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Home > 전제품보기 > NGS 관련 > Spatial analysis > Takara Trekker U Single-cell Spatial Mapping Kit
True single cell 공간 분석이 가능한 reagent kit

Takara Trekker U Single-cell Spatial Mapping Kit

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제조사 제품코드 제품명 용량 가격
(부가세별도)		 비고 사용자매뉴얼
Clontech
 SK017
 Trekker U 10x10 Bundle
관련학술 구매하기 		4 회
 가격문의   제조사 페이지로 바로가기 x352310
Clontech
 K011
 Trekker Starter Kit Bundle (UV lamp)
관련학술 구매하기 		1 set
 가격문의   제조사 페이지로 바로가기
Clontech
 SK020
 Trekker 10x10 Training Kit Bundle
관련학술 구매하기 		2 회
 가격문의   제조사 페이지로 바로가기 x352310

  • 실제 single cell의 핵을 이용한 공간(spatial) transcriptome 분석 시약
  • Single cell 분석 데이터에 위치 정보를 부여하여 해석
  • 세포내 핵을 DNA barcode로 tagging하는 방식으로 별도의 segmentation 없이 정확한 공간해석 가능
  • 본 제품에서 추출한 핵을 이용하여 기존의 single cell 분석 시스템의 워크플로우에 적용 가능
  • 별도로 고가의 공간 해석 장치나 probe set 불필요: 종에 상관없이 분석 가능
  • Broad Institute에서 개발된 Slide tags[1] 기술을 상용화한 제품
    [1] Nature Vol 625, pp. 101-109 (2024).
  • Trekker analysis pipeline 제공 : Linux 시스템 이용
    - User manual 다운로드
다양한 Application protocol
1. Trekker U Library Preparation with 10x Multiome Kit Protocol-At-A-Glance
2. Trekker U Library Preparation with BD Rhapsody Single-Cell ATAC-Seq and mRNA WTA Kit Protocol-At-A-Glance
3. Trekker U Library Preparation with Illumina Single Cell 3' RNA Prep Kits Protocol-At-A-Glance
4. Trekker and Seeker Preserving and Sectioning Tissue Protocol-At-A-Glance
5. Trekker Cardiac Tissue Dissociation Protocol-At-A-Glance
6. Trekker Library Preparation with 10x Chromium 3' Reagent Kit Protocol-At-A-Glance
7. Trekker Library Preparation with the BD Rhapsody WTA Kit Protocol-At-A-Glance
8. Trekker Neuronal Tissue Dissociation Protocol-At-A-Glance
제품설명
Trekker는 single cell 데이터에 위치(spatial) 정보를 부여하여 해석이 가능하도록 개발한 실제 single cell spatial transcriptome 분석 시약이다.
본 제품은 tile이라 부르는 슬라이드 위에 DNA barcode가 결합된 bead(직경 10 ㎛)를 붙여 사용한다. 이 tile에 동결 절편 (fresh frozen tissue)을 올려 세포와 bead가 접촉하도록 하고, UV를 조사하여 bead로부터 분리된 DNA barcode가 세포의 핵에 tagging하는 원리를 이용한다. 이후 핵을 분리하여 RNA sequencing(snRNA-Seq)을 실시하여, 각각의 핵에서 유래한 유전자 정보 및 위치 정보를 포함한 전반적인 해석이 가능하다.


[그림] Trekker Workflow
내용

Code

제품명

SK017

Trekker U 10x10 Bundle (4 회)

구성품

Trekker Reagent Box 1

Trekker 10x10 Reaction Pouch

Trekker 10x10 Tile Masking Sticker

Trekker 10x10 Wash Chambers

Trekker U 10x10 Tiles

Trekker O Ring

K011

Trekker Starter kit bundle (UV lamp)*

구성품

Trekker UV lamp holder

UV lamp

UV lamp driver

UV lamp power supply

SK020

Trekker 10x10 Training Kit Bundle**

구성품

Trekker Reagent Box 1

Trekker 10x10 Tile Masking Sticker

Trekker O Ring

Trekker 10x10 Wash Chambers

10x10 Training Tiles

* Trekker Starter Kit Bundle (UV lamp)은 Trekker 전용 UV lamp를 포함한 제품으로, 최초 세팅시 1회만 구매
** Trekker 10x10 Training Kit Bundle 에는 최초 세팅 혹은 새로운 조직에 적용하고자 할 때 사용할 수 있는 training tile이 포함되어 있음.
적용가능한 application 및 protocol
Applications and workflows
  
Application Compatible single-cell or multiomic workflow Compatible single nucleus capture and library preparation protocol Compatible Trekker Tile

Spatial 3' gene expression

10x Chromium 3′ RNA, v3.1, v4

Trekker Library Preparation with 10x Chromium 3′ Reagent Kit Protocol-At-A-Glance

Trekker U

BD Rhapsody WTA

Trekker Library Preparation with BD Rhapsody WTA Kit Protocol-At-A-Glance

Trekker U

Illumina Single Cell 3’ RNA Prep

Trekker U Library Preparation with Illumina Single Cell 3’ RNA Prep Kits Protocol-At-A-Glance

Trekker U

Parse Evercode WT v3

Trekker Q Library Preparation with Parse Evercode WT v3 Kits Protocol-At-A-Glance

Trekker Q
[coming soon]

Spatial immune profiling

BD Rhapsody Single-Cell TCR/BCR Next and mRNA Whole Transcriptome Analysis

Trekker Library Preparation with BD Rhapsody scTCR/BCR Next and mRNA Whole Transcriptome Analysis User Guide (User demonstrated)

Trekker U

Spatial epigenomics

BD Rhapsody Single-Cell ATAC-Seq and mRNA Whole Transcriptome Analysis

Trekker U Library Preparation with BD Rhapsody Single-Cell ATAC-Seq and mRNA WTA Kit Protocol-At-A-Glance

Trekker U

10x Genomics Epi Multiome ATAC + Gene Expression

 Trekker U Library Preparation with 10x Multiome Kit Protocol-At-A-Glance Trekker U

Tissue preparation protocols
Preparation Tissue type Compatible tissue preparation and dissociation protocol
Standard protocol For most non-fibrous mammalian tissues; recommended starting point for most optimizations Trekker and Seeker Preserving and Sectioning Tissue Protocol-At-A-Glance
Neuronal protocol For myelin protein removal from neuronal tissues where myelin fibers are seen in debris outside nucleus Trekker Neuronal Tissue Dissociation Protocol-At-A-Glance
Cardiac, tumor, and other fibrous tissue protocol For many fibrous tissues, including cardiac and skeletal muscle, as well as many tumor types Trekker Cardiac Tissue Dissociation Protocol-At-A-Glance

Keyword :
Spatial analysis
>
전용 장치 필요 없이 whole transcriptome 공간..
Takara Seeker Spatial Transcriptomics Kit
>
True single cell 공간 분석이 가능한 reagent ..
Takara Trekker U Single-cell Spatial Mapping Kit