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Home > 전제품보기 > NGS 관련 > mRNA-Seq (Single cell) > Single cell mRNA-Seq
Single cell, pg 수준 극소량의 샘플을 위한 SMART-Seq의 최신작

Single cell mRNA-Seq

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제조사 제품코드 제품명 용량 가격
(부가세별도)		 비고 사용자매뉴얼
Clontech
 634888
 SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
관련학술 관심상품등록 구매하기 라이선스  		12회
 2,454,000원  제조사 페이지로 바로가기 SMART-Seq_V4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing User Manual_091817.pdf
Clontech
 634889
 SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
관련학술 관심상품등록 구매하기 라이선스  		24회
 4,142,000원  제조사 페이지로 바로가기
Clontech
 634890
 SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
관련학술 관심상품등록 구매하기 라이선스  		48회
 6,400,000원  제조사 페이지로 바로가기
Clontech
 634891
 SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
관련학술 관심상품등록 구매하기 라이선스  		96회
 9,827,100원  제조사 페이지로 바로가기
Clontech
 634892
 SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
관련학술 관심상품등록 구매하기 라이선스  		192회
 15,723,000원  제조사 페이지로 바로가기
Clontech
 634893
 SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
관련학술 관심상품등록 구매하기 라이선스  		480회
 31,446,000원  제조사 페이지로 바로가기
Clontech
 634894
 SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
관련학술 관심상품등록 구매하기 라이선스  		960회
 50,431,000원  제조사 페이지로 바로가기
Clontech
 635013
 10X Lysis Buffer
관련학술 관심상품등록 구매하기 		1.85 ml
 66,000원  제조사 페이지로 바로가기

* Illumina NGS Library Preparation을 위하여 SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq Kit의 사용을 추천합니다.
* Single cell-seq library 제작을 위한 자동화 시스템
- SMARTer™ Apollo™ Library Prep System (Code 640078)
- SMART-Seq® v4 Reagent Kit for the SMARTer™ Apollo™ System (Code 640170)

[관련 정보자료]
- SMART-Seq v4 Single cell RNA-seq 온라인 세미나 바로보기
- SMART-Seq v4 Ultra Low Input Kit를 이용한 Single cell RNA-Seq 논문 리스트 보기
  • Illumina NGS sequencer와 Ion Torrent sequencer에 적용가능한 NGS Library 제작
  • Single cell 또는 10pg 수준의 극소량 total RNA 샘플에서 cDNA 합성 가능
  • 간단하고 빠른 1 tube protocol
  • GC 함량이 높은 유전자도 효율적으로 증폭가능한 SeqAmp DNA Polymerase 포함
  • 기존 SMARTer Ultra Low 시리즈보다 검출 유전자 수가 대폭 향상됨
제품설명
SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing은 Single Cell, 극소량 (Ultra-Low input) 샘플을 위한 SMARTer Ultra Low kit 시리즈의 4세대 제품으로써 매우 적은 양의 total RNA로부터 NGS용 cDNA library를 제작할 수 있다. 본 제품은 Clontech의 핵심기술인 SMART (Switching Mechanism at 5’ End of RNA Template)에 Locked Nucleic Acid (LNA) 기술을 접목함으로써 이전 세대의 제품보다 더욱 많은 수의 유전자수를 검출할 수 있다.
본 제품의 핵심 기술인 SMART (Switching Mechanism at 5’ End of RNA Template) 법은 세포의 splice junction과 alternative splicing event를 포함한 전반적인 전사체 연구 (full transcriptome analysis)에 있어 매우 유용한 기술이다. 또한, 본 제품은 high quality RNA (RIN > 8)나 intact cell로부터 특이적으로 mRNA를 증폭할 수 있다. 이와 함께 LNA 기술은 template switching의 효율을 더욱 향상시켰으므로 그 어떤 제품보다 유전자 검출 수를 증폭시킬 수 있다.
Applications
- Transcriptome sequencing을 위한 극소량의 total RNA 또는 single cell에서 cDNA 합성
- 본 제품으로 합성한 cDNA는 SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq Kit (Code R400523) 또는 Nextera XT library preparation kits을 사용하여 Illumina 용 NGS Library제작 가능
- 또한, Ion Xpress Plus Fragment Library Kit을 사용하여 Ion Torrent용 NGS Library 제작 가능

Figure 1. Flowchart of SMART cDNA synthesis. The SMART-Seq v4 Oligonucleotide, 3’ SMART-Seq CDS Primer II A, and PCR Primer II A all contain a stretch of identical sequence. The black star indicates a chemical block on the 5’ end of the oligonucleotide.


Figure 2. Higher sensitivity and better mappability with the SMART-Seq v4 kit. Replicate libraries were generated from 10 pg Mouse Brain Total RNA using the SMART-Seq v4 kit, the SMARTer Ultra Low v3 kit, or the SMART-Seq2 method. 18 PCR cycles were used to amplify cDNA libraries with the SMART-Seq2 method and SMARTer Ultra Low v3 kit; however, only 17 PCR cycles were needed for the SMART-Seq v4 libraries.


Figure 3. Gene body coverage is good for all three library preparation methods. Gene body coverage shown is the average of two replicate libraries prepared from 10 pg Mouse Brain Total RNA using the three different cDNA synthesis methods. The SMARTer Ultra Low v3 kit produced a slight 3′ bias, and the SMART-Seq v4 kit produced a slight 5′ bias; however, the overall coverage was fairly even.


Figure 4. Reproducibility is high for low-input samples. FPKMs from replicate libraries generated from 10 pg of Mouse Brain Total RNA using the SMART-Seq v4 kit, the SMARTer Ultra Low v3 kit method were compared. For transcripts with FPKM <100, the correlation between replicates was much higher for the SMART-Seq v4 kit (Pearson R = 0.739; Panel B) compared to the SMARTer Ultra Low v3 (Pearson R = 0.376; Panel A). For all transcripts (shown in the scatterplots on the right) the correlation between replicates was high for each of the three methods (Pearson R between 0.911-0.972), though the SMART-Seq v4 kit did have the highest correlation. Transcripts represented in only one replicate can be seen along the X- and Y-axes of the scatter plots showing all transcripts.
구성품 (자세한 내용은 CoA를 참조하세요)
* SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing Components (not sold separately)
* SeqAmp DNA Polymerase

Keyword : Single cell, Low input, ultra low input, Illumina, Ion torrent, NGS, next generation sequencing, cDNA
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