TaKaRa
로그인  |   회원가입  |   ID/PW 찾기  
제품명/제품코드
키워드검색
검색
Home > 전제품보기 > NGS 관련 > Library preparation (for Illumina) > SMARTer® ThruPLEX® Plasma-seq Kit
cell-free DNA library preparation for Illumina NGS platforms

SMARTer® ThruPLEX® Plasma-seq Kit

-

제조사 제품코드 제품명 용량 가격
(부가세별도)
비고 사용자매뉴얼
Clontech
R400679
SMARTer® ThruPLEX® Plasma-Seq Kit
관련학술 관심상품등록 구매하기 new
24회
가격문의   제조사 페이지로 바로가기 SMARTer%20ThruPLEX%20Plasma-Seq%20Kit%20User%20Manual_080818.pdf
Clontech
R400680
SMARTer® ThruPLEX® Plasma-Seq Kit
관련학술 관심상품등록 구매하기 new
48회
가격문의   제조사 페이지로 바로가기
Clontech
R400681
SMARTer® ThruPLEX® Plasma-Seq Kit
관련학술 관심상품등록 구매하기 new
96회
가격문의   제조사 페이지로 바로가기
Clontech
R400682
SMARTer® ThruPLEX® Plasma-Seq Kit
관련학술 관심상품등록 구매하기 new
480회
가격문의   제조사 페이지로 바로가기

* 본 제품은 기존 SMARTer® ThruPLEX® Plasma-seq Kit (Code R400490)의 업그레이드 버전 제품이며, indexing primer kit가 포함되어있지 않습니다.


  • Designed for cell-free DNA: cell-free DNA 분석에 최적화된 프로토콜과 시약
  • High performance NGS libraries: high diversity with broad and reproducible GC coverage
  • Variable sample input: <1 ng to 30 ng of cell-free DNA
  • Fast and simple workflow: 튜브 이동 없이 단일 튜브에서 3 step 프로토콜로 NGS Library 제조 가능 (library 제작 시간: 2시간)
  • Research applications: liquid biopsy, ctDNA를 포함한 다양한 cell-free DNA 샘플로부터 재현성과 민감도 높은 NGS 분석
  • lAutomation-friendly: Beckman® FXP Workstation
제품설명
SMARTer® ThruPLEX® Plasma-Seq Kit는 혈장 (Plasma) 유래의 cell-free DNA로부터 SMARTer® ThruPLEX 기술을 이용하여 Illumina® NGS Library를 제작하는 제품이다. 본 제품은 기존 제품에 비하여 End repair, ligation 시약 및 반응조건을 최적화하였으며 Plasma DNA로부터 다양성이 보다 높고 GC representation을 보유한 NGS Library를 구축할 수 있다. 제작된 Library는 CNV 분석, Whole Genome Sequencing (WGS) 뿐만 아니라 Custom panel이나 Agilent SureSelect, Roche NimbleGene SeqCap EZ와 같은 Target enrichment platform에 적용 및 분석할 수 있다.

본 제품은 기존 ThruPLEX® Plasma-Seq Kit의 업그레이드 제품이며, Illumina index는 포함하고 있지 않다. 다카라바이오에서 제공하는 모든 SMARTer® DNA Index Kits를 적용 가능하다 (SMARTer® DNA Index Kit 바로가기)


그림 1. Illumina NGS workflow for cfDNA. Blood samples are collected, plasma is isolated, and cfDNA purified. SMARTer ThruPLEX Plasma-Seq library preparation follows and consists of three steps: repair, ligation and amplification. Indexed libraries are purified, quantified, and pooled prior to sequencing on Illumina NGS platforms.


그림 2. SMARTer ThruPLEX Plasma-Seq single-tube library preparation workflow. The workflow consists of three simple steps that take place in the same PCR tube or well and eliminates the need to purify and transfer the sample material.

그림 3. SMARTer ThruPLEX Plasma-Seq technology. A three-step, single-tube reaction that starts with fragmented dsDNA or isolated cfDNA. Stem-loop adapters are blunt-end ligated to the repaired input DNA. These molecules are extended, then amplified using a high-fidelity polymerase to yield an indexed Illumina NGS library.
Comparison data for Cell-free DNA-seq
KAPA Hyper Prep Kit, NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit과 비교하여, SMARTer® ThruPLEX® Plasma-Seq Kit이 보다 뛰어난 성능과 재현성, GC Coverage를 보유하고 있음을 규명하였다 (Technical Note: An optimized solution for cell-free DNA library preparation) (그림 4, 그림5).

그림 4. Diverse, reproducible NGS libraries. Libraries created with the SMARTer ThruPLEX Plasma-Seq Kit yielded more unique molecules (Panel A), fewer duplicate reads (Panel B), and negligible unmapped reads (Panel C). Libraries were sequenced on an Illumina NextSeq 500 as a paired-end run with 17M to 25M reads per library. Duplication rate were calculated after down-sampling the data to 17M reads per library. Representative data from each sample is shown.


그림 5. Reproducible, unbiased GC coverage. The SMARTer ThruPLEX Plasma-Seq Kit provided the most reproducible and unbiased GC coverage across the human genome, showing minimal variability across the nine plasma samples tested. Libraries were prepared from cfDNA isolated from an equivalent of 1ml of plasma sample and sequenced on an Illumina NextSeq 500. Four separate plasma samples were used to construct the NEBNext Ultra libraries.
Application protocol & Technical Note
구성품 (자세한 내용은 CoA를 참조하세요)
- Template Preparation P Buffer
- Template Preparation P Enzyme
- Library Synthesis P Buffer
- Library Synthesis P Enzyme
- Library Amplification P Buffer
- Library Amplification Enzyme
- Nuclease-Free Water

Keyword : Plasma,Cell free DNA,cfDNA,ctDNA,Tumor DNA,Cancer DNA,NGS,DNA-Seq,시퀀싱,Cancer,circulating DNA,Plasma DNA,혈장
-
Library preparation (for Illumina)
Illumina용 NGS Library 정량 키트
> Library Quantification Kit (for Illumina)
Illumina® NGS library 제작용 Indexing primer ki..
> SMARTer® DNA index kits
Single Cell Library Preparation for Illumina® N..
> SMARTer® PicoPLEX® DNA-Seq Kit
Single-cell NGS library prep for SNV and CNV det..
> SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit
General Purpose Library Preparation for Illumina..
> SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq Kit
All-purpose low input DNA library preparation fo..
> SMARTer® ThruPLEX® DNA-seq Kit
cell-free DNA library preparation for Illumina N..
> SMARTer® ThruPLEX® Plasma-seq Kit
Cell-Free DNA Library Preparation for Illumina®..
> SMARTer® ThruPLEX® Plasma-seq Kit
Illumina® NGS Library Preparation with Unique M..
> SMARTer® ThruPLEX® Tag-seq Kit
-