- ICELL8 cx시스템으로 분리된 수백개의 단일 Human T세포의α-chain및 β-chain의 V(D)J variable region 의 sequence와 pairing 정보를 확보.
- SMART technology과 RACE 기법의 조합으로, 저빈도(low frequency)의 TCR mutation 검출 가능
- 최대 8종류의 다른 세포 샘플 분석
- single cell TCR분석과 동시에 5'DE발현 해석이 가능(coming soon)
T세포가 갖는 항원특이성에는 특정 TCR α-chain, β-chain의 pairing이 관련되기 때문에 pairing정보를 얻는 것은 항원인식에 관한 연구에 있어서 매우 중요합니다. 기존에는 단일 T세포의 시퀀스는,
개개의 T세포에 있어서의α-chain, β-chain의 pairing을 결정할 수 있습니다만, 다수의 세포를 개별적으로 sequencing할 필요가 있기 때문에, 매우 비용이 높고 복잡한 분석이 필요했습니다.
ICELL8 cx TCR Chip과 관련 시약을 이용하여 ICELL8 cx시스템에서 단일세포 수백 개의 T세포 α chain과 β chain의 정보를 1개의 시퀀스용 library로 해석할 수 있습니다. 또 Indexing Primer Set를
이용하여 최대 10장의 ICELL8 TCR Chip에서 유래한 cDNA라이브러리를 pooling하여, 동시에 NGS분석할 수 있습니다. 본 제품은 SMART technology에 의한 cDNA합성과 RACE 기법의 TCR유전자
특이적 PCR를 조합하여 TCR α-chain및 TCR β-chain의 가변영역(VDJ)의 full-length를 증폭시킬 수 있어 높은 감도의 TCR sequencing이 가능합니다.
ICELL8 cx TCR Chip(5,184 nano well)에는 1,728종류의 pool-barcode(SMARTer Oligo에 well-barcode 부가)가 미리 프린트되어 있으며, 각 barcode는 칩 위에 3well씩 프린트되어 있습니다.
ICELL8 cx 시스템을 이용해 T세포를 chip에 분주후, 시스템 상에서 imaging하여 살아있는 단일 T세포를 포함한 well을 선택합니다. RT-PCR 시약을 선택한 살아 있는 단일 T세포를 포함한 well에만 분주하여,
cDNA 합성과 증폭반응을 각 well에서 실시합니다. 다음에 barcode부여된 cDNA증폭 산물을 chip에서 회수, pooling하여, 정제한 cDNA을 1st TCR-specific PCR의 template로 사용합니다.
이어 2nd TCR-specific PCR에 의한 Illumina index primer가 부여되어 Illumina sequencer에서 NGS분석이 가능한 cDNA library를 제작할 수 있습니다.
* 단일세포 TCR분석과 동시에 5'DE해석이 가능
본 제품을 이용한 응용 예로서 5'말단의 캡처에 의한 유전자 차이 발현 해석을 한번에 세포의 TCR분석과 병행할 수 있습니다. 회수한 cDNA증폭 산물의 일부를 이용하여 5'DE해석용 library를 제작함으로써
특정 clonotype을 가진 T세포에 대한 유전자 발현 해석이 가능합니다.
표 1. ICELL8 TCR Chip와 시약의 필요량
Code |
제품명 |
용량 |
필요량 |
640200 |
ICELL8 cx TCR Chip |
1 Chip |
1 |
640179 |
ICELL8 Human TCR a/b Profiling - Indexing Primer Set |
1 Set |
1 |
640182 |
ICELL8 Human TCR a/b Profiling Reagent Kit |
1 Kit |
1 |
640048 |
ICELL8 Collection Kit |
1 Kit |
1 |
640197 |
ICELL8 cx Loading Kit |
1 Kit |
1 |
1장의 ICELL8 cx TCR Chip을 사용하는 경우는 상기 제품 리스트 제품을 각 1점씩 구입하여야 합니다. 별매의 Indexing Primer Set제품을 구매할 경우 최대 10장의 ICELL8 cx TCR Chip을
polloing하여 NGS분석할 수 있습니다.
MSND 384-well Source Plate and Seals는 세포 현탁액(Cell suspension)의 분주에 이용하는 source plate와 seal의 세트입니다. 표 1의 필요 시약 외에 구입이 필요합니다.
Cell suspension 준비 조건검토와 분주테스트를 할 때에는 각 well에 preprinted oligo(dT) primer가 미포함된 Blank Chip을 이용하십시오.
내용
ICELL8 Human TCR a/b Profiling - Indexing Primer Set（Code 640179） for 1 Chip
ICELL8 TCRa Human Primer 2 Forward HT Index 1 (aF1；2 μM)
ICELL8 TCRb Human Primer 2 Forward HT Index 1 (bF1；2 μM)
ICELL8 Human TCR a/b Profiling - Indexing Primer Set（ Code 640180） for 5 Chip
ICELL8 TCRa Human Primer 2 Forward HT Index 1-5 (aF1-aF5；2 μM)
ICELL8 TCRb Human Primer 2 Forward HT Index 1-5 (bF1-bF5；2 μM)
ICELL8 Human TCR a/b Profiling - Indexing Primer Set（ Code 640181） for 10 Chip
ICELL8 TCRa Human Primer 2 Forward HT Index 1-10 (aF1-aF10；2 μM)
ICELL8 TCRb Human Primer 2 Forward HT Index 1-10 (bF1-bF10；2 μM)
ICELL8 Human TCR a/b Profiling Reagent Kit（ Code 640182）
Package 1： Control Jurkat Total RNA (1 μg/μl)
Package 2： Second Diluent (100X)
RNase Inhibitor (40 U/μl)
ICELL8 Fiducial Mix (1X)
cDNA Amplification dNTP Mixture (25 mM each)
Triton X-100 (3％)
SMARTScribe Buffer (10X)
GC Melt (5 M)
MgCl2 (1 M)
Oligo dT Amp Primer (100 μM)
DTT (100 mM)
SMARTScribe Reverse Transcriptase (100 U/μl)
cDNA Amplification Buffer (2X)
ICELL8 Amp Primer (10 μM)
TCRa Human Primer 1 (2 μM)
TCRb Human Primer 1 (2 μM)
cDNA Amplification Polymerase (50X)
P5 Primer (5 μM)
TCR Amplification Polymerase (1.25 U/μl)
TCR Amplification Buffer (5X)
TCR Amplification dNTP Mixture (2.5 mM each)
Nuclease-Free Water
ICELL8 Collection Kit (Code 640048)
Collection Fixture
Collection Tube
Collection Film
ICELL8 cx Loading Kit (Code 640197)
Optical Imaging Film
Sealing Film
Blotting Paper
SmartChip Intermediate Film
MSND 384-well Source Plate and Seals (Code 640018)
ㆍ2 packs 384-Well Source Plate Seals (10 per pack)
ㆍ1 pack 384-Well Source Plate (20 per pack)
보존
Control Jurkat Total RNA：－70℃
ICELL8 Collection Kit：실온
ICELL8 Loading Kit B：실온
기타：－20℃
