여러분의 실험을 성공으로 이끌기 위하여 노력하는 다카라코리아에서 Chromatin Immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq)을 위한 새로운 제품을 소개합니다. ChIP-seq
분야에서 가장 정평이 나 있는, ThruPLEX^® DNA-Seq Kit을 만나보세요!


[논문리스트]
1. Baejen, C. et al. Genome-wide analysis of RNA Polymerase II termination at protein-coding. Genes. Mol. Cell 66, 1-12 (2017). doi: 10.1016/j.molcel.2017.02.009

• 효모의 RNA Pol II Termination 과정을 규명하기 위하여, ChIP-seq, ChIP-qPCR 등 실험하였으며, ThruPLEX^® DNA-Seq Kit을 이용하여 ChIP-seq NGS library를 제조하였다.
• 논문저자는 ChIP-seq 분석을 통하여, 효모출아과정에서의 3’-transition은 Pol II elongation factor Spt5를 필요로 한다는 것을 규명하였다.

2. Maatouk, D.M. et al. Genome-wide identification of regulatory elements in Sertoli cells. Development 144, 720-30 (2017). doi: 10.1242/dev.142554

• 본 논문은 마우스 세르톨리주 세포(Sertoli cells)에서 성별결정과정 (Sex determination)의 조절인자를 규명하기 위하여 ChIP-seq, DNaseI-seq, RNA-seq 실험을 하였으며, FACS로 분리한 마우스 세르톨리주 세포로부터 ThruPLEX^® DNA-Seq Kit을 이용하여 ChIP-seq library를 제작하였다.
• H3K27ac의 chromatin landscape에 DNAaseI-seq peak를 오버랩(overlap), 분석함으로써 H3K27ac Enhancer가 마우스 세르톨리주세포의 성별결정과정의 초기단계(early stage)에서만 활성을 지님을 확인하였다.

3. Liu, Y. et al. Transcriptional landscape of the human cell cycle. PNAS 114, 3473-78 (2017). doi: 10.1073/pnas.1617636114

• 본 논문은 ChIP-seq, DNase-seq, RNA-seq, GRO-seq 분석을 조합하여, 세포주기 (cell cycle) 동안의 transcriptional landscape를 규명하였다. ChIP-seq, DNase-seq library는 ThruPLEX^® DNA-Seq Kit로 제작되었다.
• 본 논문의 저자는 MCF-7 breast cancer cell line을 사용하여 세포주기에서 전사상태와 steady-state의 RNA 발현레벨에서의 시간지연 (lag)을 규명하였다. 또한, 저자는 세포주기 동안의 Transcriptional과 epigenetic dynamic의 중요성에 대하여 강조하였다.

4. Warrick, J.I. et al. FOXA1, GATA3 and PPARγ cooperate to drive luminal subtype in bladder cancer: A molecular analysis of established human cell lines.
   Sci. Reps. 6, 38531 (2016). doi:10.1038/srep38531

• Human cell line이 분자수준의 방광암(bladder cancer) 연구에 적한한지 ChIP-seq, RNA-seq을 통해 확인하였다. ChIP-Seq은 ThruPLEX^® DNA-Seq Kit로 제작하였다.
• 본 논문의 저자는 PPARγ, GATA3, FOXA1 유전자의 과발현이 방광암의 전환분화 (transdifferentiation)에 기여한다는 것을 규명하였다.

5. Roy, N. et al. PDX1 dynamically regulates pancreatic ductal adenocarcinoma initiation and maintenance. Genes Dev. 30, 2669-83 (2016). doi: 10.1101/gad.291021.116

• 췌장관세포암 (pancreatic ductal adenocarcinoma; PDA)의 진행단계에서 PDX의 다양한 기능을 분석하기 위하여 ChIP-seq, RNA-seq, BrU-seq 기법을 적용하였다. ThruPLEX^® DNA-Seq Kit는 PDX-1 immunoprecipiated DNA로부터 ChIP-seq library를 제작하기 위해 사용되었다.
• 본 논문의 저자는 췌장관세포암(PDA)의 진행단계에서 PDX1의 역할을 구분하였으며 발암작용 (carcinogenesis)의 각기 다른 단계에서 PDX1 유전자의 기능을 이해하는 것은 췌장관세포암 치료의 잠재적인 타겟이 될 수 있음을 제안하였다.

6. Luizon, M.R. et al. Genomic characterization of metformin hepatic response. PLOS Genet. 12, e1006449 (2016). doi: 10.1371/journal.pgen.1006449

• 인간 간세포 (Human hepatocyte)에서 metformin hepatic response와 연관된 유전자와 조절인자를 규명하기 위하여 ChIP-seq과 RNA-Seq을 이용하였으며, ThruPLEX^® DNA-Seq Kit으로 ChIP-seq library를 제작하였다.
• 본 논문의 저자는 인간 간세포의 metformin-dependent response의 포괄적인 유전체범위 분석 데이터를 제공하며, 또한 제 2형 당뇨 (Type 2 diabetes)에 대한 잠재적인
  치료 가능성을 제시하였다.

7. Spangle, J.M. et al. PI3K/AKT signaling regulates H3K4 methylation in breast cancer. Cell Rep. 15, 1-13 (2016). doi: 10.1016/j.celrep.2016.05.046

• ChIP-seq, RNA-seq 분석을 이용하여 유방암의 전임상단계 모델에서 PI3K/AKT pathway activation의 역할을 규명하였다. H3K4me3, KDM5A 유전자의 subcellular localization을 측정하기 위하여 ThruPLEX^® DNA-Seq Kit로 ChIP-seq library를 제작하였다.
• 본 논문의 저자는 유방악성종양 (breast malignancies)에서 epigenetic landscape를 조절하는 PI3K/AKT signaling pathway의 중요성을 입증하였다. 또한, AKT/KDM5A
  복합체에 의해 조절되는 세포주기 유전자의 발현 (the expression of cell-cycle genes)이 진행성유방암 (advanced-stage breast cancer)와 연관되어있음을 규명하였다.

8. Hojo, H. et al. Sp7/Osterix Is restricted to bone-forming vertebrates where it acts as a Dlx co-factor in osteoblast specification. Dev. Cell 37, 1-16 (2016).
   doi: 10.1016/j.devcel.2016.04.002

• 마우스 골형성 단계의 전사인자인 Sp7/Osterix의 역할을 분석하기 위하여 ChIP-seq, RNA-seq이 이용되었다. 본 논문의 저자는 biotin-motif와 세 개의 FALG epitope가
  Sp7 단백질의 C-말단에 결합되어 있어 Sp7 단백질의 결합부위를 ChIP으로 확인할 수 있는 형질전환 마우스 라인 (transgenic mouse line)을 제작하였다. 그 후, ThruPLEX^® DNA-Seq Kit은 ChIP-seq을 통한 조골세포 성장인자 (osteoblast enhancers)를 규명하기 위하여 이용되었다.
• 본 논문은 Sp family 중에서도 Sp7 단백질의 출현이 척추동물의 진화 과정 중 조골세포의 발생에 중요한 역할을 하였을 것으로 보고하였다.

9. Cejas, P. et al. Chromatin immunoprecipitation from fixed clinical tissues reveals tumor-specific enhancer profiles. Nat Med. 22, 685-691 (2016).    doi:10.1038/nm.4085

• 본 논문은 Histone mark의 정확한 검출을 위하여 FFPE 조직 샘플로부터 soluble chromatin의 신뢰성 높은 추출을 위한 새로운 방법, Fixed tissue chromatin immunoprecipitation sequencing (FiT-seq)에 대한 정보를 제공한다. ThruPLEX^® DNA-Seq Kit를 사용하여 FFPE 샘플로부터 FiT-seq library를, Fresh frozen 샘플로부터 ChIP-seq library를 제작하였으며, 두 샘플로부터 도출된 데이터는 서로 일치하는 것으로 입증되었다.
• 본 연구는 FiT-seq를 이용하여 종양특이적 인자 (tumor-specific enhancer)와 super enhancer를 분석할 수 있으며, 또한 크로마틴상태 (chromatin state)가 어떻게 유전자
  조절에 영향을 미칠 수 있는지를 보여준다.

10. Si, S. et al. Loss of Pcgf5 affects global H2A monoubiquitination but not the function of hematopoietic stem and progenitor cells. PLOS One 11, e0154561
    (2016). doi: 10.1371/journal.pone.0154561.

• 본 논문은 ChIP-seq과 RNA-seq을 이용하여 hematopoietic stem cell and progenitor cell (HSPCs)에서의 Polycomb-group RING finger protein (Pcgf5)의 역할을 분석하였다. ChIP-seq library는 ThruPLEX^® DNA-Seq Kit을 이용하여 제작되었다.
• ChIP-seq 분석 결과, pcgf5-deficient HSPCs에서는 H2AK119ub1의 수준이 감소한다는 것을 밝혔으나 유전자발현 수준과의 관련성은 밝히지 못 하였다. 본 논문의 저자는 Pcgf5가 in vivo 모델에서 Histone H2AK119 monoubiquitiation을 조절하지만, 조혈작용에서의 역할은 미미하다고 결론 지었다.

11. O'Brien, L.L. et al. Differential regulation of mouse and human nephron progenitors by the Six family of transcriptional regulators. Development 143, 595-608
    (2016). doi: 10.1242/dev.127175

• 본 논문에서는 nephrogenesis 과정 동안의 마우스 및 인간의 신장 전구세포 (kidney progenitor cell)에서 전사인자 Six2의 조절 작용을 ChIP-seq, RNA-seq을 이용하여
  비교하였다. ThruPLEX^® DNA-Seq Kit을 이용하여 마우스와 인간 ChIP DNA로부터 Sequencing library를 제작하였다.
• 본 논문은 인간과 마우스의 네프론 전구체 사이에는 서로 다른 여섯 개의 조절인자가 관여하고 있음을 규명하였으며 전구체 세포의 자가재생(self-renewal)과 인간 신장의 nephrogenesis에 대한 잠재적인 연관성 (potential mechanistic link)을 제시하였다.