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High-throughput single-cell mRNA-Seq (Single cell or Ultra low input)

SMART-Seq® HT Kit

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제조사 제품코드 제품명 용량 가격
(부가세별도)
비고 사용자매뉴얼
Clontech
634437
SMART-Seq® HT Kit
관련학술 관심상품등록 구매하기 라이선스 
96회
6,116,000원 
7,644,000원
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11.01 ~ 12.07
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SMART-Seq HT Kit User Manual-110117.pdf
Clontech
634438
SMART-Seq® HT Kit
관련학술 관심상품등록 구매하기 라이선스 
192회
8,437,000원 
10,546,000원
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11.01 ~ 12.07
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Clontech
634436
SMART-Seq® HT Kit
관련학술 관심상품등록 구매하기 라이선스 
480회
16,873,000원 
21,091,000원
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11.01 ~ 12.07
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Clontech
634439
SMART-Seq® HT Lysis Components
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96회
146,000원 
182,000원
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11.01 ~ 12.07
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SMART-Seq HT Kit User Manual-110117.pdf

  • Unparalleled sensitivity - Single cell 또는 10pg total RNA에서 분석 가능 (Input range: 1 - 100 cells or 10 pg - 1 ng of total RNA)
  • High-quality RNA-seq data - SMARTer® Ultra Low Kit 시리즈 중, 유전자 검출 수가 가장 많고 rRNA read 비중이 낮으며 GC-rich transcript도 효율적
  • Simplified workflow - One-Step RT-PCR 반응으로 NGS 분석용 cDNA를 한번에 제작
  • Sample prep made easy - Single-tube protocol로 단일세포 샘플의 손실을 최소화
제품설명
SMART-Seq® HT Kit은 10 pg - 1ng total RNA 또는 1 - 100개의 세포에서 RNA 추출 과정 없이 고품질의 Full-length cDNA를 빠르고 대량(High-throughput)으로 제작할 수 있는
제품이다. 본 제품은 SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing (Code 634888)의 기술을 기반으로 하고 있어 동일한 성능의 민감도 (sensitivity)와 재현성 (reproducibility)를 보이며, 역전사반응 (Reverse Transcription)과 PCR 증폭을 합친 Single Step RT-PCR 반응으로 간편하고 빠르게 NGS Library를 제작할 수 있다. cDNA 합성 과정은
단 4시간에 완료할 수 있으며, 전체적인 NGS Library 제작은 이틀 내에 완료할 수 있다.
본 키트에 적용된 SMART 기술은 splice junction, alternative splicing 등을 포함한 full transcriptome 분석을 위하여 개발된 강력한 기술이며, 이는 full-length gene coverage에 대한
분석을 가능하게 한다. Oligo(dT) priming을 이용하여 high-quality RNA (RIN > 8) 또는 intake cell로부터 mRNA를 증폭한다. LNA (Locked Nucleic Acid) 기술의 사용으로 주형전환활성 (template switching) 활성을 한층 높였으며, 이는 검출되는 유전자의 수를 증가시켰다.


그림 1. Schematic of technology in the SMART-Seq HT Kit.


그림 2. Comparison of the SMART-Seq v4 and SMART-Seq HT kit workflows
(왼쪽) SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing (Code 634888)
(오른쪽) SMART-Seq® HT Kit (Code 634437)
SMART-Seq® HT Kit (오른쪽)은 기존의 SMART-Seq v4 (왼쪽)의 프로토콜을 변형함으로써, 보다 간편하고 빠르게 High-throughput으로 NGS Library를 제작할 수 있다.
FACS sorting으로 Single cell 분리 후, SMART-Seq v4 의 경우는 총 6번의 Hands-on step이 필요한 데 반하여, SMART-Seq HT Kit의 경우는 단 3번의 Hands-on step으로
완료할 수 있다.


그림 3. High reproducibility of gene expression data obtained from FACS-sorted 293T cells using the SMART-seq v4 and SMART-Seq HT kits.
Libraries generated from twenty-one individual 293T cells (table, top panel) were further analyzed to evaluate the reproducibility of gene expression measurements obtained for each cell with the SMART-Seq v4 kit (SSv4_1 to SSv4_12) and the SMART-Seq HT Kit (HT_1 to HT_9)(lower panel). The hierarchical clustering heat map shows Euclidean distances between all the cells and reports Pearson correlations ranging from 0.74 to 0.97. While the best correlations are observed between cells prepared with one or the other kit, the correlations are still very high between the two kits and the cells are not clustering based on the library preparation method. These data demonstrate that the modified workflow in the SMART-Seq HT Kit does not introduce major bias in measurement of gene expression levels.


그림 4. Comparison of expression level by gene GC content between the SMART-Seq v4 and SMART-Seq HT kits
The libraries made from 10 pg of Mouse Brain Total RNA shown in the table (Figure 2) were further analyzed for GC content representation (see table, top panel). Genes were binned by GC content, and correlation plots were used to visualize the reproducibility of the expression levels (FPKM) of genes in each bin. The average gene counts are very reproducible for replicate samples analyzed using the SMART-Seq v4 (Panel A) or SMART-Seq HT kits (Panel B). Genes with high or low GC content (shown in red and blue, respectively) show similar expression levels in the SMART-Seq v4 and SMART-Seq HT kits (Panel C). Thus, the One-Step RT PCR reaction introduced in the new SMART-seq HT Kit maintains the representation of the low- and high-GC content genes


그림 5. High overlap of transcripts identified with the SMART-Seq v4 and SMART-Seq HT kits
Libraries prepared from 10 pg of Mouse Brain Total RNA shown in Table 1 were further evaluated for the overlap in the number of transcripts identified (FPKM >0.1) between technical replicates within each kit, and found to be very similar (61?63% overlap) (Panel A). Transcripts identified by all three replicates for each kit were then compared against each other, indicating an overlap of 71%. The overlapping transcripts have an average expression level of 37 FPKM, while the transcripts uniquely identified with individual kits are less abundant, averaging between 6?7 FPKM, indicating that the transcripts more likely to not be identified are the ones expressed at a low level.
Applications
  • cDNA synthesis from single cells or total RNA for transcriptome sequencing
  • cDNA outputs from this kit can be used with Nextera® XT library preparation kits for Illumina sequencing
구성품 (자세한 내용은 COA를 참조하세요)
SMART-Seq® HT Kit (Code 634437, 634438, 634436)
  • Box 1: Control Total RNA (1㎍/㎕)
  • Box 2: SMART-Seq HT Oligonucleotide
    - 3' SMART-Seq CDS Primer II A
    - RNase Inhibitor(40 U/㎕)
    - One-Step Buffer
    - SMARTScribe Reverse Transcriptase(100 U/㎕)
    - SeqAmp DNA Polymerase
    - 10X Lysis Buffer
    - Elution Buffer(10 mM Tris-Cl, pH 8.5)
    - Nuclease-Free Water

SMART-Seq® HT Lysis Components (Code 634439)
  • 3' SMART-Seq CDS Primer II A
  • 10X Lysis Buffer
보존
  • Box 1: - 70℃
  • Box 2: - 20℃

Keyword : Single cell,NGS,SMART,SMARTer,RNA-Seq,Single cell seq,단일세포,시퀀싱,Sequencing
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