• 10 pg 수준의 극소량 total RNA에도 적용 가능
• Unparalleled sensitivity and reproducibility
• Single-tube workflows - cDNA 합성부터 library 제작 과정을 각각 single tube에서 진행할 수 있어, 샘플 손실이나 오염 등 실험 과정에서 발생할 수 있는 오류 최소화
• High-quality RNA-seq data - total RNA로부터 가장 많은 수의 유전자 분석
• Increase your sequencing power– 많은 수의 샘플을 한번에 분석 시, Unique dual index (UDI)를 사용하여 index hoping 없이 multiplexing 분석이 가능
• High library yield - 높은 yield의 library를 제작할 수 있어,NovaSeq™ system과 같은 high-throughput sequencer에 적용하거나, 다회분석이 가능

제품설명

SMART-Seq^® mRNA 제품을 이용하면, 10 pg–100 ng total RNA 또는 1-1,000개의 세포에서 RNA 추출 과정 없이, oligo(dT) primer를 이용한 고품질의 full-length cDNA를 제조할 수 있다.
본 제품은 SMART^® (Switching Mechanism at 5' End of RNA Template) 기술에 Locked Nucleic Acid (LNA) 기술을 접목함으로써 template switching의 효율을 더욱 향상시켰다 (그림1). 따라서, 이전 세대의 제품보다 더욱 많은 수의 유전자를 검출할 수 있어 전반적인 전사체 연구 (full transcriptome analysis)에 있어 매우 유용하다. SMART-Seq^® mRNA는 높은 재현성과 gene-body coverage 뿐 아니라 GC-rich 전사체도 정확하게 cDNA로 합성할 수 있다.
SMART-Seq mRNA^® LP에 포함되어 있는 library preparation kit는 enzymatic fragmentation와 stem-loop adaptor로 2시간 내에 single tube에서 별도의 purification 과정 없이 NGS library까지 제작할 수 있다. 따라서 샘플 손실이나 오염 등 실험 과정에서 발생할 수 있는 오류를 최소화할 수 있다. 
이 과정을 통해 제작된 library는 SMART-Seq2 등 기존 방법 및 당사 기존 제품 (SMART-Seq^® v3)에 비해 재현성이 높고, 훨씬 우수할 뿐 아니라, 높은 yield로 제작되어 high-throughput sequencer에 적용하거나, 한번의 반응으로 여러 차례 반복 분석이 가능하다. 또한 기존 제품인 SMART-Seq^® v4 Ultra^® Low Input RNA Kit for Sequencing, SMART-Seq^® v4 PLUS Kit 만큼의 높은 감도를 가진다.
SMART-Seq mRNA LP (with UMIs)는 SMART^® 방법으로 oligo에 Unique Molecular Identifiers (UMI)s를 부가함으로써 PCR errors, duplicates, amplification biases를 보정한다.

SMART-Seq mRNA^® LP, SMART-Seq^® mRNA LP (with UMIs)는 샘플에서 cDNA 합성, library prep및 무료 Cogent NGS 생물정보학 파이프라인을 통한 데이터 분석에 이르기까지 end-to-end solution을 제공한다.

Cogent NGS 소프트웨어는 아래 페이지에서 다운로드 받을 수 있다.
Cogent NGS Discovery Software(takarabio.com)
Cogent NGS Analysis Pipeline(takarabio.com)


그림 1. SMART기술을 이용한 cDNA 합성 과정


그림2. SMART-Seq mRNA® LP를 이용한 Single tube library prep 워크플로우
Library prep 과정에 UDI (Unique Dual Index) kit (Code 634752 외, 별도 판매)를 함께 사용하면 최대 384개의 multiplexed Illumina-ready sequencing libraries를 생성할 수 있다. 본 제품은 high-throughput 샘플 처리용 liquid handlers를 위한 사용량 최적화 (miniaturization) 및 자동화 (automation) 에도 호환된다. Degraded samples에 적용할 수 있는 random priming 방법을 선호할 경우, Stranded total RNA-Seq kit (Code 634485 외)를 권장한다.


그림3. Unique Molecular Identifier (UMI)를 탑재한 SMART^® 법의 cDNA 합성 워크플로우 SMART-Seq^® mRNA LP (with UMIs) 제품을 사용시, UMIs 부가로 정확도와 신뢰도를 더 높일 수 있다.


그림4. Single-tube 반응을 통한 간편한 library perp


그림5. CongentDS 웹 인터페이스의 UMAP 분석 차트 예시. Chart display를 수정하기 위한 user control이 scatterplot 결과와 함께 보여진다.

적용

Components & Storage Conditions

Citation