• SMART법을 이용한 NGS용 Strand-specific NGS Library 제작
• 100pg-100ng의 RNA (purified Poly A+ RNA 또는 rRNA depleted RNA)에서 Library 제작
• Illumina^® sequencer에 적합한 index와 adaptor 적용
• 4시간 이내에 RNA-seq library 제작 가능
• GC-, AT-rich template에 최적인 PCR효소 포함

제품설명

SMARTer^® Stranded RNA-Seq Kit는 100pg~10ng의 RNA를 이용하여 전사체의 strand information을 유지하면서 Illumina^® sequencing platforms에 적용할 수 있는 library를 제작할 수 있는 시약이다. 본 제품은 random primer 방법을 이용하여 polyA+ RNA와 rRNA-removed total RNA로부터 NGS용 cDNA library를 제작하며, mammalian RNA (poly A+ RNA)와 박테리아 샘플 (non-poly A+ RNA)를 이용할 수 있다.
기존의 Clonetch SMARTer의 원리를 일부 변형하여 실험 과정 중에, Illumina^® index와 adaptor를 결합하기 때문에 별도의 Library preparation kit가 필요하지 않으며, 불과 4시간 만에 Illuimina^® sequencing에 적용 가능한 indexed library 제작이 가능하다.
SMARTer^® Stranded RNA-Seq HT (Code 634862)는 8종류의 Forward primer와 12종류의 Reverse primer를 포함하고 있어 최대 96개의 sample을 분석할 수 있는 High-throughput system이다.


※ SMARTer^® Stranded RNA-Seq Kit 또는 SMARTer^® Stranded RNA-Seq Kit HT 제품을 이용할 경우, ribosomal RNA (rRNA) 제거 (rRNA depletion)이 필요하며, Clonteh의 RiboGone™-Mammalian (Code 634846) 제품의 사용을 추천한다


그림 1. NGS Work flow for the SMARTer^® Stranded RNA-Seq Kit


그림 2. 소량의 RNA (100ng 또는 100pg)로부터 재현성 높은 RNA-Seq 데이터를 얻을 수 있었다.


그림 3. Indexed cDNA libraries were prepared according to the SMARTer Stranded RNA-Seq Kit protocol using twelve indices, and sequenced on an Illumina^® HiSeq^® Platform with 2 x 100 bp paired end reads. Short, overlapping reads originating from different strands of the genomic DNA were distinguished from each other, enabling quantitative expression analysis and accurate genome annotation. 99% of RNA-Seq reads mapped to the correct strand.


표 1. Even at the lowest levels tested (100 pg polyA+ input RNA), the SMARTer^® Stranded RNA-Seq Kit was able to maintain high accuracy while detecting ~15,000 genes using strand-specific alignments.

Applications

구성품 (자세한 구성품은 CoA 또는 매뉴얼 참조)

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- 아래의 제품은 소량의 total RNA (10-100ng)로부터 rRNA를 제거하는 RiboGone™-Mammalian (Code 634846)이 제품 내에 포함되어 있습니다.

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