• pg 수준의 극소량 샘플 적용 - Human, mouse, rat 유래의 total RNA (250 pg - 10 ng) 혹은 intact cell (10-1,000개)
• UMI 적용으로 분석 정확도 증가 - 샘플 내 true variant와 rare mutation의 정확한 분석 및 PCR 증폭과정으로 발생할 수 있는 bias나 sequencing error 방지
• FFPE나 LCM, cell-free RNA를 포함하는 낮은 quality RNA에서 재현성 높은 결과 확인
• 빠르고 간편한 프로토콜 - Buffer 조성의 업그레이드로 library 정제 시간 감축, 전 과정이 7.5시간 내 완료
• Illumina^® 플랫폼 호환 - Illumina^® 분석용 index가 적용되어 있으며, 최대 192개의 조합 가능

제품 설명

SMARTer^® Stranded Total RNA - Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian는 human, rat, mouse 유래의 total RNA (250 pg ~ 10 ng) 혹은 intact cell (10-1,000개)로부터 Strand-specific Illumina^® NGS library를 효율적으로 제작할 수 있다. 본 제품은 극미량의 total RNA를 이용할 수 있을 뿐만 아니라 FFPE, LCM 샘플과 같이 RNA integrity가 현저히 낮은 샘플에서도 NGS Library 제작이 가능하다. 본 제품은 library 제작 과정 내에 unique molecular identifiers (UMIs)를 추가 도입함으로써 기존의 Version 2 제품에 비해 Illumina^® Sequencing 효율과 정확도를 개선하였다.

SMARTer^® Stranded Total RNA - Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian를 이용하면, 역전사반응과 PCR 증폭 단계에서 index와 adapter를 부가하며, strand 정보를 보유하는 library를 제작할 수 있다. Library prep 및 정제 과정을 포함한 전 실험 과정은 7.5시간 내 완료된다.

본 제품은 Mammalian rRNA와 mitochondrial RNA 특이적인 Probe로 rRNA derived cDNA를 제거하여 보다 높은 mapping statistics를 얻을 수 있는 기술이 적용되어 있다. Ribosomal RNA (rRNA)는 total RNA의 약 90%를 차지하는 RNA로써 NGS library 제작 전, cDNA에서 rRNA를 제거 (depletion)함으로써 제작비용을 절감할 수 있고, mapping statistics 또한 향상시킬 수 있다. 하지만 매우 극소량의 Total RNA를 이용할 경우, 일반적인 rRNA depletion 방법을 적용하면 NGS library를 제조하는 데 필요한 RNA 양에 미치지 못 하게 된다.


그림 1. Schematic of technology in the SMARTer^® Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian


그림 2. SMARTer^® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian을 이용하여 제작한 NGS Library의 구조
The adapters added using the SMARTer^® RNA Unique Dual Index Kit - 24U (Code 634451) contain sequences allowing clustering on any Illumina flow cell (P7 shown in light blue, P5 shown in red, Index 1 [i7] sequence shown in orange, and Index 2 [i5] sequence shown in yellow), as well as the regions recognized by sequencing primers Read Primer 2 (Read 2, purple) and Read Primer 1 (Read 1, green). Read 1 generates sequences antisense to the original RNA, while Read 2 yields sequences sense to the original RNA (orientation of original RNA denoted by 5' and 3' in dark blue). The first 8 nt of the second sequencing read (Read 2) are UMIs (dark purple) followed by 3 nucleotides derived from the Pico v3 SMART UMI Adapter (shown as XXX).

Applications

자세한 구성은 CoA를 참고하세요.