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Home > 전제품보기 > NGS 관련 > NGS 분석용 효소 > Single strand DNA Ligase
Single-stranded DNA 간의 ligation

Single strand DNA Ligase

-

제조사 제품코드 제품명 용량 가격
(부가세별도)		 비고 사용자매뉴얼
Takara
 NN005A
 Single strand DNA Ligase
관련학술 구매하기 new 		20회
 446,000원  nn005a_ds_j.pdf
Takara
 NN005B
 Single strand DNA Ligase
관련학술 구매하기 new 		100회 (NN005A x 5)
 2,007,000원 

  • 높은 반응 효율로 single-stranded DNA (ssDNA) 간의 ligation 가능
  • ssDNA 간, single-stranded RNA (ssRNA) 간, 또는 ssDNA와 ssRNA가 섞인 조합도 ligation 가능
제품 설명
Single strand DNA Ligase는 single-stranded DNA 간의 ligation이 가능한 효소이다. 또한 ‘ssDNA 간’, ‘ssRNA 간’, 또는 ‘ssDNA와 ssRNA가 섞인’ 조합으로도 높은 효율의 ligation이 가능하다 (그림 1). 본 효소는 ATP 존재 하에서 ssDNA/RNA의 5’-P (인산기) 말단과 3’-OH (하이드록실기) 말단을 phosphodiester 결합으로 ligation이 가능하다. 또한 ATP 비존재 하에서는 ssDNA의 5’-App (프리아데닐기) 말단과 3’-OH 말단의 ligation이 가능하다.


P: 인산기 (phosphate group), App: 프리아데닐기 (pre-adenylated group), OH: 하이드록실기 (hydroxyl group)
그림 1. 본 효소로 ligation 가능한 핵산 조합
내용

Single strand DNA Ligase

20 ㎕

2X Single strand DNA Ligase buffer

400 ㎕

 

ATP*

20 ㎕

* Tube 뚜껑 색 없음
보존 －20℃
농도
1 U/㎕
활성의 정의
37 ℃에서 4시간 동안 1 pmol/25 ㎕의 ssDNA (50 bases)를 80% 이상 ligation시키는 효소활성을 1 U로 정의
주의 사항
  • Template (ssDNA/RNA)의 3’-OH 말단을 어댑터의 5’-P 말단 또는 5’-App 말단을 ligation시킬 경우, template의 3’ 말단이 변형되었거나 3’-OH 말단이 없을 경우 해당 말단에서의 ligation은 저해된다.
  • Double-stranded DNA를 template로 사용할 경우, 열변성을 통해 ssDNA로 제작하여 사용하는 것을 권장한다.
용도
- ssDNA/RNA의 3’-OH 말단에 labeling 어댑터 추가
- 어댑터를 기점으로 한 PCR, RT-PCR
- ssDNA에 시퀀싱 어댑터를 부가하여 NGS library 제작
반응 온도
반응 온도: 25~60 ℃
최적 반응 온도: 37 ℃
반응시간
15분~16시간
실험 예
Single-stranded 핵산 간의 ligation 효율 평가

[방법]
아래의 반응 용액 조성과 반응 조건을 바탕으로 「ssDNA와 ssDNA」, 「ssRNA와 ssRNA」, 「ssDNA와 ssRNA」 조합에서의 ligation 효율을 평가하였다.

시약명

사용량

최종 농도

Single strand DNA Ligase

1 ㎕

0.04 U/㎕

2X Single strand DNA Ligase buffer

12.5 ㎕

1X

ATP

1 ㎕

0.4 mM

5’-phosphorylated adapters

25 pmol

1 pmol/㎕

Template

5 pmol

0.2 pmol/㎕

Nuclease-Free Water

up to 25 ㎕

-

반응 조건:
37 ℃, 4시간
80 ℃, 10분


그림 2. Single-stranded 핵산 간의 ligation 결과

[결과]
Single strand DNA Ligase는 모든 유형의 single-stranded 핵산에 대해 높은 ligation 효율을 보여주었다.
관련 제품
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Keyword :
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