※Seeker Dual Indexing Primer Kit v2 (Code K006)는 Seeker 10x10 Bundle(Code SK003) 사용시 5회(tiles), Seeker 3x3 Bundle V1.1(Code SK004) 적용시 40회(tiles) 분량임.
- 전용 장치 필요 없이 whole transcriptome 분석 가능
- 단일 세포에 가까운 해상도 유전자 분석 가능
- NGS 이외의 전용 장치나 probe 세트 불필요
- Broad Institute에서 개발된 Slide-seq v2[1][2] 기반
[1] Science Vol 363, Issue 6434 pp. 1463-1467 (2019)
[2] Nature Biotechnology Vol 39, pp. 313-319 (2021).
제품설명
Curio Seeker는 단일 세포에 가까운 해상도로 whole transcriptome 공간(spatial) 분석이 가능하도록 개발된 시약이다.
본 제품은 DNA barcode가 결합된 직경 10 μm의 bead가 슬라이드(tile)에 깔려 있고, 이 슬라이드 위에 동결(fresh frozen) 절편을 올려 mRNA를 캡처하여 분석한다. polyA를 가지고 있는 whole transcriptome의 NGS 분석이 가능하므로, 사람, 마우스 등 진핵생물에 적용가능하다.
또한, 별도의 특수 기기를 사용하지 않으므로 일반 분자생물학적인 지식만 있으면, 본 제품을 이용하여 whole transcriptome의 공간분석이 가능하다.
목적에 따라 3mm x 3mm 또는 10mm x 10mm tile 크기를 선택하여, 필요한 크기만큼의 조직을 분석할 수 있으며, 제품 내에 RNA hybridization, cDNA synthesis, cDNA amplification에 필요한 모든 시약이 포함되어 있어, Illumina platform에 적용할 수 있는 높은 퀄리티의 NGS library를 하루만에 제작할 수 있다 (Seeker Dual Indexing Primer Kit (Code K006)은 별도 구매).
10mm x 10mm Seeker tile 사용시에는 Seeker Reaction Chamber Adapter (Code TJ002)를 이용하여 일반 PCR 기기에서 반응할 수 있다 (3mm x 3mm tile에는 불필요).
구분 |
Seeker 3 x 3 Bundle |
Seeker 10 x 10 bundle |
Plex |
Whole transcriptome |
해상도 (resolution) |
10 ㎛ |
필요한 특수 기기 |
전용 장치 필요 없음 |
샘플 type |
Fresh frozen tissue |
분석 SW 포함 |
Seeker bioinformatics pipeline |
Tile size |
3 mm x 3 mm |
10 mm x 10 mm |
총 실험시간
/hands-on time |
8 hr/2.5 hr |
8 hr/2.5 hr |
Recommended sequencing depth |
400 M |
2 B |
필요한 제품 |
Seeker 3x3 Bundle V1.1
Seeker Dual Index Primer Kit v2 |
Seeker 10x10 Bundle
Seeker Dual Index Primer Kit v2
Seeker Reaction Chamber Adapter |
