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General Purpose Library Preparation for Illumina® NGS Platforms

(Legacy) ThruPLEX® DNA-seq Kit

제조사	제품코드	제품명	용량	비고	사용자매뉴얼
Clontech	R400428	ThruPLEX® DNA-seq 12S (48)Kit	48 회	종매일 :2023.05.22 RB4428	,
Clontech	R400406	ThruPLEX® DNA-seq 48D Kit	48 회	종매일 :2023.05.22 RB4406	,
Clontech	R400407	ThruPLEX® DNA-seq 96D Kit	96 회	종매일 :2023.05.22 RB4407	,

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[Legacy] NGS Products

* 더 높은 효율을 보유한 업그레이드 제품, ThruPLEX® DNA-Seq Kit 사용을 추천합니다.

High performance from low inputs: 미량의 DNA 샘플 (50 pg - 50ng)에서 Illumina^® NGS Library 제작
Complete package for creating libraries: Illumina^® NGS Library 제작을 위한 indexing & adaptor 시약, 효소 등의 모든 구성품을 포함
Fast and simple workflow: 튜브이동 없이 단일튜브 (single tube)에서 세 번의 실험과정 (library 제작 시간: 약 2시간)
Compatible with major target enrichment platforms: 주요 Target Enrichment 플랫폼에 적용 가능 - Agilent SureSelect^®, Roche Nimblegen^® SeqCap^® EZ, and IDT xGen^® Lockdown^® probes 외
※ DNA Target Enrichment Protocol 자세히 보기

제품설명

ThruPLEX^® DNA-seq Kit은 ThruPLEX^® 기술을 이용하여 극소량의 DNA로부터 Illumina^® NGS Library를 제작할 수 있는 제품이다. 본 제품을 이용하면 불과 50 pg 수준의 극소량 DNA로 최대 96 multiplexing에 대응 가능한 Illumina^® NGS Library를 제작 가능하다. 본 제품은 샘플 종류에 상관없이 fragmentation된 DNA라면 모두 적용이 가능하다 (Genomic, biofluids such as cell-free DNA, DNA from FFPE materials, cDNA).
ThruPLEX^® DNA-seq Kit은 single tube(well) reaction으로 별도의 정제(purification)과정이나 tube교체가 필요 없으며, 약 2시간이면 완료할 수 있다. 제품에 따라 12, 48, 96 single- 혹은 dual-read Illumina-compatible indexes가 포함되어 있으며, index에 따라 tube (6, 12) 혹은 pre-dispensed barcode microplate에 index가 제공된다.
ThruPLEX^® DNA-seq Kit은 다양한 DNA-seq application과 RNA-seq을 위한 cDNA 그리고 ChIP-seq등에 사용될 수 있으며, 주요 target enrichment platform protocol도 함께 제공되고 있다 (※ DNA Target Enrichment Protocol 자세히 보기).

표 1. ThruPLEX^® 제품 구분

제품명	Code	포함된 Illumina^® index
제품명	Code	개수	Index type
ThruPLEX^® DNA-seq 6S(12)Kit	R400523	6종류	Single index
ThruPLEX^® DNA-seq 12S(48)Kit	R400428	12종류	Single index
ThruPLEX^® DNA-seq 48S Kit	R400427	48종류	Single index
ThruPLEX^® DNA-seq 48D Kit	R400406	48종류	Dual index
ThruPLEX^® DNA-seq 96D Kit	R400407	96종류	Dual index

[그림 1] Single- tube Workflow of ThruPLEX^® DNA-seq Kit ThruPLEX^® DNA-seq Kit의 실험단계는 Repair, Adaptor ligation, library amplification 3 단계로 구성되어있으며, 불과 50 pg - 50 ng의 double strand DNA/cDNA 에서 Illumina^® indexed library를 제작할 수 있다. 모든 실험 과정은 튜브 이동 없이 Single tube에서 이루어지기 때문에 샘플의 손실과 오염을 막고 2시간 만에 library 제작을 완료할 수 있다.

[그림 2] ThruPLEX^® 기술
Step 1. 단편화된 double stranded DNA 말단을 고효율로 Repair한다
Step 2. DNA 절편의 5’ 말단에 Stem-Loop adapter가 ligation되며, 3’ 말단에는 nick을 남긴다. 이후 extension 과정을 통해 Stem-Loop adapter의 일부가 제거된다.
Stem-Loop adapter는 노출된 단일가닥이 없고, 5’ 말단이 block되어 있어 adapter간의 dimer 형성이 억제될 뿐만 아니라 서열 분석에서의 background를 감소시킬 수 있다.
Step 3. Illumina^® index가 포함된 primer로 증폭하여 Illumina^® NGS 분석용 Llibrary 제작을 완료한다.

[그림 3] ThruPLEX^® DNA-seq Kit과 타사 제품과의 비교; library diversity와 duplicate rate ThruPLEX^® DNA-seq Kit과 타사의 제품을 이용하여 library를 제작하고 MiSeq v3 Reagent Ki를 이용하여 library diversity와 duplicate rate를 비교하였다. ThruPLEX^® DNA-seq Kit은 보다 적은 양의 샘플에서도 더 높은 library diversity를 보였으며 (왼쪽), duplicate rate도 낮음을 확인하였다 (오른쪽).

[그림 4] ThruPLEX^® DNA-seq Kit의 GC Coverage 비교
ThruPLEX^® DNA-seq Kit과 타사의 제품을 이용하여 50ng의 human genome DNA에 대한 NGS Library를 제작하고 GC Coverage를 확인하였다. ThruPLEX^® DNA-seq Kit은 타사 제품에 비하여 보다 전체의 범위를 아우르는 넓은 GC coverage를 보였다. 빨간색 세로선 (red bar)으로 표현된 부분은 human genome의 GC 함량 분포를 나타낸다.

Application & Technical Note

보관 -20 °C.

내용

표 2. ThruPLEX^® DNA-seq Kit 구성 - Single index Kit

Component name	Cap Color	6S Kit 6 Single Indexes 12 Reactions	12S Kit 12 Single Indexes 48 Reactions	48S Kit 48 Single Indexes 48 Reactions
Code		R400523	R400428	R400427
용량		12회	48회	48회
Template Preparation Buffer	Red	1 Tube	1 Tube	1 Tube
Template Preparation Enzyme	Red	1 Tube	1 Tube	1 Tube
Library Synthesis Buffer	Yellow	1 Tube	1 Tube	1 Tube
Library Synthesis Enzyme	Yellow	1 Tube	1 Tube	1 Tube
Library Amplification Buffer	Green	1 Tube	1 Tube	1 Tube
Library Amplification Enzyme	Green	1 Tube	1 Tube	1 Tube
Nuclease-Free Water	Clear	1 Tube	1 Tube	1 Tube
Indexing Reagents	Blue	6 Tubes	12 Tubes	1 Single Index Plate (48S)

※ ThruPLEX^{^®} DNA-seq Kit single Index 서열
   * ThruPLEX DNA-seq 6S (12 )Kit (R400523)
   * ThruPLEX DNA-seq 12S (48)Kit (R400428)
   * ThruPLEX DNA-seq 48S Kit (R400427)

※ ThruPLEX^® DNA-seq Kit single Index Plate Guide

표 3. ThruPLEX^® DNA-seq Kit 구성 - Dual index Kit

Component name	Cap Color	48D Kit 48 Dual Indexes 48 Reactions	96D Kit 96 Dual Indexes 96 Reactions
Code		R400406	R400407
용량		48회	96회
Template Preparation Buffer	Red	1 Tube	2 Tubes
Template Preparation Enzyme	Red	1 Tube	2 Tubes
Library Synthesis Buffer	Yellow	1 Tube	2 Tubes
Library Synthesis Enzyme	Yellow	1 Tube	2 Tubes
Library Amplification Buffer	Green	1 Tube	2 Tubes
Library Amplification Enzyme	Green	1 Tube	2 Tubes
Nuclease-Free Water	Clear	1 Tube	1 Tube
Indexing Reagents		1 Dual Index Plate (48B or 48D)	1 Dual Index Plate (96A or 96D)

※ ThruPLEX^® DNA-seq Kit Dual Index Plate Guide (R40046, R400407)

Keyword :

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