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Home > 전제품보기 > NGS 관련 > mRNA-Seq (Single cell) > 다량의 극소량 샘플을 이용한 분석 (SSmRNA HT)
SMART-Seq mRNA 기반, High-throughput mRNA-seq 분석

다량의 극소량 샘플을 이용한 분석 (SSmRNA HT)

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제조사 제품코드 제품명 용량 가격
(부가세별도)
비고 사용자매뉴얼
Clontech
634795
SMART-Seq® mRNA HT
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1,456,000원
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x345372
Clontech
634796
SMART-Seq® mRNA HT
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Clontech
634791
SMART-Seq® mRNA HT
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Clontech
634792
SMART-Seq® mRNA HT LP
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x345377
Clontech
634793
SMART-Seq® mRNA HT LP
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Clontech
634794
SMART-Seq® mRNA HT LP
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※ 변경사항
본 제품은 기존 SMART-Seq® HT KitSMART-Seq® HT PLUS Kit의 리뉴얼 제품입니다.
기존 제품과 동일한 chemistry를 사용하며 동등한 성능을 가집니다.
제품사용 유연성을 위해 index가 kit에 포함되어 있지 않으며, 별도로 구매 가능합니다.  
>> 호환되는 Unique Dual Index kits 

자세한 내용은 다음 안내페이지를 참고하세요! 제품 선택이 쉬워집니다.
>> RNA-Seq 제품명이 이렇게 바뀝니다
  • Easily automate the streamlined workflow - 짧은 시간에 다량의 샘플을 분석할 수 있으며, 자동화에 최적화된 워크플로우
  • Unparalleled sensitivity - Single cell 또는 10 pg total RNA 샘플 분석 가능 (Input range: 세포 1개 - 100개, 또는 total RNA 10 pg - 1 ng)
  • High-quality RNA-seq data - 전사체의 full-length coverage, rRNA read 최소화, GC-rich 전사체의 광범위한 representation
  • Single-tube workflows - cDNA 합성부터 library 과정을 각각 single tube에서 진행할 수 있어, 샘플 손실이나 오염 등 실험 과정에서 발생할 수 있는 오류 최소화
  • Increase your sequencing power - 많은 수의 샘플을 한번에 분석 시, Unique Dual Index (UDI)를 사용하여 index hoping 없이 multiplexing 분석 가능
  • High library yield - NovaSeq™과 같은 high-throughput sequencer에 쉽게 적용이 가능하고, 높은 yield의 library를 제작할 수 있어 여러 차례 분석 가능
고품질의 premium RNA
SMART-Seq® mRNA HT와 SMART-Seq® mRNA HT LP는 oligo(dT) primer를 사용하여 10 pg - 1 ng total RNA 또는 1 - 100 개의 세포에서 직접 고품질의 full-length cDNA를 합성하는 자동화 친화적인 kit이다.
SMART-Seq® mRNA HT에는 cDNA synthesis kit가, SMART-Seq® mRNA HT LP에는 cDNA synthesis kit부터 library preparation kit까지 포함되어 있다. Unique Dual Index kits를 함께 사용하면 최대 384개의 multiplex Illumina-ready sequencing libraries를 제작할 수 있다.
SMART-Seq® mRNA HT는 FACS sorting 이후의 실험 단계를 최적화하고, hands-on time을 감소시킴으로써, 편리성을 높였다. cDNA를 합성하는데 사용되는 SMART® 기술은 full-length의 전사체 정보를 제공하여 splice junction 및 alternative splicing 정보를 얻을 수 있어 single cell의 gene expression 연구에 매우 유용하다. Oligo(dT) priming은 고품질 total RNA (RIN>8) 또는 intact cells에서 mRNA를 특이적으로 증폭하는데 사용된다. LNA 기술은 template switching 효과를 향상시켜 다른 방법보다 더 많은 유전자 정보를 얻을 수 있다. 당사의 특허 받은 library preparation chemistry 기술을 적용한 SMART-Seq® mRNA HT LP에 포함된 library preparation kit는 enzymatic fragmentation와 stem-loop adaptor를 함께 사용하여, 2시간 내 single tube에서 purification 과정 없이 cDNA로부터 library로 제작할 수 있다. 따라서 샘플의 손실이나 오염 등 실험 과정에서 발생할 수 있는 오류를 최소화할 수 있다.

만약 degradation된 샘플을 가지고 있거나 random priming 방법을 선호한다면 SMART-Seq® Stranded Kit를 추천한다 (index primer set와 library preparation kit가 포함되어 있음).

Hads-on time이 짧고, 간소화된 워크플로우를 제공하는 SMART-Seq® mRNA HT


그림 1. SMART-Seq® mRNA kit와 SMART-Seq® mRNA HT kit의 실험과정
SMART-Seq® mRNA HT (Code 634795 외) (오른쪽)는 기존의 SMART-Seq® mRNA (Code 634768 외) (왼쪽)의 프로토콜을 변형함으로써 보다 간편하고 빠르게 High-throughput으로 NGS Library를 제작할 수 있다. FACS sorting으로 single cell 분리한 다음, SMART-Seq® mRNA는 총 6 단계의 hands-on-step이 필요한 데 비해, SMART-Seq® mRNA HT의 경우는 단 3 단계의 hands-on-step으로 cDNA 합성을 완료할 수 있다.

SMART-Seq® mRNA (SMART-Seq® v4의 리뉴얼 제품)와 동등한 성능을 갖는 SMART-Seq® mRNA HT

Sequencing metrics comparing SMART-Seq® mRNA and SMART-Seq® mRNA HT kits

RNA source

10 pg Mouse Brain Total RNA

cDNA synthesis

SMART-Seq® mRNA

SMART-Seq® mRNA HT

Replicate

A

B

C

A

B

C

Yield (ng)

7.3

8.5

9.4

9.5

9.9

9.2

Number of transcripts

14,168

13,934

14,147

14,510

14,650

14,553

11,455

11,267

11,349

11,582

11,670

11,454

Average Pearson/Spearman

0.97/0.67

0.97/0.68

0.96/0.66

Proportion of reads mapped (%)

rRNA

0.7

0.6

0.5

1.1

1.1

1.1

Mitochondria

2.8

4.2

4.1

3.7

3.8

4.2

Genome

92.3

90.8

86.6

89.1

89.0

87.8

Exons

74.8

72.5

69.0

67.3

67.1

65.3

Introns

13.3

14.1

13.3

16.9

16.9

17.4

Intergenic regions

4.2

4.2

4.4

4.9

5.0

5.2

표 1. SMART-Seq® mRNA와 SMART-Seq® mRNA HT kit로 검출한 전사체의 높은 유사성
각 제품을 이용하여 각각 mouse Brain Total RNA 10 pg으로 library를 제작하여 전사체를 검출하였고, 두 제품은 매우 유사한 결과를 보였다. cDNA 산물은 Illumina Nextera XT DNA Library Preparation Kit를 이용하여 RNA-Seq library로 전환하고 Illumina NextSeq® 기기 (2 X 75bp)로 시퀀싱하였다.


그림 2. Nextera XT보다 더 높은 library yield와 더 많은 유전자를 식별하는 SAMRT-Seq® mRNA HT LP
패널A. SMART-Seq® mRNA HT로 10 pg의 Mouse Brain Total RNA에서 cDNA를 합성하였다 (3회 반복). 이후 SMART-Seq® Library Prep (SSlp) 또는 Nextera XT (Illumina) library prep kit로 Illumina 호환 library를 제작하였다. 그리고 NextSeq 500 기기로 시퀀싱하였다. Read는 4M paired-end reads로 normalization되었고, 기술노트에 설명된 대로 분석하였다. 패널 B. SSlp로 얻어진 library yield는 Nextera XT에 의한 yield보다 높았다. 패널C. SSlp는 Nextera XT보다 10% 더 많은 유전자를 식별할 수 있었다.
적용
- 전사체 시퀀싱을 위한 single cell 또는 total RNA로부터의 cDNA 합성과 library 제작
- NGS library 제작 과정의 자동화
자세한 구성은 CoA를 참고하세요.
제품을 사용하기 전에 Certificate of Analysis (CoA)를 통해 보관 방법과 제품 구성, 기술적인 성능을 확인하세요. 제품 구성을 확인하기 위해 사용자매뉴얼의 ‘List of Components’를 참고하세요.
Citation
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Nature    |    2020 Oct 21    |    PubMed ID: 33589820    |    Read Article  

Chromatin establishes an immature version of neuronal protocadherin selection during the naive-to-primed conversion of pluripotent stem cells
Nature genetics    |    2019 Nov 18    |    PubMed ID: 31740836    |    Read Article  

Precursors for Nonlymphoid-Tissue Treg Cells Reside in Secondary Lymphoid Organs and Are Programmed by the Transcription Factor BATF
Immunity    |    2020 Feb 18    |    PubMed ID: 31924477    |    Read Article  

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Cell Metabolism    |    2021 Jun 01    |    PubMed ID: 33951475    |    Read Article  

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Cell metabolism    |    2020 May 07    |    PubMed ID: 30827863    |    Read Article  

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Neuron    |    2020 Nov 11    |    PubMed ID: 32916091    |    Read Article  

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Oncogene    |    2020 Nov 30    |    PubMed ID: 32533098    |    Read Article  

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Cell reports    |    2022 May 03    |    PubMed ID: 35417692    |    Read Article

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mRNA-Seq (Single cell)
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