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Home > 전제품보기 > NGS 관련 > Spatial analysis > Takara Trekker® FX
FFPE 조직의 true single cell 공간 분석 실현

Takara Trekker® FX

-

제조사 제품코드 제품명 용량 가격
(부가세별도)		 비고 사용자매뉴얼
Clontech
 SK023
 Trekker® FX 10x10 Bundle
관련학술 구매하기 new 라이선스  		4회
 가격문의   제조사 페이지로 바로가기 x356533
Clontech
 SK024
 Trekker® FX 10x10 Training Bundle
관련학술 구매하기 new 라이선스  		4회
 가격문의   제조사 페이지로 바로가기 x356533
Clontech
 SK025
 Trekker® Alignment Fixture Bundle
관련학술 구매하기 new 		1 kit
 가격문의   제조사 페이지로 바로가기
Clontech
 K011
 Trekker® Starter Kit Bundle (UV lamp)
관련학술 구매하기 		1 kit
 가격문의   제조사 페이지로 바로가기

  • Trekker® Single-Cell Spatial Mapping Kit의 Slide tags[1] 기술 기반
    [1] Nature Vol 625, pp. 101-109 (2024).
  • FFPE 샘플의 true single cell 공간분석 가능
  • Single cell 분석 데이터에 위치 정보를 부여하여 분석
  • 세포 내 핵을 DNA barcode로 tagging하는 방식으로 별도의 single cell segmentation 없이 정확한 공간분석 실현
  • 본 제품으로 tagging하여 추출한 핵을 후속 single cell NGS 분석 워크플로우 (e.g. 10X Chromium)에 적용
  • 별도의 고가 장치나 probe set 불필요 (종에 상관없이 분석 가능)
  • 일반적인 유리 슬라이드로 FFPE 조직 절편 준비: tagging 시 위치조정이 쉬움
  • 필요 시 H&E staining 후 Trekker® FX Kit로 공간 분석 가능
제품설명
Trekker® FX는 FFPE 샘플을 대상으로 single cell 공간 전사체 (spatial transcriptomics) 해석을 제공한다. NGS library 제작 전 단계에 적용하여 single nuclei에 위치 정보 (Spatial barcode)를 부여함으로써 true single cell 공간 분석이 가능하다.

본 제품에는 위치 정보 (Spatial barcode)를 가진 DNA barcode가 결합된 bead (직경 10 μm)가 단층으로 배열된 Tile Slide가 포함되어 있다. 이 Tile Slide와 분석하고자 하는 FFPE 샘플 조직이 부착된 슬라이드를 Trekker® Alignment Fixture (Code SK025)로 이용해 밀착시킨다. UV 조사에 의해 DNA barcode가 bead로부터 분리되어 주변의 핵 내부로 침투하기 때문에 각각의 핵에 직접 위치 정보를 부여하는 것이 가능하다. 그 후 핵을 추출하여 single-nucleus RNA sequencing (snRNA-Seq)을 진행하면 각각의 핵에서 유래한 유전자 정보 및 위치 정보를 포함한 전반적인 해석이 가능하다. 또한 옵션으로, 동일한 FFPE 조직 절편에서 H&E staining 분석을 추가로 진행할 수 있다.

Trekker® FX 10x10 Training Bundle (Code SK024)은 FFPE 조직 절편을 Tile Slide에 부착하는 것부터 핵 추출까지의 실험 과정을 검증 및 최적화하기 위한 트레이닝 kit 제품이다. Trekker® FX 10x10 Bundle (Code SK023)로 본 실험을 진행하기 전에, 해당 트레이닝 kit를 통해 사용자의 샘플이 제품 워크플로우에 알맞게 작동하는 지 확인하는 등 최적화 단계를 진행할 것을 권장한다.
※본 트레이닝 kit (Trekker® FX 10x10 Training Bundle, Code SK024)는 snRNA-Seq 분석 진행 불가

그림 1. Trekker® Tile Slide
  • Photocleavable linker: UV 조사에 의해 bead로부터 분리되는 부분
  • BB-1, Linker, BB-2: 위치정보를 나타내는 서열로, 각 bead마다 고유한 서열을 가짐
  • Handshake sequence: Single cell system에 의해 포획되는 서열로, 이를 통해 bead barcode가 mRNA 등 분석 대상과 함께 동시에 시퀀싱됨


그림 2. Trekker® FX 워크플로우
Trekker® Tile Slide와 FFPE 조직이 부착된 슬라이드를 Trekker® Alignment Fixture를 이용해 sandwich 형태로 밀착시켜, 조직과 bead 간의 tagging을 수행한다. 핵을 위치 정보가 부여된 DNA barcode로 tagging함으로써, single cell 수준의 정확한 공간 해석이 가능하며, 조직 내 세포의 위치 정보를 snRNA-Seq 데이터에 mapping할 수 있다.
내용
[Trekker® FX 메인 제품 구성품 정보]

제품코드

제품명

용량

SK017

Trekker® FX 10x10 Bundle

4 Rxns

구성품

Trekker® FX 10x10 Tiles

4 Tiles

Trekker® FX Reagent Kit

4 Rxns

Trekker® FX Accessories

4 Rxns

SK024*

Trekker® Alignment Fixture Bundle*

1 kit

구성품

Trekker® Alignment Fixture

1 ea

Alignment Fixture Spacers

6 ea

K011*

Trekker® Starter Kit Bundle (UV lamp)*

1 kit
*Trekker® FX 워크플로우 최초 세팅 시 1회만 구매


그림 3. Trekker® Starter Kit Bundle (UV lamp)와 Trekker® Alignment Fixture Bundle 제품 사진
Penal A. Trekker® Starter Kit Bundle의 UV lamp. Penal B. Trekker® Alignment Fixture Bundle의 Trekker® Alignment Fixture Penal C. Trekker® Alignment Fixture 위에 UV lamp를 장착한 모습

[Trekker® FX Training Kit 구성품 정보]
Trekker® FX Training Kit는 FFPE 조직 절편을 tile에 적용하고 nuclei dissociation 단계를 연습할 수 있는 kit이다. (snRNA-seq 진행 불가)

제품코드

제품명

용량

SK017

Trekker® FX 10x10 Bundle

4 Rxns

구성품

Trekker® FX 10x10 Training Tiles

2 Tiles

Trekker® FX Reagent Kit

4 Rxns

Trekker® FX Accessories

4 Rxns
※Training kit 사용 시, Trekker® Alignment Fixture Bundle (Code SK024)과 Trekker® Starter Kit Bundle (UV lamp) (Code K011) 구매 필요. (최초 세팅 시 1회만 구매)
적용가능한 후속 application 및 protocol

Applications and workflows

 

Application

Compatible single-cell or multiomic workflow

Compatible single nucleus capture and library preparation protocol

Compatible Trekker Tile

Spatial gene expression of FFPE tissues

10x Single Cell Flex Multiplex with Feature Barcoding (GEM-X Flex)

GEM-X Flex Gene Expression Reagent Kits for Multiplexed Samples with Feature Barcode technology for Protein using Barcode Oligo Capture

Trekker FX
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Keyword :
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