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Picogram 수준 Total RNA로부터 Stranded RNA-Seq

(Legacy) SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian

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[Legacy] NGS Products

* 더 높은 효율을 보유한 업그레이드 제품, SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian 사용을 추천합니다.

Picogram 수준의 극소량 샘플 적용: 250 pg - 10 ng total RNA (Human, mouse, rat)
Versatile: FFPE, LCM 샘플을 포함한 다양한 종류의 Sample 적용 가능
Stranded information: 매우 높은 정확성으로 transcript strand information 유지
Fast, streamlined protocol: 5시간 내 NGS Library 제작 완료
Seamless integration with Illumina sequencing

SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammlian은 Picogram 수준의 total RNA (250 pg - 10ng)로부터 Illumina sequencing library를 효율적으로 제작할 수 있다. 또한 high-quality, partially degraded RNA 뿐만 아니라 low quality total RNA (FFPE 또는 LCM 샘플 등)로부터도 NGS library 제작이 가능하다. 본 제품은 strand information을 정확하게 유지할 수 있을 뿐 아니라 cDNA 합성 이후 별도의 library preparation 과정 없이 역전사과정과 PCR 증폭과정에서 Illumina sequencing 분석용 index와 adaptor를 부착할 수 있다.
Ribosomal RNA (rRNA)는 total RNA의 약 90%를 차지하는 RNA로써 NGS library 제작 전, rRNA를 제거(depletion)함으로써 제작비용을 절감할 수 있을 뿐만 아니라 mapping statistics 또한 향상시킬 수 있다. 하지만 매우 극소량의 Total RNA를 이용할 경우 일반적인 방법의 rRNA depletion은 NGS library 제조하는 데 필요한 양에 미치지 못 하게 된다. 본 제품에 사용된 기술은 mammalian rRNA와 mitochondrial RNA 특이적인 Probe를 이용하여 rRNA derived cDNA를 제거한다.
High-troughput version인 SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian (Code 635007)은 96개의 index library 제작을 위한 12개의 reverse primer와 8개의 forward primer를 포함하고 있다.

Alternate kits for other input amounts:

For 10-100 ng total RNA, we recommend the SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - Low Input Mammalian (Code 634861)
For 100 ng-1 μg total RNA, we recommend the SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalian (Code 634873)

그림 1. SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian 원리
This workflow allows users to generate Illumina-compatible libraries for RNA-seq experiments. After library preparation and purification, the total time from input RNA to RNA-seq library is approximately five hours.

그림 2. Human tissue로부터 전사체 분석 결과와 exon mapping 결과
Distribution of reads in libraries prepared with the SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian in the absence (-) or presence (+) of R-Probes, using 250 pg of hum an total RNA. Sequences corresponding to 1 million paired-end reads per library were analyzed.

그림 3. FFPE, LCM 샘플과 같은 degraded RNA로부터 capture 결과
Distribution of insert sizes are shown for libraries generated from 250 pg of high-quality (RIN 8) or highly degraded (RIN 2.5) human total RNA using the SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian with a 4 min shearing time (RIN 8) or with the alternate no-shearing protocol (RIN 2.5). RNA-seq libraries were sequenced on an Illumina MiSeq instrument in paired-end mode. The number of mapped fragments with any given insert size was normalized to the total number of fragments in the library. Fragments mapping to rRNA or the mitochondrial genome were excluded.

그림 4. Ribosomal cDNA depletion에 유무에 따른 High reproducibility
Comparison of FPKMs from libraries generated with 250 pg human brain or heart total RNA with (+) or without (-) ribosomal cDNA depletion (i.e., with or without R-Probes, respectively) using the SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian. FPKM values are shown on a Log10 scale. Transcripts represented in only one library can be seen along the x- and y-axes of the scatter plots.

적용

Robust NGS library generation that retains strand information
Use for RNA-seq on Illumina platforms
Captures coding and non-coding information from total mammalian RNA

구성품 (자세한 구성품은 CoA 또는 매뉴얼 참조)

SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian (Code 635005)

SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian Components
Indexing Primer Set HT for Illumina - 12

SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian (Code 635006)

SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian Components
Indexing Primer Set HT for Illumina - 48A

SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian (Code 635007)

SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian Components
Indexing Primer Set HT for Illumina

Keyword :

[Legacy] NGS Products

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