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최대 100,000개의 single cell을 full gene body 프로파일링 가능

Shasta™ Total RNA-Seq Kit

제조사	제품코드	제품명	용량	가격 (부가세별도)	비고	사용자매뉴얼
Clontech	640288	Shasta™ Total RNA-Seq Kit - 2 Chip	2 Chips	가격문의		,

Product index

Single Cell-Seq 분석개요
Single Cell NGS Automation
Real Time PCR 장치
PCR 장치
Lucetta 2 Luminometer
- Lucetta™ 2 Luminomete..
전기영동 장치
핵산추출장비 및 전용시약(..

최대 10만개의 세포에서 full-length RNA-seq library 제작 가능
mRNA, lncRNA 등을 포함한 total RNA 분석가능
Full gene-body coverage로 splicing, gene fusions과 같은 다양한 variant 검출가능

제품 설명

Shasta™ Single Cell System (이하, Shasta™ system)은 혁신적인 nano-dispensing 기술을 채택하여 보다 더 정밀하고 견고한 시스템을 구현하였다. 또한 새로운 샘플 barcoding 방법을 적용하여, 최대 10만 개의 세포를 single cell 분석할 수 있게 되었다. Nano-dispensing기술을 사용하는 single cell 분류는 microfluidics 방법과 비교해, 보다 광범위한 세포 사이즈의 샘플 해석이 가능하다. Shasta™ system 기술은 splicing isoform, gene fusion, chromosomal arm-level CNVs와 같은 현상을 이전보다 더 많은 세포에서 검출할 수 있게 하였다.

Shasta™ Total RNA-Seq Kit은 시장 최초의 large-scale full-length single cell RNA-Seq solution 으로, 간편하고 자동화된 프로토콜로 최대 100,000개의 single-cell full-length genes을 포괄적으로 프로파일링 할 수 있게 하였다. 이 시스템에 사용된 random priming 기반 역전사 반응은 long non-coding RNA (lncRNA)를 포함한 모든 RNA에서 새로운 바이오 마커 발견이 가능하도록 하였다.

[그림 1] Shasta™ Total RNA-Seq Kit workflow
① 세포 고정 및 RNA 단편화
② 투과 처리된 세포 (permeabilized cells)는 in situ 역전사반응을 위한 reservoir가 되고, 샘플 고유의 barcode를 부가하기 위해, 96 종류의 barcode를 가지는 template switching oligo (TSO) 플레이트에 샘플을 로딩하여 in situ 역전사반응.
③ 샘플을 회수한 후, Shasta™ system을 이용하여 nanowell chip (5,184 wells)에 분주
④ 세포 용해와 72개의 i5 primer와 72개의 i7 primer로 nanowell-specific barcode 통합
⑤ Library를 chip에서 회수. Off-chip PCR 및 ZapR 기술을 이용한 rRNA 유래의 서열 제거를 포함한 정제 후 sequencing 가능한 library로 변환
⑥ sequencing 과 Cogent NGS bioinformatics tool을 이용한 데이터 분석

[그림 2] Shasta™ Total RNA-Seq Kit을 이용하여 PBMC 샘플에서 서로 다른 세포 집단의 식별
말초혈액 단핵세포(PBMC)는 다양한 유형의 림프구, 단핵구, 수지상 세포 (dendritic cells) 및 기타 세포 집단으로 구성된 이질적인 집단이다. Shasta™ Total RNA-Seq을 사용하여 인간 PBMC를 처리하고 sequencing 데이터를 분석한 결과, 유전자 발현 프로파일을 기반으로 특정 세포 집단을 식별할 수 있음을 확인하였다. 8,000개의 PBMC를 포함하는 이 실험에서 Shasta™ Total RNA-Seq은 세포당 약 3,500개의 유전자를 검출하는 매우 높은 민감도를 보였다. 유전자체 전체(full gene body)를 포괄하는 Shasta™ Total RNA-Seq는 sequencing saturation에서 민감하지 않았지만 (그림 2, 패널 A 및 B), end-counting technology는 25,000~50,000 read depth에서 sequencing saturation에 매우 쉽게 도달하였다. Shasta™ Total RNA-Seq 데이터를 통해 여러 PBMC 하위 집단을 성공적으로 구별할 수 있었으며, 이를 통해 Shasta Total RNA-Seq 데이터가 다양한 유전자 발현 프로그램을 보여줄 만큼 충분히 민감하다는 것을 보여주었다(그림 2, 패널 C).

내용

Shasta Total RNA-Seq Kit - 2 Chip	수량
Shasta Total RNA-Seq Reagents	1
Single-Cell 350v Chip	2
Single-Cell Collection Kit	2
Single-Cell Loading Kit	2
Shasta Long Indexing Primer Set - A	2

Keyword :

Single Cell NGS Automation

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