization됩니다. 이후 index가 부여된 bead를 tile에서 분리하고 second-strand synthesis 및 cDNA 증폭을 수행합니다. 정제된 cDNA는 NGS library로 제작한 후 시퀀싱되며, 생성된 FASTQ 파일은 전용 분석 파이프라인으로 분석합니다. 이를 통해 조직 절편 전체에 대한 whole transcriptome spatial map을 생성할 수 있습니다.

샘플에 맞게 선택 가능한 Seeker^® Tile 사이즈

그림 2. Seeker^® Kit는 3 mm × 3 mm와 10 mm × 10 mm의 두 가지 크기의 tile을 제공하며, 경계가 명확한 유전자 발현 map을 생성합니다.
Seeker^® 분석 파이프라인은 마우스 해마 (mouse hippocampus) 조직 절편 (상단)과 마우스 뇌 조직 절편 (하단)의 공간 유전자 발현을 분석하였습니다. 공간적으로 가장 높은 변이를 보이는 상위 5개 유전자의 발현 패턴이 표시되어 있습니다.

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