효소의 종류에 따라 다음과 같이 클로닝 한다.

PrimeSTAR™ HS DNA polymerase의 경우
PrimeSTAR™ HS DNA polymerase는 강력한 3′→5′exonuclease 활성을 갖고 있어 증폭 산물 대부분이 평활말단 이 되며, Mighty TA-cloning Reagent Set for PrimeSTAR(TaKaRa Code 6019)을 사용하여 TA cloning 한다.

PrimeSTAR™ HS DNA polymerase 이외의 경우
TaKaRa Taq™, TaKaRa Ex Taq®, TaKaRa LA Taq®, SpeedSTAR™ HS DNA polymerase를 사용한 증폭 산물 대부분은 3′말단에 dA가 돌출된 형태로 존재하기 때문에 T vector로 클로닝이 가능하다. 물론 증폭 산물 을 Mighty cloning Kit(blunt end)을 사용하여 평활말단화 처리 후, 평활말단 벡터에 클로닝할 수도 있다.