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Home > 전제품보기 > NGS 관련 > SMARTer DNA-Seq 개요 > [논문] ThruPLEX® for ChIP-Seq

[논문] ThruPLEX® for ChIP-Seq

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[논문리스트] SMARTer® ThruPLEX® DNA-Seq Kit for ChIP-Seq
SMARTer® ThruPLEX®를 이용하면 ChIP-Seq 분석이 더욱 스마트해집니다!

여러분의 실험을 성공으로 이끌기 위하여 노력하는 다카라코리아에서 Chromatin Immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq)을 위한 새로운 제품을 소개합니다. ChIP-seq
분야에서 가장 정평이 나 있는, SMARTer® ThruPLEX® DNA-Seq Kit을 만나보세요!

SMARTer® ThruPLEX® DNA-Seq Kit (Code R400523)
  • SMARTer® ThruPLEX® Technology 기반
  • High performance: 소량 DNA 적용 (50pg to 50ng DNA)
  • 넓은 적용성: Genomic DNA, ChIP-DNA, FFPE DNA, cDNA, cell-free DNA 적용 가능
  • Fast and simple: 단일 튜브에서 단 3번의 스텝 (조작시간 15분)

[논문리스트]
1. Baejen, C. et al. Genome-wide analysis of RNA Polymerase II termination at protein-coding. Genes. Mol. Cell 66, 1-12 (2017). doi: 10.1016/j.molcel.2017.02.009
  • 효모의 RNA Pol II Termination 과정을 규명하기 위하여, ChIP-seq, ChIP-qPCR 등 실험하였으며, SMARTer® ThruPLEX® DNA-Seq Kit을 이용하여 ChIP-seq NGS library를 제조하였다.
  • 논문저자는 ChIP-seq 분석을 통하여, 효모출아과정에서의 3’-transition은 Pol II elongation factor Spt5를 필요로 한다는 것을 규명하였다.
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2. Maatouk, D.M. et al. Genome-wide identification of regulatory elements in Sertoli cells. Development 144, 720-30 (2017). doi: 10.1242/dev.142554
  • 본 논문은 마우스 세르톨리주 세포(Sertoli cells)에서 성별결정과정 (Sex determination)의 조절인자를 규명하기 위하여 ChIP-seq, DNaseI-seq, RNA-seq 실험을 하였으며, FACS로 분리한 마우스 세르톨리주 세포로부터 SMARTer® ThruPLEX® DNA-Seq Kit을 이용하여 ChIP-seq library를 제작하였다.
  • H3K27ac의 chromatin landscape에 DNAaseI-seq peak를 오버랩(overlap), 분석함으로써 H3K27ac Enhancer가 마우스 세르톨리주세포의 성별결정과정의 초기단계(early stage)에서만 활성을 지님을 확인하였다.
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3. Liu, Y. et al. Transcriptional landscape of the human cell cycle. PNAS 114, 3473-78 (2017). doi: 10.1073/pnas.1617636114
  • 본 논문은 ChIP-seq, DNase-seq, RNA-seq, GRO-seq 분석을 조합하여, 세포주기 (cell cycle) 동안의 transcriptional landscape를 규명하였다. ChIP-seq, DNase-seq library는 SMARTer® ThruPLEX® DNA-Seq Kit로 제작되었다.
  • 본 논문의 저자는 MCF-7 breast cancer cell line을 사용하여 세포주기에서 전사상태와 steady-state의 RNA 발현레벨에서의 시간지연 (lag)을 규명하였다. 또한, 저자는 세포주기 동안의 Transcriptional과 epigenetic dynamic의 중요성에 대하여 강조하였다.
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4. Warrick, J.I. et al. FOXA1, GATA3 and PPARγ cooperate to drive luminal subtype in bladder cancer: A molecular analysis of established human cell lines.
   Sci. Reps. 6, 38531 (2016).
doi:10.1038/srep38531
  • Human cell line이 분자수준의 방광암(bladder cancer) 연구에 적한한지 ChIP-seq, RNA-seq을 통해 확인하였다. ChIP-Seq은 SMARTer® ThruPLEX® DNA-Seq Kit로 제작하였다.
  • 본 논문의 저자는 PPARγ, GATA3, FOXA1 유전자의 과발현이 방광암의 전환분화 (transdifferentiation)에 기여한다는 것을 규명하였다.
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5. Roy, N. et al. PDX1 dynamically regulates pancreatic ductal adenocarcinoma initiation and maintenance. Genes Dev. 30, 2669-83 (2016). doi: 10.1101/gad.291021.116
  • 췌장관세포암 (pancreatic ductal adenocarcinoma; PDA)의 진행단계에서 PDX의 다양한 기능을 분석하기 위하여 ChIP-seq, RNA-seq, BrU-seq 기법을 적용하였다. SMARTer® ThruPLEX® DNA-Seq Kit는 PDX-1 immunoprecipiated DNA로부터 ChIP-seq library를 제작하기 위해 사용되었다.
  • 본 논문의 저자는 췌장관세포암(PDA)의 진행단계에서 PDX1의 역할을 구분하였으며 발암작용 (carcinogenesis)의 각기 다른 단계에서 PDX1 유전자의 기능을 이해하는 것은 췌장관세포암 치료의 잠재적인 타겟이 될 수 있음을 제안하였다.
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6. Luizon, M.R. et al. Genomic characterization of metformin hepatic response. PLOS Genet. 12, e1006449 (2016). doi: 10.1371/journal.pgen.1006449
  • 인간 간세포 (Human hepatocyte)에서 metformin hepatic response와 연관된 유전자와 조절인자를 규명하기 위하여 ChIP-seq과 RNA-Seq을 이용하였으며, SMARTer® ThruPLEX® DNA-Seq Kit으로 ChIP-seq library를 제작하였다.
  • 본 논문의 저자는 인간 간세포의 metformin-dependent response의 포괄적인 유전체범위 분석 데이터를 제공하며, 또한 제 2형 당뇨 (Type 2 diabetes)에 대한 잠재적인
    치료 가능성을 제시하였다.
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7. Spangle, J.M. et al. PI3K/AKT signaling regulates H3K4 methylation in breast cancer. Cell Rep. 15, 1-13 (2016). doi: 10.1016/j.celrep.2016.05.046
  • ChIP-seq, RNA-seq 분석을 이용하여 유방암의 전임상단계 모델에서 PI3K/AKT pathway activation의 역할을 규명하였다. H3K4me3, KDM5A 유전자의 subcellular localization을 측정하기 위하여 SMARTer® ThruPLEX® DNA-Seq Kit로 ChIP-seq library를 제작하였다.
  • 본 논문의 저자는 유방악성종양 (breast malignancies)에서 epigenetic landscape를 조절하는 PI3K/AKT signaling pathway의 중요성을 입증하였다. 또한, AKT/KDM5A
    복합체에 의해 조절되는 세포주기 유전자의 발현 (the expression of cell-cycle genes)이 진행성유방암 (advanced-stage breast cancer)와 연관되어있음을 규명하였다.
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8. Hojo, H. et al. Sp7/Osterix Is restricted to bone-forming vertebrates where it acts as a Dlx co-factor in osteoblast specification. Dev. Cell 37, 1-16 (2016).
   doi: 10.1016/j.devcel.2016.04.002
  • 마우스 골형성 단계의 전사인자인 Sp7/Osterix의 역할을 분석하기 위하여 ChIP-seq, RNA-seq이 이용되었다. 본 논문의 저자는 biotin-motif와 세 개의 FALG epitope가
    Sp7 단백질의 C-말단에 결합되어 있어 Sp7 단백질의 결합부위를 ChIP으로 확인할 수 있는 형질전환 마우스 라인 (transgenic mouse line)을 제작하였다. 그 후, SMARTer® ThruPLEX® DNA-Seq Kit은 ChIP-seq을 통한 조골세포 성장인자 (osteoblast enhancers)를 규명하기 위하여 이용되었다.
  • 본 논문은 Sp family 중에서도 Sp7 단백질의 출현이 척추동물의 진화 과정 중 조골세포의 발생에 중요한 역할을 하였을 것으로 보고하였다.
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9. Cejas, P. et al. Chromatin immunoprecipitation from fixed clinical tissues reveals tumor-specific enhancer profiles. Nat Med. 22, 685-691 (2016).    doi:10.1038/nm.4085
  • 본 논문은 Histone mark의 정확한 검출을 위하여 FFPE 조직 샘플로부터 soluble chromatin의 신뢰성 높은 추출을 위한 새로운 방법, Fixed tissue chromatin immunoprecipitation sequencing (FiT-seq)에 대한 정보를 제공한다. SMARTer® ThruPLEX® DNA-Seq Kit를 사용하여 FFPE 샘플로부터 FiT-seq library를, Fresh frozen 샘플로부터 ChIP-seq library를 제작하였으며, 두 샘플로부터 도출된 데이터는 서로 일치하는 것으로 입증되었다.
  • 본 연구는 FiT-seq를 이용하여 종양특이적 인자 (tumor-specific enhancer)와 super enhancer를 분석할 수 있으며, 또한 크로마틴상태 (chromatin state)가 어떻게 유전자
    조절에 영향을 미칠 수 있는지를 보여준다.
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10. Si, S. et al. Loss of Pcgf5 affects global H2A monoubiquitination but not the function of hematopoietic stem and progenitor cells. PLOS One 11, e0154561
    (2016).
doi: 10.1371/journal.pone.0154561.
  • 본 논문은 ChIP-seq과 RNA-seq을 이용하여 hematopoietic stem cell and progenitor cell (HSPCs)에서의 Polycomb-group RING finger protein (Pcgf5)의 역할을 분석하였다. ChIP-seq library는 SMARTer® ThruPLEX® DNA-Seq Kit을 이용하여 제작되었다.
  • ChIP-seq 분석 결과, pcgf5-deficient HSPCs에서는 H2AK119ub1의 수준이 감소한다는 것을 밝혔으나 유전자발현 수준과의 관련성은 밝히지 못 하였다. 본 논문의 저자는 Pcgf5가 in vivo 모델에서 Histone H2AK119 monoubiquitiation을 조절하지만, 조혈작용에서의 역할은 미미하다고 결론 지었다.
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11. O'Brien, L.L. et al. Differential regulation of mouse and human nephron progenitors by the Six family of transcriptional regulators. Development 143, 595-608
    (2016).
doi: 10.1242/dev.127175
  • 본 논문에서는 nephrogenesis 과정 동안의 마우스 및 인간의 신장 전구세포 (kidney progenitor cell)에서 전사인자 Six2의 조절 작용을 ChIP-seq, RNA-seq을 이용하여
    비교하였다. SMARTer® ThruPLEX® DNA-Seq Kit을 이용하여 마우스와 인간 ChIP DNA로부터 Sequencing library를 제작하였다.
  • 본 논문은 인간과 마우스의 네프론 전구체 사이에는 서로 다른 여섯 개의 조절인자가 관여하고 있음을 규명하였으며 전구체 세포의 자가재생(self-renewal)과 인간 신장의 nephrogenesis에 대한 잠재적인 연관성 (potential mechanistic link)을 제시하였다.
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[ChIP-seq 기술 비교 논문-Review]
1. Sundram A.Y.M. et al. A comparative study of ChIP-seq sequencing library preparation methods. BMC Genomics 17, 816 (2016). doi: 10.1186/s12864-016-3135-y
  • 본 논문은 1ng, 0.1ng의 H3K4me3 ChIP DNA를 이용하여 low-input DNA 또는 ChIP-seq sample을 위한 7개의 preparation kit (Accel-NGS® 2S, Bowman-method,
    HTML-PCR, SeqPlex™, DNA SMART™, TELP and SMARTer® ThruPLEX® DNA-Seq Kit)을 비교 분석하였다.
  • 논문에서 키트를 비교한 결과, Rubicon Genomics SMARTer® ThruPLEX® DNA-Seq Kit은 peak calling, peak strength correlation, IDR 등의 분석 데이터에서 뛰어난 데이터 효율을
    보였으며, 특히 본 제품은 “single-tube protocol”이 강력한 장점이라는 것을 명시하였다.

    (논문원문발췌)
    "The ThruPLEX reagents from Rubicon Genomics scored a close second on the critical metrics of peak calling, peak strength correlation, and IDR. Notably, the efficient and single-tube protocol for these reagents also makes them an attractive choice."