His-Tag 외에도 HAT Tag, 6×HN Tag, 그 밖에 histidine 잔기가 입체 배치로 연속된 아미노산 서열을 가진 융합 단백질을 정제할 수 있다.
6×His 서열은 Tag로서는 작고, 재조합 단백질 전체의 구조에 영향을 미칠 가능성이 낮지만 재조합 단백질이 불용성이 되는 경우가 있다. HAT 서열(Histidine Affinity Tag)은 인공적인 6×His-Tag와 달리 천연 단백질 유 래로 19 아미노산으로 이루어진 histidine 잔기가 입체적으로 인접한 서열로 총 전하가 억제되어 6×His-Tag 에 비해 높은 용해성을 보인다. 또 6×HN Tag는 입체 구조상 금속 chelate resin으로 유지되기 쉬울 뿐 아니 라 분자량이 큰 재조합 단백질이나 발현량이 적은 재조합 단백질을 보다 효율적으로 정제할 수 있다. Clontech 사에서는 HAT-Tag, 6×HN Tag를 미리 vector에 주입한 발현 벡터 시스템을 갖추고 있어서 Tag 서열을 이 용한 효율적인 정제가 가능하다. 또 이들 3종류의 Tag 서열이 융합된 재조합 단백질을 독특한 방법으로 검출 할 수 있는 Universal HIS Western Blot Kit(TaKaRa Code 635633)도 갖추고 있다.