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Single cell, pg 수준 극소량의 샘플을 위한 SMART-Seq의 최신작

SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing

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제조사 제품코드 제품명 용량 가격
(부가세별도)
비고 사용자매뉴얼
Clontech
634888
SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
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12회
2,454,000원  제조사 페이지로 바로가기 104008
Clontech
634889
SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
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24회
4,266,000원  제조사 페이지로 바로가기
Clontech
634890
SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
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48회
6,826,000원  제조사 페이지로 바로가기
Clontech
634891
SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
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96회
10,919,000원  제조사 페이지로 바로가기
Clontech
634892
SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
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192회
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Clontech
634893
SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
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480회
34,941,000원  제조사 페이지로 바로가기
Clontech
634894
SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
관련학술 관심상품등록 구매하기 라이선스 
960회
49,212,000원  제조사 페이지로 바로가기

[SMART-seq v4 for Sngle cell RNA-Seq 온라인 세미나 바로보기]
"SMART-Seq Ultra Low Input: Single cell sequencing (단일세포 염기서열 분석) 논문리스트 보기"
* 본 제품으로 합성한 cDNA는 Illumina와 Ion Torrent platform에 모두 적용 가능합니다.
* 본 제품은 SMARTer Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing - v3 (code 634848)의 업그레이드 버전 제품입니다.

  • Illumina NGS sequencer와 Ion Torrent sequencer에 적용가능한 NGS Library 제작
  • Single cell 또는 10pg 수준의 극소량 total RNA 샘플에서 cDNA 합성 가능
  • 간단하고 빠른 1 tube protocol
  • GC 함량이 높은 유전자도 효율적으로 증폭가능한 SeqAmp DNA Polymerase 포함
  • 기존 SMARTer Ultra Low 시리즈보다 검출 유전자 수가 대폭 향상됨
제품설명
SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing은 Single Cell, 극소량 (Ultra-Low input) 샘플을 위한 SMARTer Ultra Low kit 시리즈의 4세대 제품으로써 매우 적은 양의 total RNA로부터 NGS용 cDNA library를 제작할 수 있다. 본 제품은 Clontech의 핵심기술인 SMART (Switching Mechanism at 5’ End of RNA Template)에 Locked Nucleic Acid (LNA) 기술을 접목함으로써 이전 세대의 제품보다 더욱 많은 수의 유전자수를 검출할 수 있다.
본 제품의 핵심 기술인 SMART (Switching Mechanism at 5’ End of RNA Template) 법은 세포의 splice junction과 alternative splicing event를 포함한 전반적인 전사체 연구 (full transcriptome analysis)에 있어 매우 유용한 기술이다. 또한, 본 제품은 high quality RNA (RIN > 8)나 intact cell로부터 특이적으로 mRNA를 증폭할 수 있다. 이와 함께 LNA 기술은 template switching의 효율을 더욱 향상시켰으므로 그 어떤 제품보다 유전자 검출 수를 증폭시킬 수 있다.
Applications
- Transcriptome sequencing을 위한 극소량의 total RNA 또는 single cell에서 cDNA 합성
- 본 제품으로 합성한 cDNA는 Clontech Low Input Library Prep Kit (code 634947) 또는 Nextera XT library preparation kits을 사용하여 Illumina 용 NGS Library제작 가능
- 또한, Ion Xpress Plus Fragment Library Kit을 사용하여 Ion Torrent용 NGS Library 제작 가능

Figure 1. Flowchart of SMART cDNA synthesis. The SMART-Seq v4 Oligonucleotide, 3’ SMART-Seq CDS Primer II A, and PCR Primer II A all contain a stretch of identical sequence. The black star indicates a chemical block on the 5’ end of the oligonucleotide.


Figure 2. Higher sensitivity and better mappability with the SMART-Seq v4 kit. Replicate libraries were generated from 10 pg Mouse Brain Total RNA using the SMART-Seq v4 kit, the SMARTer Ultra Low v3 kit, or the SMART-Seq2 method. 18 PCR cycles were used to amplify cDNA libraries with the SMART-Seq2 method and SMARTer Ultra Low v3 kit; however, only 17 PCR cycles were needed for the SMART-Seq v4 libraries.


Figure 3. Gene body coverage is good for all three library preparation methods. Gene body coverage shown is the average of two replicate libraries prepared from 10 pg Mouse Brain Total RNA using the three different cDNA synthesis methods. The SMARTer Ultra Low v3 kit produced a slight 3′ bias, and the SMART-Seq v4 kit produced a slight 5′ bias; however, the overall coverage was fairly even.


Figure 4. Reproducibility is high for low-input samples. FPKMs from replicate libraries generated from 10 pg of Mouse Brain Total RNA using the SMART-Seq v4 kit, the SMARTer Ultra Low v3 kit method were compared. For transcripts with FPKM <100, the correlation between replicates was much higher for the SMART-Seq v4 kit (Pearson R = 0.739; Panel B) compared to the SMARTer Ultra Low v3 (Pearson R = 0.376; Panel A). For all transcripts (shown in the scatterplots on the right) the correlation between replicates was high for each of the three methods (Pearson R between 0.911-0.972), though the SMART-Seq v4 kit did have the highest correlation. Transcripts represented in only one replicate can be seen along the X- and Y-axes of the scatter plots showing all transcripts.
구성품 (자세한 내용은 CoA를 참조하세요)
* SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing Components (not sold separately)
* SeqAmp DNA Polymerase

Keyword : Single cell, Low input, ultra low input, Illumina, Ion torrent, NGS, next generation sequencing, cDNA
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