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Home > 전제품보기 > NGS 관련 > ChIP-Seq / Meth-Seq > DNA SMART ChIP-Seq Kit

DNA SMART ChIP-Seq Kit

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제조사 제품코드 제품명 용량 가격
(부가세별도)
비고 사용자매뉴얼
Clontech
634865
DNA SMART ChIP-Seq Kit - 12
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12회
836,800원 
1,046,000원
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05.06 ~ 06.30
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DNA SMART ChIP-Seq Kit User Manual_101617.pdf
Clontech
634866
DNA SMART ChIP-Seq Kit - 48 A
관련학술 구매하기 라이선스 
48회
2,955,200원 
3,694,000원
가격할인
05.06 ~ 06.30
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DNA SMART ChIP-Seq Kit User Manual_101617.pdf
Clontech
634867
DNA SMART ChIP-Seq Kit - 48 B
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48회
2,955,200원 
3,694,000원
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DNA SMART ChIP-Seq Kit User Manual_101617.pdf
Clontech
634887
ChIP Elute Kit
관련학술 구매하기
50 Rxns
604,800원 
756,000원
가격할인
05.06 ~ 06.30
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ChIP_Elute_Kit_Protocol-At-A-Glance_020215.pdf

DNA SMART ChIP-Seq kit FAQ

(1) ChIP Elute Kit 가 무엇인가요? 왜 사용해야 하나요?
     What is the ChIP Elute Kit? Why would I want to use it?


(2) 기존의 방법과 ChIP Elute Kit를 사용했을 때의 ChIP-seq 결과가 동일한가요?
     Are ChIP-seq results the same whether I use the standard method or the ChIP Elute Kit?


(3) Library를 제작하기 전, ChIP DNA를 정제한 후 사용해야 하나요?
     Should I clean up my ChIP DNA prior to library preparation?


(4) ChIP을 이용해 10,000개의 세포에서 histone modification을 확인하고 싶어요. 이렇게 적은 양의 샘플에서도 ChIP Elute와 DNA SMART ChIP-Seq에 사용할 수 있나요?
     I am using ChIP to look at histone modifications with only 10,000 cells. Will the ChIP Elute and DNA SMART ChIP-Seq kits work with such a small input?


(5) Library를 제작하기 전, 샘플에 RNase를 처리해야 하나요?
     Do I need to treat my samples with RNase prior to library preparation?


(6) DNA SMART ChIP-Seq에 적용할 수 있는 ChIP DNA의 길이는 어떻게 되나요?
     What size fragments can the DNA SMART ChIP-Seq Kit accommodate?


(7) 다른 제품과는 다르게 PCR step 전에 size selection과 정제를 진행하지 않는 이유는 무엇인가요?
     Why are size selection and cleanup not performed before the PCR step as in other kits?


(8) 최종 생성되는 Library에서 샘플로 사용된 ChIP DNA에 부가된 sequence길이는 어느 정도인가요?
     How much sequence is added to my samples in the final library?


(9) Library를 전기영동 했을 때, agarose gel에서 아무 것도 보이지 않는 이유는 무엇인가요?
     Why don’t I see anything when I run the libraries on an agarose gel?


(10) Library yield는 어느 정도 인가요?
       What library yield should I expect?


(11) 제작된 ChIP-Seq library 내에 index는 어디에 위치하나요?
       Where are the indexes in the final ChIP-seq libraries?


(12) DNA SMART ChIP-Seq kits 내에는 어떤 index가 포함되어 있나요?
       Which indexes are included in the DNA SMART ChIP-Seq kits?


(13) 몇 개의 샘플을 한번에 분석할 수 있나요?
       How many samples can I multiplex per run?


(14) DNA SMART ChIP-Seq Kit를 이용해서 paired-end sequencing을 진행할 수 있나요?
       Can I do paired-end sequencing with the DNA SMART ChIP-Seq Kit?


(15) Mapping 전에 trimming해야 하나요?
       Do I need to trim my reads before mapping?


(16) 3’ 말단의 긴 poly(T) 서열들은 무엇을 의미하나요?
       Some of my sequences (Read 1) have a poly(T) stretch at their 3' ends: what does this mean?





ChIP Elute Kit은 chromatin immunoprecipitation (ChIP) 방법으로 얻어진 DNA를 회수, 정제할 수 있는 제품이다. 본 제품을 사용하면 Single-stranded DNA (ssDNA)를 약 1시간만에 회수할 수 있으며, 회수된 DNA는 DNA SMART ChIP-Seq Kit (code 634865)에 바로 적용할 수 있다.

DNA SMART ChIP-Seq Kit은 별도의 ligation 과정 없이(Ligation-independent manner), 목적 DNA 양 말단에 Illumina-specific sequencing adaptor를 부가하여 Illumina platform에 적합한 DNA Library를 제작하는 제품이다. Chromatin Immunoprecipitation(ChIP)으로부터 회수한 DNA는 양이 매우 적기 때문에 Chromatin Immunoprecipitation-sequencing(ChIP-Seq)에 적용하기가 매우 어렵다. DNA SMART ChIP-Seq Kit은 ligation 과정 없이, 100 pg - 10 ng의 소량의 DNA 샘플로부터 Illumina platform용 sequencing library를 제작할 수 있다. 또한 절단 또는 분해된 double strand DNA(dsDNA) 뿐만 아니라 single-strand DNA(ssDNA)도 이용할 수 있기 때문에 ssDNA로부터 dsDNA로 만들기 위한 별도의 과정이 필요 없다. 본 제품을 이용하면 약 4시간만에 효율적으로 library 제작이 가능하다.

본 제품은 Clontech 특허의 SMART 기술을 적용한 새로운 제품으로 DNA 주형으로부터 DNA를 합성할 수 있다 (DNA dependent DNA polymerase). DNA SMART ChIP-Seq Kit의 핵심은 극소량의 샘플 (low-input sample)로부터 ligation 과정 없이 Illumina용 sequencing adaptor를 부가할 수 있다는 점이다.
특징
  • Ligation-independent adaptor addition for ChIP-seq library preparation
  • Flexible DNA inputs: 100 pg-10 ng of either ssDNA or dsDNA, or total DNA from 10,000-1,000,000 cell ChIP experiments
  • Simple Protocol: Generate Illumina-ready sequencing libraries in around 4 hours

그림 1. This single-tube workflow. allows users to generate Illumina-compatible libraries for ChIP-seq experiments. After library size selection and purification, the total time from input DNA to ChIP-seq library is approximately four hours.


표 1. The DNA SMART ChIP-Seq Kit uses a combined size selection and clean-up step after library amplification by PCR. Compared to other protocols that perform size selection before PCR amplification, post-PCR size selection results in a higher yield while maintaining the quality of the libraries.


표 2. The DNA SMART ChIP-Seq Kit has the sensitivity to generate sequencing libraries from very small amounts of fragmented DNA. The number of unique, non-duplicate reads is high across all input levels, and the number of peaks identified is similar across input amounts.
적용
  • Sequencing library preparation for ChIP-seq from low-input, fragmented DNA
  • Illumina-specific NGS sequencing library production
구성품 (자세한 구성품은 CoA 또는 매뉴얼 참조)
- DNA SMART ChIP-Seq Components
- Indexing Primer Set HT for Illumina
- SeqAmp DNA Polymerase

제품코드

제품명

Note

634865

DNA SMART ChIP-Seq Kit - 12

the reagents to generate up to 12 indexed libraries using a single forward primer and the 12 reverse indexing primers

634866

DNA SMART ChIP-Seq Kit - 48 A

generate up to 48 indexed libraries using the first 4 forward primers and the 12 reverse indexing primers

634867

DNA SMART ChIP-Seq Kit - 48 B

generate up to 48 indexed libraries using the second 4 forward primers and the 12 reverse indexing primers







Keyword : NGS,DNA-Seq,SMART,ChIP,Illumina
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