- pg 수준 극소량 샘플 적용 - human, mouse, rat 유래의 250 pg - 100 ng total RNA
- 다양한 샘플 적용 - FFPE, LCM, cell-free RNA등 낮은 quality RNA에서도 재현성 높은 결과 확인
- 고성능 sequencing 가능 - PhiX control을 추가하지 않아도 높은 수준의 cluster passing filter (%PF)를 얻을 수 있고, 적은 반복횟수로도 더 많은 transcript를 확인 가능
- Strand 정보 보존 - 각 transcript의 strand 정보 (sense/antisense)를 높은 정확도로 확인 가능
- 빠르고 간편한 프로토콜 - 전 과정 6시간만에 완료, buffer 조성 업그레이드로 library purification 시간 단축
- Illumina® 플랫폼에 호환 - Illumina® 분석용 index를 적용하여 최대 384개 pooling 가능
제품설명
SMART-Seq® Total RNA Pico Input with (ZapR™ Mammalian)은 picogram input (250 pg - 10 ng total RNA)의 다양한 RNA (high quality, partially degraded, low quality total RNA)에서 효과적으로 Illumina® NGS library를 제작하기 위해 개발되었다. 당사의 독자적인 SMART (Switching Mechanism at 5’ end of RNA Template) 기술을 사용해 극소량의 total RNA뿐 아니라 FFPE, LCM, cell-free RNA 등 RNA의 integrity가 현저히 낮은 샘플에서도 NGS library 제작이 가능하다. 이 제품은 빠르고 간편한 프로토콜이 특징으로 RT와 PCR 단계에서 index와 adapter를 추가해 strand 정보 (sense/antisense)를 보유하는 library를 제작할 수 있다. 총 6시간만에 library prep부터 purification까지 전 과정을 진행한다.
Total RNA를 사용하여 NGS를 진행하면 90% 이상을 Ribosomal RNA (rRNA)가 차지하므로 library prep 전에 이를 제거해야 sequencing 비용을 낮추고 더 많은mapping 정보를 얻을 수 있다. 그러나 극소량의 total RNA 샘플은 rRNA 제거 과정에서 샘플의 손실로 인해 high-quality library 생산이 불가능해지는 경우가 있다. 이 제품에서는 mammalian rRNA와 일부 mitochondrial RNA 서열에 특이적인 probe로 ribosomal cDNA (rRNA 분자를 주형으로 합성된 cDNA fragment)를 제거해 이러한 문제점을 극복하였다 (ZapR™ Mammalian).
이 제품은 two channel SBS 기술을 적용한 Illumina® NextSeq, MiniSeq, HiSeq 3000/4000을 이용하는 경우에도 PhiX Control Spike-in RNA의 첨가 없이 높은 비율로 Cluster passing filter (%PF)를 얻을 수 있다. 1회 running당, 보다 생물학적으로 의미있는 sequencing reads를 많이 얻을 수 있으므로 전체적으로 sequencing 비용을 줄일 수 있다. 또한 본 제품은 기존 제품에서 업그레이드된 PCR Buffer를 이용하므로 보다 높은 NGS library 정제 효율을 기대할 수 있다.
*그 외 샘플 input양에 따른 추천 제품:
- 10 ng - 100 ng total RNA (rRNA 제거 미포함) : SMART-Seq® Total RNA Mid Input (Code 635049)
- Mammalian total RNA 100 ng-1 μg : SMART-Seq® Total RNA High Input (RiboGone™ Mammalian) (Code 635046)
그림 1. SMART-Seq® Total RNA Pico Input (ZapR™ Mammalian) 프로세스.
적용
- Strand 정보를 가진 NGS library 제작
- Illumina® 플랫폼 RNA-seq
- 다양한 quality에 total mammalian RNA에서 coding 및 non-coding 정보 확인
(FFPE 샘플에서 정제한 RNA 사용 가능)
자세한 구성은 CoA를 참고하세요.
RNA-Seq 러닝센터에서 더 많은 데이터와 FAQ를 확인하실 수 있습니다.
