• pg 수준 극소량 샘플에 최적 - human, mouse, rat 유래의 250 pg - 1 μg total RNA 혹은 10 - 1,000개의 intact cell
• UMI 적용으로 분석 정확도 증가 - PCR bias, sequencing error 등을 보정하여 true variant와 rare mutation의 정확한 분석 가능
• 다양한 샘플 적용 - FFPE, LCM, cell-free RNA 등 낮은 quality의 RNA에서도 재현성 높은 결과 확인
• 빠르고 간편한 프로토콜 - 전 과정 6.5시간만에 완료, buffer 조성의 업그레이드로 library purification 시간 단축
• Illumina^® 플랫폼에 호환 - Illumina^® 분석용 index를 적용하여 최대 384개 pooling 가능

제품설명

SMART-Seq^® Total RNA Pico Input with UMIs (ZapR^® Mammalian)은 picogram input (250 pg - 1 μg total RNA, 10 - 1,000 intact cell)의 다양한 RNA (high quality, partially degraded, low quality total RNA)에서 효과적으로 Illumina^® sequencing library를 제작하기 위해 개발되었다. 극소량의 total RNA뿐 아니라 FFPE, LCM, cell-free RNA 등 RNA의 integrity가 현저히 낮은 샘플에서도 NGS library 제작이 가능하며 빠르고 간편한 프로토콜이 특징으로 RT와 PCR 단계에서 index와 adapter를 추가해 strand 정보 (sense/antisense)를 보유하는 library를 제작할 수 있는 점이 특징이다. 또한 RT 과정에서 8 nucleotide (nt)의 unique molecular identifier (UMI) 서열을 추가하여 PCR bias와 sequencing error를 보정할 수 있어 true variant와 rare mutation의 정확한 분석이 가능하다.

이 제품은 당사의 독자적인 SMART (Switching Mechanism at 5’ end of RNA Template) 기술에 stranded RNA-seq을 위한 개선사항을 더해 프로토콜을 간편화하고 sequencing 효율을 높였다. 이를 통해 high- 또는 low-quality의 total RNA 모두를 분석할 수 있고, strand 정보를 가진 sequencing library를 제작할 수 있다. 또한 ZapR 기술을 적용하여 rRNA유래 서열을 cDNA 합성 후에 제거할 수 있음으로 total RNA를 바로 사용할 수 있어 극소량의 RNA 분석에 매우 적합하다.

*그 외 샘플 input 양에 따른 추천 제품:
- 10 ng - 100 ng total RNA (rRNA 제거 미포함) : SMART-Seq^® Total RNA Mid Input (Code 635049)
- Mammalian total RNA 100 ng-1 μg (rRNA 제거 포함) : SMART-Seq^® Total RNA High Input (RiboGone™ Mammalian) (Code 635046)


그림 1. SMART-Seq^® Total RNA Library Prep with ZapR^® Depletion (with UMIs) 프로세스.

적용

자세한 구성은 CoA를 참고하세요.

RNA-Seq 러닝센터에서 더 많은 데이터와 FAQ를 확인하실 수 있습니다.