- 넓은 범위의 샘플 input 적용: 1 ng-1 ㎍의 total RNA (mouse spleen, T cell), 10 ng-1 ㎍의 total RNA (mouse whole blood, bone marrow, thymus), 100-10,000개의 purified mouse T cell
- 높은 감도와 심플한 워크플로우: TCR α 와 TCR β subunit의 library를 제작하는데 동일한 primer를 이용하기 때문에 동시에 각각의 TCR clonotype을 민감하게 검출할 수 있음
- Sequencing flexibility: full-length V(D)J 또는 CDR3만 선택해서 sequencing가능
제품설명
SMART-Seq® Mouse TCR (with UMIs)는 T-cell receptor (TCR) repertoire NGS 분석을 위하여 Illumina platform NGS Library를 제작할 수 있는 제품이다. SMART (Switching Mechanism at 5’ end of RNA Template) 기술을 적용하여 높은 감도로 bias 없이 TCR 서열을 검출할 수 있으며, 5’-RACE 접근방식을 결합하여 마우스 TRA 및 TRB 유전자의 full-length V(D)J 가변영역을 캡처할 수 있다.
본 제품은 다양한 RNA input (RIN>7)에 적용할 수 있으며, mouse spleen 또는 T cell에서 얻은 1 ng-1 ㎍의 total RNA, mouse whole blood, bone marrow, thymus에서 얻은 10 ng-1 ㎍의 total RNA, 그리고 100-10,000개의 정제된 mouse T cell로부터 고품질의 sequencing library를 준비할 수 있고 이를 통해 α, β chain 각각의 다양성 정보를 얻을 수 있다.
이 profiling kit는 UMI (unique molecular identifiers)를 포함하여 PCR duplicates, sequencing error에 의해 발생된 read를 제거할 수 있기 때문에 보다 정확하고 신뢰성 있는 결과를 얻을 수 있다. UDI (Unique Dual Index kits) (Code 634752-634756, 별도구매)를 사용하여 최대 384개의 multiplexed Illumina library를 생성할 수 있다.
그림 1. 다양한 샘플 타입에서 mTCRv2 kit (SMART-Seq® Mouse TCR (with UMIs)) 성능 평가
A. mTCRv2 워크플로우를 사용하여 10, 100, 250, 500, 그리고 1,000 ng의 mouse spleen RNA로 TCR library를 준비했으며, TCR α (파랑), TCR β (보라) chain을 분석하였다. TCR library는 Illumina NextSeq으로 2 x 150 bp read를 생성하였다 (sequencing output: ~1,500만 read).
B. 서로 다른 샘플 타입에서 분리된 4종류의 200 ng RNA를 사용하여 mTCRv2 워크플로우를 수행하였다. TCR library는 NextSeq으로 sequencing하여 2 x 150 bp read를 생성하였다 (sequencing output: ~2,000만 read). 데이터는 Cogent NGS Immune Profiler software를 사용하여 분석하였으며, 각 개별 input amount 또는 샘플 타입에 대한 clonotype 수를 막대그래프로 나타냈다 (TRA = TCR α chain, TRB = TCR β chain).
기존 제품과 차이점
제품 |
SMARTer® Mouse TCR a/b Profiling Kit (mTCRv1) |
SMART-Seq® Mouse TCR (with UMIs) (mTCRv2) |
Code |
634402, 634403, 634404 |
634815, 634816, 634814 |
Input |
ㆍ10 ng - 500 ng RNA (spleen, thymus, PBMC)
1,000 - 10,000 purified T cells |
ㆍ 1 ng - 1 ㎍ RNA (spleen, T cells)
ㆍ 10 ng - 1 ㎍ RNA (whole blood, bone marrow, thymus)
ㆍ 100 - 10,000 purified T cells |
UMIs |
미적용 |
적용 |
UDIs |
호환되지 않음 |
호환됨 (별도구매) |
Sequencing
유연성 |
2 x 300 bp으로만 Sequencing 가능 |
Full-length V(D)J 또는 CDR3만 Sequencing 가능 |
Bioinformatics tool 제공 |
|
당사 무료 tool 제공
당사 무료 Cogent Immune Viewer* 제공 |
적용
Mouse TCR repertoire analysis (TCR α and TCR β subunits) 연구분야
ㆍ 다양한 감염성 질환 예방 또는 개선에 관련된 TCR 바이오마커 식별을 위한 병원체 특이적 TCR 분석
ㆍ T림프구의 이동, 유지 및 항상성에 기초가 되는 조직과 순환계에서 TCR 클론 구성 및 다양성 연구
ㆍ Immune aging dynamics에 대한 longitudinal analysis, 또는 TCR repertoires 변화가 노인 환자의 백신 및 기타 치료반응에 어떤 영향을 줄 수 있는지 연구
구성품 (자세한 내용은 CoA를 참조하세요)
보관 조건 및 제품 구성품, 기술 사양에 대한 자세한 내용은 제품의 Certificate of Analysis를 참조하세요. 키트 구성품을 확인하려면 Kit Components List를 참조하세요.
- CoA와 MSDS를 확인하는 방법 (클릭)
