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Home > 전제품보기 > NGS 관련 > Stranded RNA-seq > [NEW] Pico Input Mammalian (v3)
UDI, UMI 적용으로 더욱 특별해진

[NEW] Pico Input Mammalian (v3)

-

제조사 제품코드 제품명 용량 가격
(부가세별도)
비고 사용자매뉴얼
Clontech
634485
SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian
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24 회
3,661,600원 
4,577,000원
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11.01 ~ 12.29
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x239672
Clontech
634486
SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian
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48 회
5,825,600원 
7,282,000원
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11.01 ~ 12.29
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Clontech
634487
SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian
관련학술 구매하기 라이선스 
96 회
7,676,800원 
9,596,000원
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11.01 ~ 12.29
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Clontech
634488
SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian
관련학술 구매하기 라이선스 
192 회
13,723,200원 
17,154,000원
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11.01 ~ 12.29
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* 본 제품은 SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian (Code 634411)의 업그레이드 버전 제품입니다.

* 본 제품은 24, 48, 96, 192회 제품으로 제공되며, SMARTer RNA Unique Dual Index Kit - 24U (Code 634451, 96회)가 포함되어 있습니다. SMARTer® RNA Unique Dual Index Kit - 96U Set A/B (Code 634452/634457, 각 96회)을 별도로 구매하면 최대 192개의 다른 index를 조합한 library를 구축할 수 있습니다.
  • pg 수준의 극소량 샘플 적용 - Human, mouse, rat 유래의 total RNA (250 pg - 10 ng) 혹은 intact cell (10-1,000개)
  • UMI 적용으로 분석 정확도 증가 - 샘플 내 true variant와 rare mutation의 정확한 분석 및 PCR 증폭과정으로 발생할 수 있는 bias나 sequencing error 방지
  • FFPE나 LCM, cell-free RNA를 포함하는 낮은 quality RNA에서 재현성 높은 결과 확인
  • 빠르고 간편한 프로토콜 - Buffer 조성의 업그레이드로 library 정제 시간 감축, 전 과정이 7.5시간 내 완료
  • Illumina® 플랫폼 호환 - Illumina® 분석용 index가 적용되어 있으며, 최대 192개의 조합 가능
제품 설명
SMARTer® Stranded Total RNA - Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian는 human, rat, mouse 유래의 total RNA (250 pg ~ 10 ng) 혹은 intact cell (10-1,000개)로부터 Strand-specific Illumina® NGS library를 효율적으로 제작할 수 있다. 본 제품은 극미량의 total RNA를 이용할 수 있을 뿐만 아니라 FFPE, LCM 샘플과 같이 RNA integrity가 현저히 낮은 샘플에서도 NGS Library 제작이 가능하다. 본 제품은 library 제작 과정 내에 unique molecular identifiers (UMIs)를 추가 도입함으로써 기존의 Version 2 제품에 비해 Illumina® Sequencing 효율과 정확도를 개선하였다.

SMARTer® Stranded Total RNA - Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian를 이용하면, 역전사반응과 PCR 증폭 단계에서 index와 adapter를 부가하며, strand 정보를 보유하는 library를 제작할 수 있다. Library prep 및 정제 과정을 포함한 전 실험 과정은 7.5시간 내 완료된다.

본 제품은 Mammalian rRNA와 mitochondrial RNA 특이적인 Probe로 rRNA derived cDNA를 제거하여 보다 높은 mapping statistics를 얻을 수 있는 기술이 적용되어 있다. Ribosomal RNA (rRNA)는 total RNA의 약 90%를 차지하는 RNA로써 NGS library 제작 전, cDNA에서 rRNA를 제거 (depletion)함으로써 제작비용을 절감할 수 있고, mapping statistics 또한 향상시킬 수 있다. 하지만 매우 극소량의 Total RNA를 이용할 경우, 일반적인 rRNA depletion 방법을 적용하면 NGS library를 제조하는 데 필요한 RNA 양에 미치지 못 하게 된다.


그림 1. Schematic of technology in the SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian


그림 2. SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian을 이용하여 제작한 NGS Library의 구조
The adapters added using the SMARTer® RNA Unique Dual Index Kit - 24U (Code 634451) contain sequences allowing clustering on any Illumina flow cell (P7 shown in light blue, P5 shown in red, Index 1 [i7] sequence shown in orange, and Index 2 [i5] sequence shown in yellow), as well as the regions recognized by sequencing primers Read Primer 2 (Read 2, purple) and Read Primer 1 (Read 1, green). Read 1 generates sequences antisense to the original RNA, while Read 2 yields sequences sense to the original RNA (orientation of original RNA denoted by 5' and 3' in dark blue). The first 8 nt of the second sequencing read (Read 2) are UMIs (dark purple) followed by 3 nucleotides derived from the Pico v3 SMART UMI Adapter (shown as XXX).
Applications
- Robust NGS library construction that retains strand information
- RNA-seq on all Illumina platforms
- Coding and noncoding information from total mammalian RNA of any quality, including RNA obtained from FFPE samples
자세한 구성은 CoA를 참고하세요.
Citation
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Nature    |    2021 Nov 18    |    PubMed ID: 34794168    |    Read Article

m6A and YTHDF proteins contribute to the localization of select neuronal mRNAs
Nucleic Acids Research    |    2022 May 06    |    PubMed ID: 35438793    |    Read Article

An instructive role for Interleukin-7 receptor α in the development of human B-cell precursor leukemia
Nature Communications    |    2022 Feb 03    |    PubMed ID: 35115489    |    Read Article

A Human IPS Model Implicates Embryonic B-Myeloid Fate Restriction as Developmental Susceptibility to B Acute Lymphoblastic Leukemia-Associated ETV6-RUNX1
Developmental Cell    |    2018 Feb 05    |    PubMed ID: 29290585    |    Read Article

Candida albicans oscillating UME6 expression during intestinal colonization primes systemic Th17 protective immunity
Cell reports    |    2022 Jun 09    |    PubMed ID: 35584674    |    Read Article

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Cell reports    |    2022 Feb 05    |    PubMed ID: 35021090    |    Read Article

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Cell reports    |    2021 Jun 24    |    PubMed ID: 34107257    |    Read Article

Differential aging-related changes in neurophysiology and gene expression in IB4-positive and IB4-negative nociceptive neurons, et al. Differential aging-related changes in neurophysiology and gene expression in IB4-positive and IB4-negative nociceptive neurons
Aging Cell    |    2018 Jun 25    |    PubMed ID: 29943484    |    Read Article

Spatial, temporal and molecular dynamics of swine influenza virus-specific CD8 tissue resident memory T cells
Mucosal Immunology    |    2022 Feb 10    |    PubMed ID: 35145208    |    Read Article

Real-Time Characterization of Clonal Fate Decisions in Complex Leukemia Samples by Fluorescent Genetic Barcoding
Cells    |    2022 Dec 14    |    Read Article

Group 3 innate lymphocytes make a distinct contribution to type 17 immunity in bladder defence
iScience    |    2022 Jun 22    |    Read Article

A Search for Tick-Associated, Bronnoya-like Virus Spillover into Sheep
Microorganisms    |    2023 Jan 13    |    PubMed ID: 36677501    |    Read Article

Preparation for and performance of a Pseudomonas aeruginosa biofilm experiment on board the International Space Station
Acta Astronautica    |    2022 Jul 01    |    Read Article

Whole-Transcriptome Profiling on Small FFPE Samples: Which Sequencing Kit Should Be Used?
Current Issues in Molecular Biology    |    2022 May 13    |    PubMed ID: 35678677    |    Read Article

Advanced physiological maturation of iPSC-derived human cardiomyocytes using an algorithm-directed optimization of defined media components
bioRxiv    |    2022 Oct 13    |    Read Article

Disrupted RNA editing in beta cells mimics early stage type 1 diabetes
bioRxiv    |    2022 Dec 10    |    Read Article

SARS-CoV-2-Related Bat Virus in Human Relevant Models Sheds Light on the Proximal Origin of COVID-19
ppr0512107    |    2022 Jun 30    |    Read Article

Comprehensive profiling of wastewater viromes by genomic sequencing
bioRxiv    |    2022 Dec 19    |    Read Article

Hit-and-run silencing of endogenous DUX4 by targeting DNA hypomethylation on D4Z4 repeats in facioscapulohumeral muscular dystrophy
bioRxiv    |    2022 Apr 12    |    Read Article

Patient-derived tumoroids of advanced high-grade neuroendocrine neoplasms mimic patient chemotherapy responses and guide the design of personalized combination therapies
bioRxiv    |    2022 Dec 11    |    Read Article

DOT1L bridges transcription and heterochromatin formation at pericentromeres
bioRxiv    |    2021 Oct 21    |    Read Article

Induction of a CD8 T cell intrinsic DNA damage and repair response is associated with clinical response to PD-1 blockade in uterine cancer
bioRxiv    |    2022 Apr 16    |    Read Article

Quantitative profiling of pseudouridylation landscape in the human transcriptome
bioRxiv    |    2022 Oct 25    |    Read Article

Circulating Cell-Free RNA in Blood as a Host Response Biomarker for the Detection of Tuberculosis
medRxiv    |    2023 Jan 11    |    Read Article

Gravitational and mechanical forces drive mitochondrial translation through the cell adhesion–FAK axis
bioRxiv    |    2023 Jan 19    |    Read Article

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Keyword : pico v3, BioMarker,FFPE,Cell-free RNA,Degraded RNA,Non-coding RNA,ncRNA,lncRNA,Cancer, Transcriptomics,transcriptome,LCM,stranded-seq,smarter,random primer,smart-seq,picov3

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