• Robust, full-length chemistry - 기존의 모든 single cell full-length 분석법을 뛰어넘는 성능
• Easy, plate-based workflow- FACS 등으로 분리한 single cell에 바로 적용 가능
• Single-tube workflows - cDNA 합성부터 library 제작 과정을 각각 single tube에서 진행할 수 있어, 샘플 손실이나 오염 등 실험 과정에서 발생할 수 있는 오류 최소화
• Unparalleled sensitivity and reproducibility- 높은 유전자 검출 효율을 이용한 최고 성능의 single cell RNA-seq (특히, RNA 함량이 매우 낮은 세포 및 핵에 적용)
• High library yield - 높은 yield의 library를 제작할 수 있어, NovaSeq 장비와 같은 high-throughput sequencer에 적용하거나, 여유분의 library는 후속 실험에 다시 이용할 수 있음
• Highly scalable workflow- 대량 (High-throughput) 실험 적용가능, 자동화 기기 적용에 최적

제품설명

SMART-Seq^® mRNA Single Cell Kit와 SMART-Seq^® mRNA Single Cell LP Kit는 높은 민감도와 재현성으로 single cell 혹은 nuclei를 분석할 수 있다. SMART-Seq^® mRNA Single Cell LP Kit를 이용하면, single cell에서 RNA를 추출하지 않고, 바로 oligo(dT) primer를 이용해 고품질 full-length cDNA를 제조한 후, lllumina^® 기기에서 사용 가능한 library 제작까지 진행할 수 있다. 이 제품은 2 pg total RNA와 RNA 함량이 낮은 것으로 알려져 있는 말초혈액 단핵세포 (PBMCs)와 같은 single cell에도 우수한 결과를 확인하였다.
또한 single cell 분석을 위해 SMART (Switching Mechanism at 5' End of RNA Template) 기술을 업그레이드하여 개발된 시스템으로, 더 많은 read와 유전자를 검출할 수 있다. SMART-Seq^® mRNA Single Cell Kit는 높은 재현성과 gene-body coverage 뿐 아니라 GC-rich 전사체도 정확하게 cDNA로 합성할 수 있다.
SMART-Seq^® mRNA Single Cell LP Kit에 포함되어 있는 library preparation kit는 enzymatic fragmentation와 stem-loop adaptor를 사용하여, 2시간 내 single tube에서 purification 과정 없이 cDNA로부터 library를 제작할 수 있다. 따라서, 샘플 손실이나 오염 등 실험 과정에서 발생할 수 있는 오류를 최소화할 수 있다. 이 과정을 통해 제작된 library는 SMART-Seq2 등 기존의 방법 및 당사 기존 제품 (SMART-Seq^® v4)에 비해 재현성이 높고, 훨씬 우수할 뿐 아니라, 높은 yield로 제작되어 high-throughput sequencer에 적용하거나, 여유분의 library를 후속 실험에 다시 이용할 수 있다.


그림 1. SMART-Seq^® Single Cell Kit (SSsc)와 SMART-Seq2 (homebrew)의 결과 비교. SMART-Seq2를 이용했을 때 보다 SMART-Seq^® Single Cell Kit을 이용했을 때, 미토콘드리아 유래 유전자로부터 mapping된 read가 훨씬 많았으며, 보다 많은 유전자가 검출됨을 확인하였다.
Lymphoblastoid cell line GM12878의 single cell로 SMART-Seq^® Single Cell Kit (18 cells) 및 Smart-seq2 방법 (20 cells)으로 cDNA를 합성 (이후 19 cycles PCR 증폭)한 후 RNA-Seq library를 제작하여 시퀀스를 분석하였다 (모든 샘플은 175만 paired-end reads로 normalization).
- 그림 A : cDNA의 합성 방법에 따라 mapping 결과가 다르고, SMART-Seq2에서는 미토콘드리아 DNA에 대한 mapping 비율이 높아 유전자 검출에 사용할 수 있는 read 수가 적었다.
- 그림 B : SMART-Seq^® Single Cell kit에서는 SMART-Seq2에 비해 많은 유전자가 검출되었다.


그림 2. SMART-Seq^® Single Cell Kit (SSsc)와 당사 기존 제품인 SMART-Seq^® v4 (SSv4)와의 비교. 당사 기존 제품인 SMART-Seq^® v4을 이용했을 때보다 SMART-Seq^® Single Cell Kit을 이용했을 때, 더 높은 cDNA yield를 얻었고, read에 관계없이 검출되는 유전자 수가 60% 이상임을 확인하였다.
- 그림 A : Lymphoblastoid cell line (GM22601)에서 12개의 single cell을 분리하여 SMART-Seq^® Single Cell Kit과 SMART-Seq^® v4 (Code 634888 외)을 사용하여 cDNA를 합성하였다 (이후 19 cycles PCR 증폭). cDNA yield는 SMART-Seq^® Single Cell Kit에서 훨씬 높았다.
- 그림 B : 하나의 donor로부터 받은 PBMC single cell 50개를 SMART-Seq^® v4 또는 SMART-Seq^® Single Cell Kit로 cDNA를 합성하고, RNA-Seq library를 제작하여 시퀀스 분석을 수행하였다. 분석에 사용한 read 수에 관계없이 SMART-Seq^® Single Cell Kit에서 SMART-Seq^® v4보다 1.6배 이상의 유전자가 검출되었다. SMART-Seq 기술을 single cell 분석용으로 개발한 SMART-Seq^® mRNA Single Cell kit의 감도가 뛰어나다는 것을 확인할 수 있었다.


그림 3. SMART-Seq^® Single Cell Kit PLUS (SMART-Seq^® mRNA Single Cell LP의 이전 이름)를 이용한 library에서 Nextera^® XT보다 더 높은 yield와 유전자 검출
- 그림 A : SMART-Seq^® Single Cell Kit를 사용하여 10 pg의 마우스 뇌 total RNA로부터 3반복으로 cDNA를 합성하였다.
- 그림 B : SMART-Seq^® Single Cell PLUS Kit는 Nextera XT보다 library yield가 높았다.
- 그림 C : SMART-Seq^® Single Cell PLUS Kit는 Nextera XT에 비해 더 많은 유전자를 검출할 수 있었다.

내용

자세한 구성은 CoA를 참고하세요.